古人非常迷信鬼神，从皇帝到小吏，更是带头膜拜。元明时期，“土地神”在民间祭祀活动中广泛普及，但是在衙门里设立土地庙，却是明太祖朱元璋的“创举”。
　　按明朝蒋一葵《尧山堂外纪》的记载，土地庙的来历有点儿“传说”的味道。朱元璋出生在江苏盱眙县（明洪武二年，盱眙为“帝里”，洪武四年，盱眙改属凤阳府，即今安徽凤阳县）的一个土地庙，对土地庙有着特殊的感情。他当了皇帝后，有一次微服出游，在一家客栈遇到一个穷秀才。因人多桌少，朱元璋和穷秀才便跑到附近一座土地庙，合伙搬来一张供桌使用。两人互不认识，却在酒桌上边喝边聊，十分尽兴。朱元璋听说秀才是重庆府人，便出了副上联要秀才对：“千里为重，重山重水重庆府。”秀才应辩敏捷，当即答道：“一人成大，大邦大国大明君。”这张供桌四脚不平，朱元璋他们找了些木块垫脚。朱元璋又随手拿了一块木块，让秀才作诗。秀才吟道：“寸木原从斧削成，每于低处立功名。他时若得台端用，要向人间治不平。”秀才的诗，正合朱元璋的胃口，第二天便任命秀才做了掌管司法监察的按察使，而后又下令，各地州县衙门都要建土地庙。
　　土地庙是用来供奉“土地神”的，不过，朱元璋时期，衙门里的这个土地庙还是—个刑场。对待贪官，朱元璋的惩治特别严厉，规定贪污60两以上即“剥皮实草”。贪官犯了死罪，就要被人押到土地庙里，剥下皮，蒙到一个草人上，制成“皮囊袋”，再挂到官员办案的公堂上，以此警示后任官员。

　　除了土地庙之外，在州县衙门里设立的第二主庙，是五显神庙，供奉“五显神”，又称“五圣神”“五通神”。关于“五显神”的来历，说法有很多。有一个传说是，“五显神”是邪神，经常摄人魂魄，兴妖作怪，侵扰民间，为恳求五显神不要祸害人间，民间遂盖五显神庙，进行供奉。另一个传说是，“五显神”是狐、蛇、刺猬、鼠、黄鼠狼这五种夜行动物的化身，民间觉得其神秘，尊其为“五圣”，进行供奉。清朝毛祥麟的笔记《墨余录》中，却认为“五通神”与朱元璋有关。朱元璋夺取天下后，唯恐那些阵亡的士兵灵魂化为野鬼，在民间作祟，因此，他根据军队中五人为伍的习惯，追封那些士兵的灵魂为“五通神”，并下令各地建庙祭祀。
　　在衙门看守犯人的监狱院落里，则供奉有狱神，称为“狴（bì）犴（àn）”，形状似虎，力大无穷，相传是龙的儿子。
　　在马房里，供奉有兽医神“马王爷”。相传黄帝身边有个马医，名叫马师皇，医术不凡，连天上的龙生病了，也要下凡找他求医。后来马师皇升天成仙，成為后世兽医行的“祖师爷”、饲马业的“保护神”。
　　书吏们供奉的行业神、祖师爷，是汉朝开国丞相萧何和神话传说中创造文字的仓颉。
　　衙役们供奉的祖师爷是唐朝开国功臣秦琼。传说秦琼做过济南府的衙役，因此，秦琼被后世的衙役们奉为祖师爷。
　　此外，衙门里还供奉有门神、宅神、灶神等神仙。
　　盛行的迷信之风，给衙门增添了很多鬼神传说，也给其蒙上了一层神秘的色彩。在古人留下的很多著作中，便记载了不少官员遇到鬼神的故事。
　　清代文学家袁枚所著的《子不语》中，便记载了这样一个故事。浙江上虞县的衙门里有一个古墓，谁也不知道葬的是谁，但是，每任知县上任，都必须祭拜古墓主人。有个姓冉的知县来到上虞县上任，觉得此事实在太荒唐，他问一个书吏，之前有没有不拜这个古墓的知县。书吏回答说，前几任知县中，有位张知县没有拜过，现在担任湖北布政使。冉知县一听就放心了，没有到古墓前祭拜。可是，没过几天，冉知县便做了一个恶梦，有个鬼跑来骂他，说自己是元朝的县官，在此地当官，姓苏名松，死后葬在这里，刘伯温还是他的后辈，冉知县竟敢不来拜他！冉知县赶忙辩解说，前任张知县也没有拜过。这个鬼说，张某人当时气运正盛，现在运气已衰，他正要去取张某人的眼睛。这一下，冉知县被吓出了一身冷汗，醒来后，赶紧去古墓前祭扫。过了没多久，冉知县便听说那个姓张的布政使被朝廷革职，眼睛也瞎了。
　　自然，这类鬼神故事都是骗人的，目的是为了劝导人积德从善，但是，这些鬼神故事的流传，却助长了封建时代的迷信之风。不过，还是有些正直的官员就不信鬼神。清朝康熙年间，官员汤斌巡抚江南，他得知民间有一些无赖假冒“五显神”在乡间作乱，便下令拆毁五显神庙，从此，江南各地的衙门不再供奉“五显神”。
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