近年来，商业化成为我国基金会领域重要的发展趋势。通过商业化运营，我国基金会开始打破传统筹资模式的限制，在一定程度上建立了更为稳定和持续的资金来源渠道，有力推动了自身的生存与发展。然而，基金会在商业化过程频频出现的违规行为引起了社会公众对其商业行为合法性的质疑，同时也严重损害了基金会的行业公信力，并放大了各类潜在风险发生的可能。通过对相关问题的梳理，发现商业违规行为的发生很大程度上是源于当前政府规制的模糊与缺失。这严重制约了基金会商业行为的规范开展，影响了我国基金会行业乃至整个公益慈善事业的健康发展。为此，结合公共利益理论、公益产权理论和激励性规制理论，在综合运用文献研究法、比较研究法和实证分析法的基础上，深入分析了当前基金会商业行为政府规制的现状，总结出实际规制过程中存在的主要问题并剖析其成因，进而在充分研究和借鉴美国、日本等基金会商业化发展成熟国家的成功经验的基础上，结合我国具体实际提出了完善我国基金会商业行为政府规制的对策建议：通过明确公益与慈善的边界、制定关联交易准则来引导全社会转变传统慈善理念中的偏颇认知；从加快基础法律建设和健全配套实施细则两方面着手，完善现有的法律体系；改革双重管理体制，构建多元化的监管模式，以增强政府监管体制的规制效果；重视利益导向机制作用的发挥，包括税收优惠政策的正面激励和惩罚违规商业行为的负面激励；优化信息披露和参与机制，发挥信息公开在优化基金会治理中的作用，通过建立健全参与机制，以减少政府规制成本，增强政府规制效果。