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对英国来说，印尼－马来亚战争只能算作是一次大规模、低烈度行动。没有常规部队问的大规模交战，更没有公开宣战，有的只是丛林深处的小规模交火，甚至是无声的搏斗；但对那些身处其问的士兵来说，他们同样得承受不期而至的死亡恐惧，以及身边战友猝然倒下带来的痛苦。
苏加诺的“反殖民主义”政策
从二十世纪五十年代中期到六十年代初，东南亚的政治格局发生了重大变化。原荷兰、法国和英国的殖民地纷纷成为独立国家，而美国则取代法国，逐步介入越南事务。1961年，美国开始向南越派遣军事顾问，到1964年底，在越南的美军已达23000人。次年三月，美国首次大规模成建制投人地面部队，一场持续7年的残酷丛林战争就此拉开帷幕。
而在更南面的马来亚丛林中，另一场战争也愈演愈烈。1957年8月，英国在镇压了已进行9年游击战争的当地共产主义游击队后，同意马来亚独立，成为英联邦平权成员，并扶持马来亚建立起了亲西方政府。1961年5月，具有英国教育背景的马来亚总理拉赫曼提出将马来亚、新加坡和北婆罗洲合并组成马来西亚联邦，英国对此表示赞同。在经过多轮磋商后，1963年7月5日，英國、马来亚、新加坡、沙捞越、沙巴在伦敦签订成立马来西亚的协定，同年9月16日，马来西亚联邦正式宣告成立。
但这一举动引起了马来亚邻国印度尼西亚的强烈反应。印尼早在1949年12月就从荷兰人手中获得了独立。在印尼争取独立的过程中，英国曾帮助过荷兰殖民者，这让印尼总统苏加诺非常不满。婆罗洲的大部分地区属于印尼，并被印尼称为加里曼丹。苏加诺一直对英国试图将北婆罗洲和马来亚合并的举动感到不安，认为这会是殖民主义者对印尼的一种威胁。他希望在该地区能出现一个和印尼共同进行“反对殖民主义和帝国主义”斗争的北加里曼丹国。
而对逐渐倾向于东方阵营的苏加诺的这种意图，英国直接将其等同为试图控制北婆罗洲。1963年1月，印尼外长苏班德瑞公开宣布，鉴于马来亚政府“联合新殖民主义和帝国主义势力，奉行敌视印尼的政策”，印尼将相应地采取与马来亚对抗的政策。从4月份开始，印尼志愿人员不断渗透到沙捞越和沙巴地区，展开武装袭击活动。到7月末，随着建立马来西亚联邦的进程发展，苏加诺号召印尼人在各个领域同马来亚展开斗争：“我们不能轻声细语地去和帝国主义者交谈。”
马来西亚联邦成立后，印尼当即与马来西亚断交。事实上，双方的对抗早在近一年前就已经开始了。由于英国拒绝给予北婆罗洲自决权，1962年12月8日，文莱发生了叛乱。叛乱由一个名为“北加里曼丹国民军”(TNKU)的组织领导，其领导人名叫亚欣·阿芬迪。这个组织在文莱和沙捞越拥有约4000名成员，但只有150人得到良好武装。英国出动了包括陆军第1营、第2廓尔喀步枪营等在内的4支营级部队进行镇压。到12月17日，叛乱被平息。英国人确信这次叛乱活动得到了印尼的资助，因此将此次事件视为印尼奉行对抗政策的开始。英军强力介入印马冲突
印尼控制下的婆罗洲(加里曼丹)与北婆罗洲的沙捞越、沙巴等地区有着长约1440公里的边界线。为了便于管理，英国将沙捞越地区自西向东划分为5个“师”。第一师位于西部的沙捞越首府古晋，而第五师则位于沙巴边界附近。当然这里的“师”仅仅只是一个行动地区概念，与实际军事力量毫无关系。而沙巴则被划分为西、中、东三个“旅”。
此时在马来亚地区的英国部队与二战时期的英军大不相同，已是职业化部队。虽然士兵大部分都是战后出生的毛头小伙，但指挥官们都有着二战和朝鲜战争的战斗经历。许多连队军官和资深军士在五十年代同马来亚游击队的战斗中积累了很丰富的丛林战经验。在马来亚，英军拥有较为完善的基础设施，其中还包括供已婚军人居住的宿舍、军人子女就读的陆军学校等。一些二战前修建的机场、港口还能使用。
但在婆罗洲的沙捞越和沙巴地区，状况就差许多。婆罗洲境内有着海拔2400米的陡峭山岭和极其茂密的热带雨林。昼间潮湿多雨，夜间低地和白天一样闷热，而山岭上则阴冷异常。境内极少可通行的道路。北婆罗洲地区只有纳闽一个深水港，没有补给兵站，大量物资都需要从新加坡运来。对英军来说，公路、机场和宿舍等基础设施都需要整修或重建。
1962年12月，沃尔特·沃克少将抵达东南亚，并于翌年出任婆罗洲萸军及英联邦军队最高指挥官。少将是参加过缅甸和马来亚丛林战的老兵。他此行的最初目的是彻底镇压在北婆罗洲的叛乱活动。但上任后少将很快意识到，他面临的更大威胁来自印度尼西亚。在文莱的叛乱被平息后，沃克要求不削减北婆罗洲驻军。他首先要对付的是被英国人称为“边界恐怖分子”的武装组织，这些组织的基地都设在印尼境内。少将决心先抑制这些组织的越境袭击，进而摧毁其作战意志，以达到最终消灭的目的。
