和许多读者的印象不同，明朝政府其实重用了海瑞，尤其是在隆庆年间。隆庆三年（1569）夏，朝廷下诏命海瑞领右佥都御史，担任应天巡抚。应天巡抚下辖应天、苏州、松江、镇江、常州、徽州、宁国、池州、太平、安庆十府，还负责总督杭州、嘉兴、湖州三地税粮，掌管了明朝的赋税重地。要知道，苏州一府七县虽只有耕地9.6万顷，占全国总耕地面积的百分之一，税粮却占全国总税粮的百分之十，达280万石。

临危受命。大展拳脚

　　从根源来说，明朝重用海瑞，乃是时弊所致。官僚系统腐败、地方土地兼并、特权集团泛滥，以及典章制度、财政税收的积弊，已经让隆庆初年的明朝陷入水深火热之中，再不改革，重用有魄力的干才，恐怕有覆灭之忧。应天是明朝的税粮重地，却也是士绅地主抱团之地，要与他们博弈，非有魄力之人不能行。
　　应天繁华，可繁华之下，是农民的沉重负担。歌舞升平里，农民流离失所而无处申冤。海瑞为此感慨：“生至地方，始知富饶全是虚名，而苦楚特甚。”
　　海瑞新官上任，首先做了两件事。
　　第一件，颁布“督抚条约”三十六款。条约规定：“境内成年男子一律从速结婚成家，不愿守节的寡妇应立即改嫁，溺杀婴孩一律停止。巡抚出巡各地，府县官不得出城迎接，但巡抚可以传询耆老听取他们的控诉。巡抚在各府县逗留，地方官供给的伙食标准为每天纹银二钱至三钱，鸡鱼肉均可供应，但不得供应鹅及黄酒。境内的公文，今后一律使用廉价纸张;过去的公文习惯上在文后都留有空白，今后也一律废止。”
　　第二件，疏浚河道。《明史》载：“瑞锐意兴革，请浚吴淞、白茆，通流人海，民赖其利。”海瑞之所以要疏浚河道，是因为就在他上任那一年，江南发生了严重的水灾，暴露出太湖水道不畅的问题。嘉靖四十年、隆庆三年，每一次大雨倾盆，就是一次生灵涂炭。到隆庆年间，海瑞判断“黄浦夺淞”趋势无法逆转，于是确立了“由黄浦人海”的整治方针。但“要开吴淞江，除是海龙王”，疏浚河道难如登天，不仅仅是因为地理原因，还与官场腐败及治理经费问题有关。永乐年间曾有人试图治理吴淞江，但其治理费用被时任工部尚书夏元吉惊称浩大。后来，不少治理者都知难而退。偏偏海瑞迎难而上，“毅然而以身任之”，他亲自视察吴淞江，招募饥民、以工代赈，委派时任上海知县张巅测量河道、制定方案，工程开始后，他亲自复查，不辞辛苦，两个月内就开疏了80里的河道，还使13万饥民度过了饥荒。
　　海瑞此举颇得民心，甚至一个曾被他打击的大地主何良俊也说：“前年海刚峰来巡抚，遂一力开吴淞江。隆庆四年、五年皆有大水，不至病农，即开吴淞江之力也。非海公肯担当，安能了此一大事哉！”除此之外，海瑞还疏浚了白茆河、嘉定县夏家口、吴江县长桥、长洲县宝带桥等地，他顶着江南地主集团的压力，办成了这些事，从此“年谷豐登，吴民总赖，乐利无穷”。
　　海瑞另一个被人津津乐道的措施是推行一条鞭法（即把各州县的田赋、徭役等合并征收，简化手续，使地方官员难于作弊）。一条鞭法并非张居正首创，早在嘉靖初年，以张璁为首的文官集团就决定推行一条鞭法，但后来多有偏废。嘉靖十七年（1538），苏州知府王仪也曾推行一条鞭法。可是，推行一条鞭法的官员要面对一个老大难问题——上有政策，下有对策。官吏徇私舞弊，摊派有增无减，纵然上面初衷好，最后也成为民众的深重负担。
　　海瑞新官上任，就把目光对准徭役和各种加派。他颁发的“督抚条约”促成了应天民众负担的减轻。史载：隆庆四年（1570），长洲县徭役银减了九千六百八十八丙四钱四分零，吴县减了九千七百五十三两三钱二分零。
　　为了照顾无地少地的百姓，海瑞把一条鞭法编银的比例调整为：田粮占四分之三，人丁占四分之一。此举又遭到地主阶层的抗议，曾任内阁首辅的徐阶甚至为此写信问责海瑞。但海瑞毕竟是海瑞，他还是顶着巨大的压力推行新政策，“从此役无偏累，人始知有种田之利。而城中富室始肯买田，乡间贫民始不肯轻弃其田矣”。

