由于经济困难，或对收费标准、服务水平不满等各项因素，保障房物业费收取率一直较低。而保障房小区人口构成复杂，残疾人等特殊人群比例高等因素也加大了物业管理和服务的难度，随着小区入住率提高，各项物业管理成本急剧增长。
　　管理困难归根结底是物业费收缴率低。目前北京市只规定了廉租房与经济适用房的物业收费标准。按照《北京市物业服务收费管理办法(试行)》规定，廉租住房物业费由政府财政补贴。而依据《北京市经济适用住房小区物业服务收费政府指导价收费标准》，经适房居民交纳的物业费应为基准价每月每平方米0.55元(不含电梯运行等各项维护费)。
　　公租房租金已含物业费和取暖费，限价房等项目则要根据物业公司与业主的商量来定。具体的物业费定价及物业纠纷评判标准，北京已于2010年3月已启动保障性住房物业第三方评估监理机构的试点工作。由青宇、鑫金泊顿、安达三家第三方物业监理机构对5个保障房项目开展物业交接验收试点。
　　“保障房要真正服务于民生，既要建好，也要管好，这应该从各方面做努力。”住建部政策研究中心副主任王珏林表示，从物业费上来说，政府可以给予一定补贴，保证物业公司至少不亏损。有业内人士撰文指出，由于财政补贴对象的支付能力有差别，因此财政补贴数额要区分层次。政府补贴保障房物业费，在福建厦门已有案例可循。2008年8月，厦门市国土房产局制订了《厦门市社会保障性住房使用管理办法(试行)》，规定保障房的低保住户只需付20％物业费，财政补助物业服务费的80％。
　　“保障房如果管不好，很容易成为穷人聚居地甚至贫民窟。对于那些经营管理不善、服务质量不合格的物业公司，政府应明确标准使其退出保障性住房物业管理。”中国房地产及住宅研究会副会长顾云昌表示，现在国家常常在商品房附近配件保障房，因此就实现了商品房物业费补贴保障房的可行性。关键要对多少商品房配建多少保障房进行进一步研究。
　　“可以在保障房周边配备一定比例的经营性物业，用这部分收入适当补贴保障房的维护管理成本。”顾云昌指出。如天通苑等小区发展停车场和底商的做法，一定程度上值得借鉴。保障性住房的商铺租金可以成为一种资金来源，由于商铺的产权属于政府，租金收益自然也应属于政府。商铺租金收益可先行上缴政府，由相关部门统筹调配实施补贴行为。当然，对负责管理商铺的物业公司也应支付相应的报酬。
　　业内有文章指出“还可通过适当奖励，鼓励居民积极承担小区保安、清洁、绿化等物业管理义务，这样既降低了物业管理成本，还可解决部分困难家庭就业问题。”