和武装部队协同工作的警察特别部人员可以为军队提供当地恐怖分子头目的情况，以及在沙捞越和沙巴可能的藏身地点。正是在这些情报的帮助下，第2／7廓尔喀步枪营于1963年12月8日成功摧毁了TNKU头目亚欣·阿芬迪在坎坡一沙登附近的基地。这个基地设立在文莱河沙洲里的沼泽地内。亚欣本人也在英军的行动中被打成重伤。
1962年12月时，归沃克指挥的地面力量只有1个旅(3个营)，海上有6艘360吨的海岸扫雷艇(乘员29人，航速15节，装一门40毫米和两门20毫米炮)，用这支力量在婆罗洲2400公里的海岸线进行巡逻实在勉为其难。沃克能得到的空中支援只有第15海航中队和皇家空军约15架直升机。1963年马来西亚成立后，沃克的部队又得到了第3、第5皇家马来亚团和联邦侦察团的加强。
随着战事的发展，英国逐步投入了更多的地面和海空力量。澳大利亚、新西兰等国也相继派出了部队及舰艇。到1964年中，在北婆罗洲的英联邦部队已超过10000A，有37架直升机提供直接支援。而1965~3月沃克向乔治·里少将移交指挥权时，他所指挥的多国部队的总数达17000人，其中一半是英国人，另外一半则由廓尔喀人、马来西亚人、澳大利亚人和新西兰人组成。此外还有1500人的当地部族侦察队。
在这段时间里，英国在远东的地面力量始终保持着约18个英国和廓尔喀步兵营的规模，供沃克直接指挥。沃克还拥有2个“萨拉丁”装甲车团，装备140毫米野战炮和105毫米榴弹炮的炮兵部队，以及一些工兵分队。英联邦国家在该地区的空中力量始终保持80架直升机和40架固定翼飞机，其中包括“猎人”和“标枪”战斗机。皇家海军在该地区则部署了航空母舰和直升机母舰，以及驱逐舰、护卫舰、海岸扫雷艇、快速巡逻艇，在沙巴首府斗湖还部署了SRN5气垫艇。
谈判破裂，印尼武装大举越境
1963年4月12日，印度尼西亚境内的武装组织袭击了沙捞越西南打必律的一个警察哨所，还劫掠了当地市场。这类小 规模越境袭击主要针对当地警察，意图通过这样的威吓破坏当地治安。警察特别部人员在对这些袭击行动进行调查时发现，沙捞越西部存在一个秘密组织。被抓获的嫌疑人供称这个组织进行武器训练，计划攻击警察哨所，伏击安全部队。而雅加达则把这些武装人员称为“北加里曼丹国民军”战士。此后，廓尔喀部队逐步确立了自己的战术：如能获得准确的情报预警，就抢在印尼武装人员发动袭击前在预定行动路线上设伏；否则就在其返回印尼的途中拦截。这种战术使印尼武装分子无法深入马来西亚境内进行袭击，而袭击活动本身也无法持久。
1963年12月中，印尼方面决定在沙巴首府斗湖及卡拉巴干发动一次大规模袭击。此前，沃克少将就判断对手很有可能从海岸附近穿越沙巴边界，因此命令皇家海军陆战队特别舟艇部队(sBS)的第2、第6小队以及部分加强人员，在东部海岸色鲁东河和色巴提克岛附近区域巡逻。这支巡逻队随后被编为在水上活动的斗湖突击群，并在色鲁东河河口建立基地。他们的水面运载工具则包括民用货船、渔船、内河大艇和SBS自己的折叠式小艇。
印尼投入此次行动的共有128名武装人员，绝大部分都是志愿人员，另有35名印尼海军突击队员和军士。这些人被分为四个分队。N1分队由海军突击队军士本尼指挥，下辖8名突击队员和28名游击队员；N2分队有15名突击队员和21名游击队员；w1分队归拉萨尼军士指挥，有34人，布隆托军士指挥的W2分队则有22人。12月21日，这些人穿越边界，并于一个星期后达到卡拉巴干附近。N1分队攻击了一个皇家陆战队后备队哨所。该哨所的防御工事尚未修筑完毕，武装分子得以逼近到手榴弹投掷范围内，打死了包括连队指挥官在内的8名后备队官兵，打伤19人。而在另一处对警察哨所的攻击则没有造成伤亡。但N1和N2分队在攻击后没有立即撤退，而是滞留在这一地区。后来的情况表明这是一个致命的错误。
袭击发生后，伯内特中校迅速率领第1／10廓尔喀营B连和e连前往事发地区，而卡拉巴干地区也立刻开始修建简易工事，布设电网，疏散小型居民区的平民，同时集中民用交通工具，以避免为印尼人所用。到1964年1月5日，英军已在敌方可能的后撤通路上设伏完毕。此后，从7-17日，廓尔喀部队打死了N1和N2分队的12名成员，同时俘获6人。到2月份，W1分队残存的12人被迫分为两组躲入丛林。W2分队在试图从红树林和沼泽地带突围时撞上了斗湖突击群，而后者还得到了皇家空军和海军的支援。到2月底，128名印尼武装人员中，有96人被打死或俘虏。20人幸运返回印尼，而剩下的12人则下落不明。此战结束后，英国政府决定向该地区增派部队。
