亚低温对BV2小胶质细胞mRNAs、lncRNAs和circRNAs差异表达谱的分析

来源 :安徽医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:doubaosong
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脓毒症相关性脑病是脓毒症重要的并发症之一,不仅损害了患者的生活质量,也给家庭及社会带来了极大的负担。亚低温在神经系统疾病中的疗效已逐渐得到认可,但相关保护机制尚不清楚。通过分析亚低温对BV2小胶质细胞m RNAs、lnc RNAs和circ RNAs差异表达的影响,探讨亚低温在神经保护中的分子机制,另外本研究用LPS诱导BV2小胶质细胞构建脓毒症相关性脑病的早期细胞模型,探讨亚低温对神经炎症的作用机制。目的:本次研究利用高通量测序技术及生物信息技术,分析亚低温对BV2小胶质细胞及m RNAs、lnc RNAs和circ RNAs差异表达谱,探讨亚低温在神经保护中的作用和分子机制。方法:用LPS刺激的BV2小胶质细胞作为脓毒症相关性脑病中小胶质细胞早期激活的模型,并分为CN组、YT组、LPS组和LPS-YT组。运用TRIzol法提取各组细胞中的RNA,对4组细胞的总RNA进行ceRNA芯片检测,鉴定CN组和YT组、LPS组和LPS-YT组m RNAs、lnc RNAs和cicr RNAs差异表达的情况。利用T检验的p值和倍数变化值进行差异基因筛选,对差异筛选结果进行火山图绘制。运用DAVID生物信息数据库分别对m RNAs的上调以及下调的差异基因进行GO和KEGG通路富集分析。选m RNAs呈现显著正相关共表达的差异lnc RNAs、cicr RNAs,利用数据库mi RBase22中已知mi RNA作为桥梁构建并绘制ce RNA网络图。通过q RT-PCR对其中差异显著的RNA进一步验证。结果:(1)相对于CN组,YT组差异表达了941个mRNAs(403个上调、538个下调)、3803个lnc RNAs(1387个上调、2416个下调)和124个circRNAs(37个上调、87个下调)。GO分析显示,上调的差异基因在DNA结合转录因子活性、肌肉收缩的调节、G蛋白偶联嘌呤核苷酸受体活性上显著富集。下调的差异基因在膜的组成部分、突触、膜上显著富集。KEGG通路分析显示,上调的差异基因主要在苯丙胺成瘾、用于Ig A生产的肠道免疫网络、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路上富集。下调的差异基因主要在嗅觉转导、神经活性配体-受体相互作用、c AMP信号通路上富集。在lnc RNA-mi RNA-m RNA共表达网络中筛选出关键节点,其中Inc RNA包括:NONMMUT103347.1、NONMMUT059351.2、NONMMUT103354.1;m RNA包括:Efnb2、Ppp6r2、Pan3。在circ RNA-mi RNA-m RNA共表达网络中筛选关键节点,其中circ RNA包括:mmu-circ-0014118、mmu-circ-0011857、mmu-CIRCpedia-21711;m RNA包括:Fosb、Smad5、Tent5c。(2)相对于LPS组,LPS-YT组差异表达了623个m RNAs(383个上调、240个下调)、1311个lnc RNAs(767个上调、544个下调)和62个circ RNAs(50个上调、12个下调)。GO分析显示,上调的差异基因在DNA结合转录因子活性、正向调节心率、DNA结合上显著富集。下调的差异基因在细胞对干扰素-β的反应、对病毒的防御反应、先天免疫反应上显著富集。KEGG通路分析显示,上调的差异基因主要在血管平滑肌收缩、安非他命上瘾、细胞衰老通路上富集。下调的差异基因主要在单纯疱疹病毒感染、光转导、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路上富集。在lnc RNA-mi RNA-m RNA共表达网络中筛选关键节点,其中Inc RNA包括:NONMMUT044210.2、NONMMUT150366.1、ENSMUST00000141951.1;m RNA包括:Plekhg2、Arid5a、Ap5z1。circ RNA-mi RNA-m RNA共表达网络中筛选关键节点,其中circ RNA包括:mmu-circ-0001714、mmu-circ-0008693、mmu-circ-0004002;m RNA包括:Mlxipl、Kank2、Ankrd44。(3)q RT-PCR验证结果显示,与CN组相比,两个m RNA(Traf1、Fpr2)和两个lnc RNA(NONMMUG050342.2、ENSMUSG00000107761.1)同样上调。结论:(1)揭示亚低温对BV2小胶质细胞mRNAs、lncRNAs和circRNAs表达的影响,差异表达的m RNAs参与多种生物学过程。(2)亚低温对神经炎症的调节可能与IL-17信号通路、NOD样受体信号通路有关。
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