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目的了解2013年北京市朝阳区柯萨奇A6型(Coxsackievirus A6,CVA6)病毒的流行特点及其基因特征。方法对2013年收集的795份手足口病患者的咽拭子样本进行肠道病毒检测,对非EV71、非CVA16型病毒阳性样本进行CVA6荧光定量PCR检测,选取CVA6阳性样本进行VP1片段(794bp)序列扩增与测序,运用Clustalx软件和MEGA4.0软件对本地区CVA6的VP1片段序列与从NCBI下载的CVA6的VP1参考序列进行聚类分析。结果肠道病毒通用型核酸阳性样本共计382例(48.1%,382/795),其中非EV71、非CVA16型病毒236例(61.8%,236/382);非EV71、非CVA16型病毒阳性样本中有CVA6型病毒样本185例(78.4%,185/236)。基于VP1片段的聚类分析,结果显示2013年该地区的CVA6型病毒与中国地区的参考序列明显聚为一类;CVA6在系统进化树中形成A、B和C等3个基因型,C基因型又可分为C1和C2两个基因亚型;两个基因亚型间的核苷酸序列差异度为10.8%~13.2%。朝阳区所有的CVA6都位于C基因型,C1亚型包括了大部分该地区序列。结论 2013年该地区的CVA6已经超过了EV71和CVA16,首次成为北京市朝阳区手足口病的主要病原体。该地区存在CVA6的C1和C2两个基因亚型的共循环,其中C1亚型对该地区2013年CVA6的暴发流行起关键作用。