整个1964年夏季，类似的战斗在边界地区发生了不下34次。北婆罗洲地区的一系列交火使印尼和马来西亚的关系空前紧张，也引起了国际社会的关注。在联合国要求下，印度尼西亚和马来西亚从1964年1月25日到3月6日实行停火，并在泰国曼谷举行会谈。印尼外长苏班德瑞在会谈中坚持认为，越界袭击行动是当地志愿者的行为，并不受雅加达控制。马来西亚代表吞拉扎克则要求必须首先撤走所有渗透者，才能继续会谈。会谈进行得十分艰难。而到3月的第一周，就已有三股人数在30-50人的武装分子越界进入北婆罗洲。其中1月底一股武装分子进入伦乐的第一师地区；2月21日第二股入侵石隆门；3月6日又有一股进入拉索。这些武装分子都和英军交火并被击退。这种情况下，会谈自然不会取得任何成果。
曼谷会谈破裂后，印尼方面随即开始实施占领沙捞越境内山岭制高点的计划，试图以此来改变边界线。印尼总统苏加诺在1964年5月20日宣称，“当1965年1月1日太阳升起时，马来西亚将被粉碎。”英军获得的情报显示，在加里曼丹地区的印尼海军突击队和空降部队的数量正持续增长，同样的情况也出现在苏门答腊海岸，以及新加坡以南的廖内岛。而英军也获得了增援：第51旅及下辖的一个廓尔喀营和两个英国营调归沃克将军指挥。根据当前情况，沃克将第99廓尔喀旅作为西部旅，统辖5个营，防守古晋以及沙捞越西部三个师地区；51旅作为中央旅，率领2个营防守沙捞越其余地区及文莱；马来西亚第5旅作为东部旅，旅部坐镇斗湖，以3个营的兵力防守沙巴地区。
沃克的对手，是在美国接受过军事训练的马拉坦·潘加比将军和苏帕戈上校，其下属的印尼军队超过20000人。英军的压力并不轻，所幸的是，由于装备和地理条件的限制，印尼军队在通讯和供给保障方面存在很大困难。当战斗沿着漫长的边界线孤立而持续地发生时，印尼军队的上述缺陷让英军占了不少便宜。
战火烧至马来亚本土
1964年6月，印尼渗透人员在新加坡樟宜机场安放了炸弹，皇家空军第205中队的一架阿弗罗“沙克尔顿”巡逻机被炸伤。这一情况表明印尼方面已改变了战术。8月17日，针对马来亚半岛的一系列海上和空中袭击拉开了帷幕。
印尼组织的首次袭击由53名空军伞兵、21名海军人员、32名马来西亚人及2名印尼志愿者共同执行。该次行动计划将45人由海上送至双弄河以北文律附近登陆，33人在小苯珍登陆，另外30人在龟咯以南登陆。一旦登陆成功，他们将在内陆约19公里的埔来山地区设立基地，开展游击作战，并同稍后空降到柔佛北部拉美士附近的伞兵建立联系。新加坡在7月下旬出现了严重骚乱，并导致22人死亡，多人受伤。因此印尼方面预期行动将会得到当地人的支持，他们确信马来西亚人期盼着革命，会热烈欢迎这些解放者的到来。
然而實际情况却并不如意。在小苯珍登陆的人员刚大陆，就遭到了当地警察-哨所的火力拦阻。登陆者被迫分散并丢弃了很多装备。而整个马来亚西海岸就此进入警戒状态。此后的一个星期里，这支33人的队伍除4人外，其余都陆续被俘。在文律登陆的人员则与马来西亚军队遭遇。交火导致这支队伍中4人伤亡，其余人员不得不隐藏起来。但到10月份，马来西亚安全部队打死了该部指挥官，45人中大部分被歼，只有少数逃脱。在龟咯登陆的队伍上岸不到2天就被发现，在同安全部队的周旋中，最终只有4名海军人员在明中旬返回苏门答腊，其余均被消灭。
在派遣人员从海上登陆的同时，印尼方面也开始从空中入侵马来西亚。1964年9月1-2日夜间，印尼空军的4架C-130B“大力神”运输机搭载着192名武装人员飞往马来西亚，执行代号“德维克瓦”的空投行动。但由于恶劣天气和发动机故障，2架飞机被迫中途返航。剩下的2架飞机中，一架的搭乘人员于凌晨1时45分跳伞，但由于未能降落在预定区域，因此没能找到同时空投的武器，这些装备结果都被当地警察搜获。另一架飞机上的人员则正确降落在预定地点。然而由于地面上是高大茂密的丛林，因此跳伞 者好不容易从树冠中解脱出来后，就怎么也找不着装着武器的空投箱了。
在发现印尼运输机入侵后，驻马来亚的英国空军第60战斗机中队立即出动“标枪”双座全天候战斗机进行拦截。一架完成空投的c 130在返航途中与“标枪”遭遇。虽然英国战斗机没有开火，但C-130飞行员显然有些惊慌失措，在试图低飞躲避时因操作失误而触地坠毁，让英军获得了一个间接战果。
印尼空投武装人员后，马来亚立即于9月2日宣布进入紧急状态。部署在马来亚的防空力量，包括“猎犬”防空导弹，装备“标枪”战斗机的皇家空军第60、64中队，以及澳大利亚空军的“佩刀”战斗机中队等都进入了高度戒备状态。英国海军的“肯特”号驱逐舰被部署到马六甲海峡，以填补武吉戈姆巴克和北海之间的雷达盲区。印尼的C-130正是通过这里飞往马来亚的。
