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利用10个SSR(简单序列重复)引物对,对10个玉米自交系进行同源位点扩增,用琼脂糖凝胶及聚丙烯酰胺凝胶两种电泳方法分离,检测其DNA多态性。结果表明,其间的多态性检测结果差异较大。聚丙烯酰胺凝胶电泳较琼脂糖凝胶电泳能检出更多的等位基因位点,多态信息含量值亦较高,自交系间遗传相似系数的变幅小于琼脂糖凝胶检测中的相应值。聚丙烯酰胺凝胶电泳的分辨率高于琼脂糖凝胶电泳,对自交系的系统聚类更为准确、可靠,更能真实地反映自交系间的系谱关系。