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花坪自然保护区共有野生维管束植物205科667属1 475种。优势科有鳞毛蕨科、水龙骨科、蹄盖蕨科、蔷薇科、兰科、菊科等,优势属有鳞毛蕨属、凤尾蕨属、冬青属、山矾属、杜鹃花属等。保护区特有现象明显,分布有中国特有科1个、中国特有属24属、广西特有种35种。野生植物资源包含药用植物、芳香植物、蜜源植物、淀粉植物、园林绿化植物等。