在马来亚，第1／10廓尔喀营和第1皇家新西兰团奉命搜捕印尼空降人员。到9月23日，随着空降指挥官哈德奥少校在遭遇战中被击毙，印尼空降人员基本被歼灭。而从审讯中英军得知，颇具领导能力的印尼空降部队军士沃吉曼依然在丛林中活动。但直到10月份廓尔喀部队退出搜捕活动时仍没能抓获沃吉曼。用他们自己的话来说就是：“沃吉曼依旧在丛林深处某个地方悠闲地在树枝间荡来荡去。”
印尼的入侵活动并未因损失惨重而收手。从1964年11月7日到1965年3月25日，印尼方面进行了5次较大规模的登陆行动。都很快被挫败。
普拉曼马普“绞肉机”
1964年6月，印尼武装人员开始转变战术，对英军巡逻基地实施攻击。次年4月27日，在沙捞越第1师区域内的普拉曼马普的一个堡垒遭到了印尼的大规模进攻。该堡垒距边界只有约900米，当时由英军空降团第2营B连连部和一个刚从新兵训练营出来的排驻守，而连主力则正在外出巡逻。堡垒的全部兵力，包括炮兵前进观察官韦伯上尉，连队厨师，迫击炮手，以及无线电操作员在内，总共只有34人，由约翰·弗莱明上尉指挥。当日凌晨4时45分，堡垒开始遭到迫击炮和火箭弹攻击。攻击者来自印尼正规部队中以坚韧著称的爪哇人部队——印尼空降突击团第3营，由维达波沃中校指挥。这支部队曾屡建战功，而且装备精良，拥有来自西方和苏联的多种先进武器。
印尼人首先向堡垒区的三个机枪地堡和两个迫击炮阵地进行炮击，同时用爆破筒摧毁了堡垒周围的铁丝网，随后迅速发起攻击，并很快占领了一个81毫米迫击炮阵地。当时负责指挥作战排的是值班的汤普森上尉，但上尉很快被迫击炮火击伤。几个地堡内的人员接连出现伤亡，形势不断恶化。不当班的排军士长威廉姆斯在睡梦中被炮声惊醒后，迅速向指挥部冲去。途中他遇到一个满脸是血、跑出地堡的士兵。这个惊吓过度的士兵已辨不清方向，甚至将威廉姆斯当成了敌人而用枪指着他。威廉姆斯不得不下了这个士兵的枪，并命令其他人将其送往救护站。
在指挥部，弗莱明上尉同威廉姆斯简短地商讨了情况后，命令后者率领汤普森上尉的部队进行反击。当威廉姆斯带着士兵冲过一片开阔地时，一发迫击炮弹在近处爆炸。威廉姆斯和多名士兵受伤，但他依旧带着剩下的5人冲过了开阔地，并立即对30名正试图从堡垒区一侧突入的印尼士兵进行阻击。威廉姆斯一面对着他的手下大叫：“我们面前的都是敌人!”一面丢掉自己的步枪，抓起一挺通用机枪和两条弹带，向当面的印尼士兵拼命扫射。当后续增援的伞兵冲上来时，被打死的印尼士兵离威廉姆斯只有不到2米。
印尼人并没有就此认输，他们很快就在火力支援下组织起第二次进攻。威廉姆斯的机枪已经打坏，他迅速冲进一个已被放弃的地堡，找到了一挺机枪和几条弹带，随即从地堡向进攻的印尼士兵猛烈开火。受到打击后，30多名印尼士兵向威廉姆斯的地堡猛攻，他们用机枪射击，并不断投掷手榴弹。威廉姆斯的机枪被击中了数次，他本人的头部也负了伤。幸运的是，此时英军开始用105毫米榴弹炮向敌人的进攻轴线轰击。而麦克唐纳德军士则用仅存的一门81毫米迫击炮，炮口垂直向上用最小号装药射击，炮弹落点就在27米之外。就这样，印尼的第二次进攻最终被瓦解。
印尼人在日出前的5时45分发动了第三次进攻，但由于在集结时就遭到了英军迫击炮的轰击，因此已是强弩之末，没能给英军造成多大压力。天亮后，威廉姆斯召集了一些志愿者对堡垒区周围进行了一次巡逻。他们只发现了一具印尼士兵尸体，没有其他敌人的踪迹。在前往边界的方向，有大量被遗弃的武器装备。这次战斗中，B连总共有2人阵亡，7人受伤。在缴获的武器中，既有装M203型40毫米榴弹发射器的美制AR-15自动步枪，也有苏制AK-47突击步枪和RPD轻机枪。事后的情报分析显示，进攻的敌军装备有18具南斯拉夫生产的M57型火箭发射器(其中一具被缴获)、8门50毫米追击炮和10挺机枪。印尼方面约有30h伤亡。多年后，两名前伞兵部队情报军官在英国遇到了一名印尼军官。当问及那些失踪的印尼士兵尸体时，后者告诉他们，那些尸体，可能也包括一些看上去已死的重伤者，都被扔进了靠近印尼边界的一条河流中。
威廉姆斯军士长头部一侧在战斗中被弹片击伤，他因此丧失了听力和左眼。而他的无畏表现则为他赢得了忠勇勋章——仅次于维多利亚十字勋章的奖赏。
英军反攻印尼境内
1964年10月，哈罗德·威尔逊赢得议会选举，组建了工党政府。新政府决心采取有力措施，支持作为英联邦新成员的马来西亚。国防大臣希利和首相威尔逊很快批准了沃克呈报的一项秘密越境行动计划。
