合浦珠母贝（Pinctada fucata）是我国生产海水珍珠的重要贝类之一，闻名遐迩的“南珠”就是合浦珠母贝所产。但近年来，养殖出现性状衰退、珍珠质量下降等现象。为此开展了遗传改良研究。本研究利用微卫星分子标记对家系选育材料和群体选育材料的遗传多样性、遗传组成与性状表现的相关性等进行了分析，以期为分子标记指导育种提供理论依据。主要结果如下：1.群体选育材料的遗传多样性。对用海南三亚（S）、广东徐闻（X）和广西北海（B）3个合浦珠母贝养殖群体为亲本构建的9个双列杂交群体进行了微卫星遗传多样性分析。8对微卫星分子标记在9个群体共445个个体中共检测出48个等位基因，每个位点等位基因数在2～10之间，平均有效等位基因数3.88～5.63，平均观测杂合度0.59～0.74，平均期望杂合度0.65～0.75，平均多态信息含量PIC为0.58～0.71，全部为高度多态（PIC≥0.5），表明9个群体的遗传多样性处于较高水平，可作为良好的育种材料；9个群体在8个微卫星位点上部分极显著地偏离了遗传平衡，7个群体存在不同程度杂合子的缺失；9个群体两两之间的遗传分化指数为-0.0104~0.1432，分化不明显。9个群体中，海南三亚自繁子一代（SS5）的遗传多样性最高，海南三亚和广东徐闻的杂交子一代（SX8）的遗传多样性最低。上述结果为进一步监测合浦珠母贝遗传改良过程中遗传多样性的变化奠定了基础。2.群体遗传组成与性状表现的相关性。为了探讨性状表现与遗传多样性的关系，开展了合浦珠母贝9个双列杂交群体微卫星遗传多样参数与性状表现的相关性研究。结果显示，合浦珠母贝的生长速度与群体等位基因数（A）、群体杂合度(H)、个体等位基因数（a）、个体杂合位点比例（h）遗传参数间存在一定的相关性。其中，A与壳长日增长率呈较弱的负相关关系（R2=0.2186），线性方程为： y=-0.0173x+0.2289；个体等位基因数（a）与壳长日增长率(r)呈较强的正相关关系（R2=0.7443），线性方程：y=0.4101x-0.5434；群体杂合度（H）与壳长日增长率呈显著正相关（R2=0.9321），线性方程：y=0.446x-0.1546；个体杂合位点比例（h）与壳长日增长率呈显著正相关关系（R2=0.7443），线性方程：y=0.4101x-0.5434。表明合浦珠母贝杂合度与性状表现具有显著的正相关性。3.家系选育材料的遗传多样性。对合浦珠母贝两批12个选育家系进行微卫星遗传多样性和遗传结构分析。8对微卫星位点在12个家系中检测出26个等位基因，平均每个位点获得3.25个等位基因，平均观测等位基因数1.75~2.88，平均有效等位基因数1.35~2.35，平均观测杂合度0.1700~0.5775，平均期望杂合度0.2075~0.5991，平均多态信息含量0.17~0.48，Shannon’ s信息指数为0.3093~0.9114。各家系间的遗传分化程度很高，并且随着世代的延续，相邻世代间的遗传分化可能有降低的趋势。4.家系遗传多样性与性状相关性。采用8对微卫星引物对合浦珠母贝12个家系的遗传多样与性状的相关性进行了分析。结果显示，平均等位基因数（Ao）、平均有效等位基因数（Ae）、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）和平均多态信息含量（PIC）各遗传参数与性状的表型参数总体上呈凸形曲线关系，表明中等遗传参数的家系性状表型普遍较好。但总体上，生长较快的家系，各遗传参数平均较大。5.家系亲本遗传组成与子代生长性状的相关性。采用8对微卫星引物研究了合浦珠母贝22个家系的亲本遗传组成与后代生长性状间的相关性。利用SPSS软件分析发现，亲本遗传距离在0.5355~0.5696之间时，与子代生长速度呈显著正相关，亲本遗传距离在0.6496~1.0000之间时，与子代生长速度呈显著负相关关系；亲本平均个体杂合位点比例在0.3125~0.5000之间时，与子代生长速度呈极显著负相关关系，亲本平均个体杂合位点比例在0.5625~0.6250之间时，与子代生长速度呈显著正相关关系；亲本平均个体等位基因数在1.3125~1.5000之间时，与子代生长速度呈极显著负相关关系，亲本平均个体等位基因数在1.5625~1.6250之间时，与子代生长速度呈显著正相关关系。表明亲本杂合位点比例越高和个体等位基因数量越大，子代表现越好，而遗传距离太大反而不好。意味着个体的遗传多样性程度与性状的相关性更密切。