南蛮校尉府设于西晋,发展于东晋,鼎盛于晋宋之际,在其鼎盛之际被骤然废置,以后虽有复置,但均是旋置旋废,为时甚短。作为军府,震慑蛮族、管理蛮族首领是其主要职能,同时也参与内征外战。其治所先在襄阳,后迁江陵。主官为南蛮校尉,官居四品,其僚佐有长史、司马、参军、主簿、功曹等。南蛮府有大量世兵、府田、军屯,军力、财力雄厚,因此历任南蛮校尉多门阀士族及皇帝信臣。晋室东渡之后,蛮族四处迁徙,发展壮大,成为东晋南朝最主要的少数民族,且主要集中于强藩荆州,对于东晋政权之稳固意义重大,南蛮府也因之获得发展机遇,加之蛮族生产发展,民风尚武,为南蛮府提供了丰富的财源与优质的兵源,其实力日益壮大。但随着蛮族的日益汉化,以南蛮府震慑蛮族已不甚必要,加之荆州不断被分割,不再是蛮族的中心地带,故南蛮府最终被废。南蛮府的兴衰与荆州方镇势力有极大关系。西晋末年,南蛮校尉府幸运地避开了八王之乱及张昌起义的打击,成为荆州域内为数不多的实力保存完好的军府,进而成为荆州主要的军事力量,这一时期,南蛮府显示出了其强大的实力并获得较大发展。入东晋后,门阀士族、南土将领及皇室激烈争夺荆州实权,南蛮府成为各方馋涎之对象,得以继续发展。至刘裕秉政晋室后,为顺利代晋,须加强对荆州之控制,故多以亲信任南蛮校尉,南蛮府实力进一步提升。刘宋时期,宗王依次出镇荆州,位高权重,为制衡宗王,皇帝多以亲信干臣任南蛮校尉,并提高其持节等级,且常委以行府州事,南蛮府发展至鼎盛。但实力强盛的南蛮府仍不时为大府所挟,威胁皇权,加之荆州被日渐分割,有了更多的力量来制衡荆州,南蛮府最终被废除。此后南蛮府也短暂复置,但均因一时所需,不久即被废罢,复置南蛮府已没有持续的动力了。宁蛮校尉府对南蛮校尉府的废罢也有一定影响。分荆置雍后,雍州成为蛮族分布的中心区,而宁蛮府正是负责雍州蛮民管理的机构,因此大量曾经受辖于南蛮府的蛮民转归宁蛮府管辖。同时宁蛮府行政化的性质既能高效地管理汉化之蛮民,也不至于威胁中枢,而南蛮府强烈的军事色彩则使其不仅无法高效地管理汉化蛮民,其军事实力也对皇权造成了威胁,所以南蛮府被废罢,宁蛮府则得以存续,并取代了南蛮府的部分职能。