这项计划的代号为“深紫”，其目的旨在預先消除任何可能的袭击。为此英军将越境实施巡逻和伏击等行动，迫使印尼人转移营地，远离边界。由于印尼与马来西亚和英国并未正式进入战争状态，因此这项行动有着相当的政治风险。在对媒体发布的消息中，“深紫”被描述为“在边界地区”实施的行动。而执行者本身也冒着极大的风险。一旦越过边界进入印尼境内，士兵们所能依靠的就只有自己了。不过英国人也有一个极有利的条件，他们已经破译了印尼军方和外交部的电讯密码，设立在新加坡的监听站能够为“深紫”行动的开展提供有效的情报支援。
在危险的越界行动中，精锐的SAS部队也不免要付出代价。1964年3月，里察松军士指挥的巡逻队受命从巴克拉南出发，沿北部边界线行进，在一个称为龙巴西突出部的地方与第二支巡逻队会合。当时印尼人在这一地带不断强行突破边界。3月14日夜，巡逻队与十余名印尼士兵猝然遭遇。短暂的交火中，无线电操作员杰姆士-康多腿部受伤，被印尼人俘虏。在经过简单的审讯后，他被枪杀。
而根据“深紫”计划，实施攻击的主要是英国常规步兵，他们以排或连的规模行动，由SAS负责情报支持。为此英军专门设立了特别作战室来指挥这一秘密行动。整个计划强调必须使用小规 模部队，因为任何大规模攻击都可能刺激对方报复，导致局面失控，使边界冲突升级为战争。
“深紫”的第一个目标是驻扎在冰湘岸以南那塔科的印尼守备部队。该部队的驻地距边界有3000米。这个距离正好在行动的限制范围内，而且SAS和边界侦察队已经对其防御态势进行过详细研究，标定了雷区和火力点。执行这次任务的是第1／2廓尔喀营A连，由威尔劳比少校指挥。“深紫”的初次行动很成功，印尼部队的指挥官和5名士兵被打死，其营地被摧毁，而英军方面有4名廓尔喀士兵受伤。
1965年11月30日，在代号“詹姆士·邦”的行动中，第2／2廓尔喀步枪营的130名士兵在印尼境内击退了敌人的四次连级规模进攻。这场丛林恶战是在极近距离内展开的，双方士兵的距离有时只有不到5米，许多人事后能很清晰地描述对方的细节。印尼士兵都戴着丛林帽，袖子上有暗绿色的发光标志。由于识别无误，英军指挥官图洛奇上尉确信他的手下打死了24名敌军，并打伤10人。
马来亚没有成为越南
1965年，雅加达发出了一些模糊的政治信号，不过可以让人感觉到希望缓解边界地区紧张局势的政治意愿。国内经济情况不佳的英国方面对此做出了积极回应。在北婆罗洲地区，英军对印尼军队的一些调动也不再进行袭扰。
到1965年下半年，印尼武装部队意识到他们在这场丛林秘密战争中已处于下风。不利的战况以及战争给经济带来的沉重负担在印尼国内引发了政治纷争。1965年9月30日，印度尼西亚发生未遂军事政变，以苏哈托为首的陆军领导人随后逐步掌握了国家政权。1966年3月11日，3名将领来到苏加诺的茂物行宫，迫使苏加诺签署“三一一命令”，把行政权力移交给了苏哈托。
随着印尼国内局势的剧变，印尼与英国的秘密丛林战争也很快走到了尽头。1965年底，驻婆罗洲的英军人数已从高峰时的17000人下降到14000人。1966年3月13日，英军第42陆战队“哥曼德”大队L连和M连约200人在沙捞越第一师区域内比亚越以南穿越边界，对加里曼丹西部塞德杰干的一处印尼军队营地进行了袭击。这是英军进行的最后一次“深紫”行动，也是出动兵力规模较大的一次。
6月1日，马来西亚和印度尼西亚在曼谷签署了临时协议。雅加达于8月11日批准了该协议。随后，印尼向吉隆坡派出了一个军事使团。在这场丛林秘密战争中，英国和英联邦成员国参战的部队以及为其提供支援的平民中，共有150人被打死，234人受伤，4人被俘。其中英国陆军阵亡16人，伤51人；陆战队阵亡16人，伤20人；廓尔喀士兵有43人阵亡，87人受伤。印尼方面则有590人被打死，222人受伤，771人被俘。
对英国来说，印尼一马来亚战争只能算作是一次大规模(上万英正规军投入)、低烈度行动。没有常规部队间的大规模交战，更没有公开宣战，有的只是丛林深处的小规模交火，甚至是无声的搏斗。但对那些身处其间的士兵来说，他们同样得承受不期而至的死亡恐惧，以及身边战友猝然倒下带来的痛苦。不过，和相距不远身处越南丛林的美国大兵相比，他们仍是幸运的。美军在越南人口稠密的地区滥用自身的优势火力，造成大量平民伤亡，也给自己带来了可怕的后果。
相形之下，马来亚和北婆罗洲丛林里的较量基本上是士兵之间的事。英军和当地平民的关系还是比较平和的。这在很大程度上要归功于英国人在当地长时间殖民统治积累下的丰富经验，以及所采取的“亲民”举动。在实施“深紫”行动时，英军严格控制作战规模和越境深度，没有让战争升级，从而避免了陷入大规模交战的泥潭。因此对不少英国士兵来说，在这场丛林战争中也有不少愉快的回忆，诸如清爽的“虎”牌啤酒，漂亮的当地女孩，以及那些节奏短促的土著民歌。而他们在哼唱这些歌曲时，心情和经历过越战的美国大兵相比，也肯定大不相同……
