由于过度捕捞、沿岸开发和污染物排放等人类活动的影响，海湾生态系统的可持续利用和健康状况日益恶化。对海湾生态系统进行可持续生态管理是十分必要的，更需要一种全面且量化的方法来测量和监控海湾生态系统的健康状况。本文根据海湾环境污染现状和生态系统的特点，从水质环境、沉积物环境、生物残毒以及海洋生物方面构建了海湾生态系统健康评价指标体系，提出了基于可变模糊评价模型的海湾生态系统健康评价方法，并利用该方法对东山湾生态系统健康状况进行了评价。海湾生态系统健康状况级别的判断准则大致可分为优、良、中、差、劣，可进一步细化为13个等级。研究结果表明：东山湾春季生态系统健康指数为2.36，秋季为2.44，均处于“良与中之间，偏良”水平，春季略优于秋季。春季东山湾各站位生态系统健康指数在2.31~2.47之间，所有站位生态系统健康均处于“良与中间，偏良”水平。秋季东山湾各站位生态系统健康指数在2.29~2.74之间，其中D11、D13和D14站位生态系统健康处于“良与中间，偏良”水平，剩余站位生态系统健康处于“良与中间，偏中”水平。海水重金属指数、海水石油类、沉积物重金属指数、沉积物石油类、生物体重金属指数、浮游植物细胞密度、浮游植物多样性指数、浮游动物生物量和底栖生物多样性指数，这9项指标的健康指数在春秋季均低于1.5，是影响东山湾生态系统健康状况的主要正面指标因子。鱼卵及仔鱼密度（春秋季健康指数均值为4.95）、营养水平（秋季健康指数为4.47）和底栖生物生物量（春季健康指数为3.59），这三项指标的健康指数大于3.5，是影响东山湾生态系统健康状况的主要负面指标因子。实例研究表明可变模糊评价模型通过准则参数α和距离参数p的不同组合变化，以线性与非线性相结合，能够较客观系统、标准量化地评价海湾生态系统健康状况的优劣，评价结果较为可信。