惹“众”怒，无奈罢官

　　其实，海瑞自己并不发自内心认同一条鞭法，他盼望“复屯盐本色以裕边储”（《治安疏》），恢复洪武旧制度，这本质上和一条鞭法存在冲突，所以后来张居正不重用他，恰恰在于与海瑞政见不合，他曾写信给海瑞，大致意思是说“国家法律不能在吴地得到贯彻执行由来已久。海瑞公您骤然用法律来严格要求他们，他们无法忍受也是正常的。谣言散播，听者惶恐不解”。这里就暗讽了海瑞的行政理念不合时宜。但海瑞又有他识时务的一面，他内心不认为一条鞭法是长久之策，却肯定了一条鞭法短期内的效用，在兴国和应天，他都推行了一条鞭法。
　　海瑞的作为触动了地主阶级的利益，他丈清田地、退田于民，结果发现仅徐阶一家在松江就有至少24万亩田地。原来，徐阶借“投献”之名，与亲友大量兼并土地，占田无数，使数万农民成为流民或家奴。海瑞知道后，当即遣散徐府千名家奴，并扬言严惩徐阶的儿子徐潘、徐琨，逼迫徐府退田。海瑞的雷厉风行不仅触怒所谓浊流，也得罪了清流领袖，要知道应天府正是盛产清流之地。史料记载，官吏战战兢兢，奉行不悖，以至有能力的豪强跑到其他地方去躲避。海瑞又裁减节约驿站供给费用，士大夫路过海瑞的辖区大多得不到奉献之物和止宿之地，因此怨言越来越多。
　　海瑞过于得罪乡绅地主，后者又掌握着应天的舆论机器，在朝廷也多有关系，所以不到一年，海瑞就被罢免。
　　海瑞在隆庆三年之所以被重用是多种因素叠加的结果，社会危机、内阁洗牌、隆庆改革、国库亏空等原因叠加，让明朝中央决策层迫切需要打破陈规，在粮税重地插入一颗钉子，来打破地方既得利益者的抱团垄断。海瑞就是这么一颗钉子，他来应天就是要用雷霆万钧之势，震慑应天的地主乡绅。应天士绅力量深厚，且在一定程度上代理了明朝对地方秩序的控制，明朝中央需要与他们合作，又要抑制他们，这时候最恰当的手段，就是任命一个海瑞这样的人物，干出一番动静，直到士绅们叫苦不迭，忍无可忍，朝廷再把海瑞罢免，如此一来，既安抚了士绅，也达到一定的现实目的，比如丈量田亩、打击土豪、抑制兼并、推行一条鞭法等。海瑞虽然离开，但他的措施被短暂延续了下来。
　　海瑞任应天巡抚不到一年，他离开时，当地百姓纷纷自发上街，呼号哭泣于道路两旁，挽留海瑞，但海瑞终于还是走了。从此以后，由于与高拱、张居正皆存在政见分歧，海瑞不再被委以重任。张居正去世，万历皇帝重新起用海瑞为南京右佥都御史时，他已经72岁，心有余而力不足了。
　　李贽（明代官员，思想家、文学家）说：“吾谓欲得扶世，须如海刚峰之悯世，方可真扶世人也。”万历十五年（1587）十月十四日，海瑞病故于南京任上，佥都御史王用汲为其主持丧事。史载，海瑞的死讯传出后，南京百姓“丧出江上，白衣冠送者夹岸，酹而哭者百里不绝”。
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