丛林战中的空中力量
印尼空军在1961年就接收了米格-21战斗机，此外还拥有包括米格-19，米格－17在内的一批苏制战斗机，是东南亚首屈一指的空中力量。不过在同马来西亚的冲突中，印尼空军的苏制战斗机并未与英国战斗机发生正面交锋，其主要运用的还是一些老旧的美制作战飞机。1963年9月，印尼空军的B-25轰炸机在P－51战斗机掩护下，从加里曼丹的普提亚克起飞，9次入侵沙捞越上空。此后的一年里，印尼的B-25和B-26轰炸机采取“一击即走”的战术，多次对一些孤立的村寨进行了攻击。皇家空军第60和第64中队的“标枪”战斗机对入侵的印尼飞机进行了拦截。但喷气式的“标枪”在对付这些低速的螺旋桨飞机时一直没能取得什么战果。英国飞行员私下承认，像P-51这样的飞机，在低空低速条件下是个很难对付的家伙。
在印尼对马来半岛进行空投渗透活动后，英国空军开始在马来西亚西部设立防空识别区，对所有进入这一区域的不明身份飞机进行拦截。同时，皇家空军还出动“猎人”和“标枪”战斗机沿边界低空巡逻。这些举措有效地抑制了对手的空中渗透。此外在新加坡上空，“标枪”还成功地拦截了印尼的图－16轰炸机，并监视其离开该地区。
印尼方面为对付英军的飞机和直升机，在边界线上和新加坡以南的廖内岛上部署了防空炮兵。1963年12月28日，英军陆军航空队的一架“奥斯特”AO P.9型观测机在伦乐上空被印尼高炮击落。这是印尼防空火力击落的第一架英国飞机，飞行员萨克雷军士则被直升机救走。
最早进驻婆罗洲的英国直升机部队是皇家空军第66中队，该中队装备的是布里斯托尔“望景楼”纵列双旋翼直升机。与他们差不多同期到达的还有一批“旋风”直升机。英国海军航空兵则出动了4个中队的“威塞克斯”和“旋风”。此外陆军航空队也派出了5个“侦察兵”直升机中队和5个贝尔47型“苏族”直升机中队。虽然部队总数不少，不过同一时期英军可用的直升机最多不超过70架。英国人后来认为，如果当地作战部队平均每个营有6架直升机可用，那么北婆罗洲的冲突可能会早一年结束。
在马来亚和北婆罗洲这样的热带丛林地区，直升机在为地面部队提供给养和运载部队实施机动方面，起着无可替代的重要作用。以英国海军第845直升机中队为例，这支部队于1962年12月被部署到东南亚，到1965年初，该中队已累计飞行一万小时，运载了5000人次的部队和2721吨物资，此外还在作战中抢运了500名伤员，其中有40人是在下着暴雨的夜间被抢运的。直升机部队的巨大作用，由此可见一斑。而中队本身也损失了5架直升机。有3名飞行员，2名空勤人员和11名士兵丧生。
唯一的维多利亚十字勋章
1965年11月21日，在沙撈越第一师地区西端的保乌以西边界线印尼一侧，第2／10廓尔喀步枪营上等兵拉姆巴哈杜尔·利姆布正在 参加一次“深紫”行动。这次行动的具体代号是“守时者”，由蒙塞尔上尉指挥2／10营C连及加强的连侦察排和突击排共同实施。
英军的行动目标是印尼军队的一个驻地。这个驻地距边界约有4.8公里。位于由三道陡峭的山脊交汇形成的特婆伊山的最高点，营地挖有防护壕。东面的两道山脊和山谷都有茂密的灌木丛。11月20日晨，英军接近目标，并开始详细观察。这个营地尚未构筑完毕，离它约450米的地方有一片低洼的开垦过的农田，上面搭建有巴板式的小木屋，驻有印尼的一支连级部队，并配有迫击炮。对英军来说，那些灌木丛是个很大的障碍，比铁丝网还要麻烦。
21日凌晨，英军开始向印尼军队驻地运动。在距目标约720米处他们做了短暂停顿，士兵们无声地吃完了早餐。然后突击排被留下来担任警戒，c连以7排8排连侦察派、9排的行军序列继续向西前进。蒙塞尔和三名廓尔喀士兵用园丁的大剪刀在灌木丛中悄无声怠地开辟出一条360米长的通道。到下午13时30分，英军向北匍匐爬上了南侧的山脊，距离印尼人只有约18米。在英军面前是最后的障碍：两排被伐倒的树木。当他们正在穿越第二排树木时，一个印尼士兵出现了。发现突然冒出来的英国人后他急忙去摘挂在肩上的枪，但随即被打倒。廓尔喀士兵立刻沿着山脊向前猛冲，对印尼人发起了攻击。7排在左侧，很快用手榴弹解决了一个机枪火力点。8排从右侧包抄，但不久就为敌人的重火力所阻。蒙塞尔上尉匍匐向前，救回了一个受伤的廓尔喀士兵。巴盖特中尉组织8排再次冲击，最终成功突入到对方的堑壕内。
