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凡纳滨对虾是养殖对虾三大主导品种之一,随着累代养殖及养殖环境不断恶化,现存在杂合度降低、遗传力减弱、抗逆性差、性状退化严重等不少令人堪忧的问题。为了建立对虾高生长品系或品种,本实验从分子生物学角度探讨凡纳滨对虾生长性状相关基因及表达情况,从而增强人们对数量性状遗传操纵能力,提高育种中对数量性状优良基因型选择的准确性和预见性,加速育种进程。
1凡纳滨对虾生长性状相关基因cDNA差减文库构建利用抑制差减杂交技术(SSH)构建了凡纳滨对虾生长性状的相关基因的cDNA差减文库,筛选并克隆出对虾生长性状相关候选基因。经过两次差减杂交及二次PCR反应。然后扩增产物连接、转化、克隆、测序,根据斑点杂交的结果,获得269个差异表达克隆,测序并搜索比对结果,获得EST同源群(Contig)96个,其中18个通过NCBIblastx同源搜索有功能注释,为对虾中已知基因;41个通过推测的氨基酸序列经过blastp同源搜索到有功能注释的蛋白,为其他物种中已知基因;31个仅在EST数据库中搜索到同源EST序列,为凡纳滨对虾中的未知基因;6个在数据库无同源序列,为新基因。对这些序列对应的基因进行进一步分析和功能研究,将为南美白对虾生长调控机理的研究提供重要线索。
2凡纳滨对虾烯醇酶基因、泛素-核糖体蛋白S27a基因的克隆及生物信息学分析选取差减文库中的烯醇酶、泛素.核糖体蛋白S27a基因测序片段,参照日本对虾的基因序列,进行序列延长拼接。经PCR扩增、载体克隆、蓝白斑筛选、阳性鉴定及测序。克隆分别得到全长为1364 bp的烯醇酶基因Enolase、519 bp泛素.核糖体蛋白S27a基因UBRPS27a,利用生物学软件对该两基因进行了序列比对、系统进化树、基因蛋白疏水性、亚细胞定位、二、三级空间结构等生物信息学分析。
3凡纳滨对虾烯醇酶、泛素-核糖体蛋白S27a基因的相对定量表达分析根据凡纳滨对虾烯醇酶、泛素-核糖体蛋白S27a基因序列,设计目的基因和内参管家基因的定量特异引物,采用2-ΔΔCt计算方法,利用实时荧光定量PCR技术分析两基因在8个不同组织、4个不同生长期的相对表达情况。结果表明烯醇酶基因在肌肉组织及125日龄相对表达量最高,泛素-核糖体蛋白S27a基因在肌肉组织及45日龄相对表达量最高。