【摘 要】
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目的 识别乳腺癌个体中差异表达长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA).方法 应用LncRIndiv方法识别乳腺癌个体中差异表达lncRNA,并使用超几何检验进行亚型分析和Log-r
【机 构】
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哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院,150081
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目的 识别乳腺癌个体中差异表达长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA).方法 应用LncRIndiv方法识别乳腺癌个体中差异表达lncRNA,并使用超几何检验进行亚型分析和Log-rank检验进行预后分析.结果 lncRNA差异判断的平均准确率高于96％.分别识别出1 81个、32个、15个和72个basal-like、HER2-enriched、luminal A、luminal B 亚型特异的lncRNAs(False discovery rate＜0.05,超几何检验).LncRNA ZNF582-ASl差异下调的乳腺癌患者生存差(TCGA,P=0.038;GSE42568,P=0.026,Log-rank检验),是潜在的预后标志.结论 LncRIndiv方法识别个体中差异表达lncRNA准确性高.乳腺癌个体差异表达lncRNA可用来识别亚型特异的lncRNA和预后标志.
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