二代测序联合检测非小细胞肺癌10基因突变表型及临床病理特征分析

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目的:采用二代测序技术(next-generation sequencing,NGS)检测非小细胞肺癌患者EGFR、ALK、KRAS、BRAF、HER2、PIK3CA、NRAS、MET、ROS1、RET基因突变情况,分析各种基因突变与临床病理特征之间的关系,探究各突变基因之间的关系。分析NGS技术与临床病理其他基因突变检测技术结果的一致性,探讨NGS技术对临床分子病理诊断的意义。方法:1.收集2016年3月至2018年3月于山西省肿瘤医院病理科确诊为NSCLC中晚期209例患者的石蜡包埋组织及临床病例资料。2.通过Illumina MiniSeq测序平台检测非小细胞肺癌10种驱动基因改变情况,分析其与临床病理特征的关系,并分析各突变基因之间的关系;将EGFR基因、ALK融合基因、ROS1基因检测结果与临床分子病理标准检测方法结果进行一致性分析。3.采用SPSS 25.0软件进行统计学分析,变量组间比较采用χ~2检验,理论频数<5的则采用Fisher确切概率法检验,各基因突变之间的相关性分析采用Spearman秩相关分析,不同检测方法之间的一致性分析采用Kappa检验。结果:1.各种基因突变频率10基因突变联合检测显示:209例NSCLC中10种驱动基因突变联合检测总体突变阳性率为69.9%(146/209),分别是EGFR(37.6%,80/209)、ALK(13.1%,28/209)、KRAS(11.3%,24/209)、ROS1(3.3%,7/209)、HER2(1.9%,4/209)、PIK3CA(1.4%,3/209)、BRAF(0.9%,2/209)、RET(0.5%,1/209)、MET(0.0%,0/209)、NRAS(0.0%,0/209)。检测发现双基因共存突变EGFR/ROS1、EGFR/PIK3CA、ALK/BRAF各1例。2.基因突变与临床特征的相关性EGFR突变与性别、是否吸烟、组织学类型、TNM分期具有相关性(P<0.05),与患者年龄、肿瘤的发生部位无相关性(P>0.05)。ALK融合突变与性别、是否吸烟相关(P<0.05),与年龄、TNM分期、组织学类型、肿瘤发生部位无相关性(P>0.05)。KRAS基因突变与患者性别、年龄相关(P<0.05),与是否吸烟、TNM分期、组织学类型、肿瘤发生部位无相关性(P>0.05)。ROS1融合突变与TNM分期具有相关性(P<0.05),与性别、年龄、是否吸烟、组织学类型、肿瘤发生部位无相关性(P>0.05)。HER2、PIK3CA、BRAF、RET、MET、NRAS与性别、年龄、是否吸烟、TNM分期、组织学类型、肿瘤发生部位无相关性(P>0.05)。3.各基因突变之间的相关性EGFR基因突变与ALK融合突变呈负相关(P<0.001,r_s=-0.297),与KRAS基因突变呈负相关(P<0.001,rs=-0.278);与ROS1、HER2、PIK3CA、BRAF、RET基因突变无相关性(P>0.05)。ALK融合突变与KRAS基因突变呈负相关(P=0.045,r_s=-0.139),与ROS1、HER2、PIK3CA、BRAF、RET基因突变无相关性(P>0.05)。ROS1、HER2、PIK3CA、BRAF、RET基因突变与其他基因突变之间无相关性(P>0.05)。4.不同检测技术结果一致性本次二代测序EGFR突变、ALK融合突变及ROS1融合突变的检测结果与临床标准检测方法结果高度一致。结论:1.在非小细胞肺癌中有较低阳性率的多驱动基因共存突变和多位点的共存突变,常见几种驱动基因的突变存在相关性。2.采用二代测序技术对非小细胞肺癌多种驱动基因突变的联合检测具有较高的准确性。
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