在左翼攻击的7排上等兵利姆布带着一个“布伦”机枪组先是干掉了敌人的一挺机枪，接着他又猛冲过一片开阔地，用手榴弹摧毁了印尼人的一个据点。但此时他的两名同伴都被对方的轻武器火力打伤，无法行动，只能在周围树木中竭力寻求掩护。由于无法向排指挥官兰吉特中尉报告这里的情况，利姆布决定先把两名同伴带到较安全的地方。在接下来的20分钟里，利姆布不断躲闪着敌人的火力，在一段约64米的距离内，往返4次将两名同伴逐一送到安全地点。不过很可惜，这两名士兵最终都因伤重而不治。在救了他的同伴后，利姆布意识到他的机枪还在印尼人的堑壕里。他再次冒着敌人的火力冲了回去，并找到了他的机枪。此后他接连消灭了两个印尼机枪点，又在白刃格斗中杀死了至少4名印尼士兵。
在实施右翼进攻的8排消灭了当面之敌后，蒙塞尔上尉下令转入防御，准备迎击敌军的反扑。不久，在9排方向上首先传来枪声。虽然还看不见印尼人，但武器射击后冒出的烟雾已显示出他们的位置。下士克里什那巴哈杜尔·莱用通用机枪向那个位置一气射出了150发子弹，敌军就此哑火。英军随即将侦察排调到9排右侧。不久2名印尼士兵出现了，后面还跟着3A。这些人很快都被英军的侧射火力打倒。印尼人开始用轻型迫击炮向英军轰击，而廓尔喀士兵则用火箭筒还击。一番对射后英军的火箭似乎命中了目标，印尼的迫击炮停止了射击。此后又有6名印尼士兵试图反击，但很快就被廓尔喀士兵暴风骤雨般的火力打了回去。
屡遭挫败的印尼人似乎终有所悟，投入了70余人再次反击。蒙塞尔则呼唤炮兵火力支援。首轮射击炮弹几乎落在廓尔喀士兵头上，一些弹片就打在离蒙塞尔只有几英尺的树干上。好在英军炮兵马上进行了修正，第二轮炮弹准确地落在印尼士兵中。至此印尼人的反击被瓦解，而蒙塞尔已完成了摧毁目标营地的任务。并且打死了至少24名敌军士兵。他们开始带着三名阵亡士兵的尸体向出发阵地撤退，队伍中有轻伤和重伤各—人。在部队完全撤出印尼营地后，蒙塞尔再次呼叫炮兵火力，用140毫米和105毫米炮弹让这个营地彻底消失了。这次袭击一共持续了90分钟。
蒙塞尔上尉和7排指挥官兰吉特中尉因这次成功的越境袭击而被授予军事十字勋章。上等兵拉姆巴哈杜尔·利姆布则因为在战斗中表现出的“英勇、自我牺牲和忠于职守”，被授予了维多利亚十字勋章。这是英国在这场丛林战争中授出的唯一一枚维多利亚十字勋章。不过由于“深紫”行动属于绝密，因此在颁发勋章时，作战地点特婆伊山被隐去，而是笼统地称为“沙捞越石隆门地区”。对不知情的公众来说，这似乎意味着印尼人变得更加咄咄逼人，已经能够强行突破边界并建立基地。但实际上，在英国人实施了一系列“深紫”行动后，印尼此时已完全处于防御地位。驻守在边界地区的印尼军队不得不时刻处于高度戒备状态。对他们而言，如今身处本国也不再是安全的了。正是這种折磨人的紧张状态从根本上动摇了他们的战斗意志。
苏加诺的“反殖民主义”政策
从二十世纪五十年代中期到六十年代初，东南亚的政治格局发生了重大变化。原荷兰、法国和英国的殖民地纷纷成为独立国家，而美国则取代法国，逐步介入越南事务。1961年，美国开始向南越派遣军事顾问，到1964年底，在越南的美军已达23000人。次年三月，美国首次大规模成建制投人地面部队，一场持续7年的残酷丛林战争就此拉开帷幕。
而在更南面的马来亚丛林中，另一场战争也愈演愈烈。1957年8月，英国在镇压了已进行9年游击战争的当地共产主义游击队后，同意马来亚独立，成为英联邦平权成员，并扶持马来亚建立起了亲西方政府。1961年5月，具有英国教育背景的马来亚总理拉赫曼提出将马来亚、新加坡和北婆罗洲合并组成马来西亚联邦，英国对此表示赞同。在经过多轮磋商后，1963年7月5日，英國、马来亚、新加坡、沙捞越、沙巴在伦敦签订成立马来西亚的协定，同年9月16日，马来西亚联邦正式宣告成立。
但这一举动引起了马来亚邻国印度尼西亚的强烈反应。印尼早在1949年12月就从荷兰人手中获得了独立。在印尼争取独立的过程中，英国曾帮助过荷兰殖民者，这让印尼总统苏加诺非常不满。婆罗洲的大部分地区属于印尼，并被印尼称为加里曼丹。苏加诺一直对英国试图将北婆罗洲和马来亚合并的举动感到不安，认为这会是殖民主义者对印尼的一种威胁。他希望在该地区能出现一个和印尼共同进行“反对殖民主义和帝国主义”斗争的北加里曼丹国。
而对逐渐倾向于东方阵营的苏加诺的这种意图，英国直接将其等同为试图控制北婆罗洲。1963年1月，印尼外长苏班德瑞公开宣布，鉴于马来亚政府“联合新殖民主义和帝国主义势力，奉行敌视印尼的政策”，印尼将相应地采取与马来亚对抗的政策。从4月份开始，印尼志愿人员不断渗透到沙捞越和沙巴地区，展开武装袭击活动。到7月末，随着建立马来西亚联邦的进程发展，苏加诺号召印尼人在各个领域同马来亚展开斗争：“我们不能轻声细语地去和帝国主义者交谈。”
