近几年来随着医药企业以及配套的医药物流迅速发展，物流配送体系在整个医药企业中的作用日益显著。而库存管理作为供应链管理中的一个重要环节，对医药企业健康稳定的发展具有至关重要的作用。随着信息和运输技术的进步，供应链管理思想的提出，传统的库存控制理论正面临着挑战。当前环境下的库存问题和传统的库存问题有许多不同点，这些不同点正体现了医药物流发展的趋势。本文从医药物流配送体系以及医药库存的相关理论入手，文章首先分析了医药物流的运营模式、影响医药库存的若干因素、医药配送体系物流的组织任务和流程。接着，本文以M公司为对象，分析了其物流配送体系现状和现有库存管理问题：牛鞭效应的影响、供应链管理思想的缺乏、不确定性的影响、库存控制策略的简单化、信息系统无法适应现代库存管理的要求、缺乏科学的库存管理绩效评估、复杂的仓库网络等。在此基础上，论文重点对M公司的物流配送体系的新模式的实施，库存管理模式的选择和设计和M公司产品库存管理的优化进行了研究。此外，本文在前述文献和对M公司医药物流运营现状及库存问题分析的基础上，运用M公司各地区销售数据，通过模糊聚类算法和柯西分布函数，逐步建立了M公司的二级物流配送网络结构，并确定了各配送中心的服务范围。最后，本文研究了二级配送体系下的库存管理模式，通过对原有传统的库存管理模式进行组织结构的重组、采取有效的库存策略、导入EDI技术重构信息组织模式、充分利用第三方物流等方法建立了新的适用于二级配送体系的库存管理模式，提高企业库存管理效益。并以华北市场为例，比较了M公司二级配送模式模式实施前后的库存和运输费用，结果表明二级库存配送体系下的库存管理模式，可以有效降低企业成本，提高运作效率。