近年来，双势阱中超冷原子的输运特性的研究已经成为现代物理学界的一个热点话题，尤其是具有自旋轨道耦合的玻色系统的能带结构和动力学特性以及无序势阱中超冷原子气体的相位相干性更是吸引了人们很多的关注。由于人工规范场在实验上的实现，使得中性原子自旋轨道耦合成为可能并且使得带有自旋轨道耦合的玻色系统的研究成为一个热点问题。由于自旋轨道耦合的存在，系统的能带结构和隧穿动力学出现了令人意想不到的新现象。另外，通常情况下人们的研究主要局限在纯净的晶格中和具有两体相互作用的系统，但是现实系统中，光晶格中随机的、小的缺损或者杂质是不可能完全避免的，多原子间相互作用也更符合实际情况，因此无序和三体相互作用的引入也丰富了玻色气体相干性的研究。本论文的具体研究内容和结构安排如下：　　首先，简要介绍了与本文研究有关的物理背景与相关知识，包括带有自旋轨道耦合的玻色系统、约瑟夫效应、无序势阱中玻色气体以及两体和三体相互作用对隧穿动力学的影响。　　第二章利用平均场双阱玻色哈勃模型，通过适当地调节自旋轨道耦合、拉曼耦合强度、塞曼场强度以及原子间相互作用，研究了自旋轨道耦合的玻色-爱因斯坦凝聚体的能带结构和约瑟夫动力学。研究发现：自旋轨道耦合、拉曼耦合、塞曼场以及原子间相互作用的耦合作用导致了包含loop结构的复杂能带结构的出现，特别地，loop结构的出现同样依赖于自旋轨道耦合、拉曼耦合、塞曼场以及原子间相互作用。与此对应的是，loop结构的出现导致了复杂的隧穿动力学，其中包括原子在两自旋态和两阱转移时出现的抑制恢复和自囚禁现象。　　第三章基于双势阱中的玻色哈勃模型，研究了由两体、三体相互作用和无序共同影响下的无序玻色气体的相干性特征。我们可以发现，只存在无序或者相互作用（两体和三体相互作用）时，系统的相干性由于单粒子局域影响被抑制，此时无序势能或者有效的相互作用能优于隧穿能。当相互作用和无序存在时，系统的相干性在特定的参数区域被增强。另外，系统的相干性强关联于有效的相互作用能。特别是当两体或者三体相互作用是吸引的，系统相干性在两种情况中被增强，并且此时的总的有效相互作用能有极值。　　最后，简要总结本工作及展望该领域进一步研究的前景。