马来西亚联邦成立后，印尼当即与马来西亚断交。事实上，双方的对抗早在近一年前就已经开始了。由于英国拒绝给予北婆罗洲自决权，1962年12月8日，文莱发生了叛乱。叛乱由一个名为“北加里曼丹国民军”(TNKU)的组织领导，其领导人名叫亚欣·阿芬迪。这个组织在文莱和沙捞越拥有约4000名成员，但只有150人得到良好武装。英国出动了包括陆军第1营、第2廓尔喀步枪营等在内的4支营级部队进行镇压。到12月17日，叛乱被平息。英国人确信这次叛乱活动得到了印尼的资助，因此将此次事件视为印尼奉行对抗政策的开始。英军强力介入印马冲突
印尼控制下的婆罗洲(加里曼丹)与北婆罗洲的沙捞越、沙巴等地区有着长约1440公里的边界线。为了便于管理，英国将沙捞越地区自西向东划分为5个“师”。第一师位于西部的沙捞越首府古晋，而第五师则位于沙巴边界附近。当然这里的“师”仅仅只是一个行动地区概念，与实际军事力量毫无关系。而沙巴则被划分为西、中、东三个“旅”。
此时在马来亚地区的英国部队与二战时期的英军大不相同，已是职业化部队。虽然士兵大部分都是战后出生的毛头小伙，但指挥官们都有着二战和朝鲜战争的战斗经历。许多连队军官和资深军士在五十年代同马来亚游击队的战斗中积累了很丰富的丛林战经验。在马来亚，英军拥有较为完善的基础设施，其中还包括供已婚军人居住的宿舍、军人子女就读的陆军学校等。一些二战前修建的机场、港口还能使用。
但在婆罗洲的沙捞越和沙巴地区，状况就差许多。婆罗洲境内有着海拔2400米的陡峭山岭和极其茂密的热带雨林。昼间潮湿多雨，夜间低地和白天一样闷热，而山岭上则阴冷异常。境内极少可通行的道路。北婆罗洲地区只有纳闽一个深水港，没有补给兵站，大量物资都需要从新加坡运来。对英军来说，公路、机场和宿舍等基础设施都需要整修或重建。
1962年12月，沃尔特·沃克少将抵达东南亚，并于翌年出任婆罗洲萸军及英联邦军队最高指挥官。少将是参加过缅甸和马来亚丛林战的老兵。他此行的最初目的是彻底镇压在北婆罗洲的叛乱活动。但上任后少将很快意识到，他面临的更大威胁来自印度尼西亚。在文莱的叛乱被平息后，沃克要求不削减北婆罗洲驻军。他首先要对付的是被英国人称为“边界恐怖分子”的武装组织，这些组织的基地都设在印尼境内。少将决心先抑制这些组织的越境袭击，进而摧毁其作战意志，以达到最终消灭的目的。
和武装部队协同工作的警察特别部人员可以为军队提供当地恐怖分子头目的情况，以及在沙捞越和沙巴可能的藏身地点。正是在这些情报的帮助下，第2／7廓尔喀步枪营于1963年12月8日成功摧毁了TNKU头目亚欣·阿芬迪在坎坡一沙登附近的基地。这个基地设立在文莱河沙洲里的沼泽地内。亚欣本人也在英军的行动中被打成重伤。
1962年12月时，归沃克指挥的地面力量只有1个旅(3个营)，海上有6艘360吨的海岸扫雷艇(乘员29人，航速15节，装一门40毫米和两门20毫米炮)，用这支力量在婆罗洲2400公里的海岸线进行巡逻实在勉为其难。沃克能得到的空中支援只有第15海航中队和皇家空军约15架直升机。1963年马来西亚成立后，沃克的部队又得到了第3、第5皇家马来亚团和联邦侦察团的加强。
随着战事的发展，英国逐步投入了更多的地面和海空力量。澳大利亚、新西兰等国也相继派出了部队及舰艇。到1964年中，在北婆罗洲的英联邦部队已超过10000A，有37架直升机提供直接支援。而1965~3月沃克向乔治·里少将移交指挥权时，他所指挥的多国部队的总数达17000人，其中一半是英国人，另外一半则由廓尔喀人、马来西亚人、澳大利亚人和新西兰人组成。此外还有1500人的当地部族侦察队。
在这段时间里，英国在远东的地面力量始终保持着约18个英国和廓尔喀步兵营的规模，供沃克直接指挥。沃克还拥有2个“萨拉丁”装甲车团，装备140毫米野战炮和105毫米榴弹炮的炮兵部队，以及一些工兵分队。英联邦国家在该地区的空中力量始终保持80架直升机和40架固定翼飞机，其中包括“猎人”和“标枪”战斗机。皇家海军在该地区则部署了航空母舰和直升机母舰，以及驱逐舰、护卫舰、海岸扫雷艇、快速巡逻艇，在沙巴首府斗湖还部署了SRN5气垫艇。
谈判破裂，印尼武装大举越境
1963年4月12日，印度尼西亚境内的武装组织袭击了沙捞越西南打必律的一个警察哨所，还劫掠了当地市场。这类小 规模越境袭击主要针对当地警察，意图通过这样的威吓破坏当地治安。警察特别部人员在对这些袭击行动进行调查时发现，沙捞越西部存在一个秘密组织。被抓获的嫌疑人供称这个组织进行武器训练，计划攻击警察哨所，伏击安全部队。而雅加达则把这些武装人员称为“北加里曼丹国民军”战士。此后，廓尔喀部队逐步确立了自己的战术：如能获得准确的情报预警，就抢在印尼武装人员发动袭击前在预定行动路线上设伏；否则就在其返回印尼的途中拦截。这种战术使印尼武装分子无法深入马来西亚境内进行袭击，而袭击活动本身也无法持久。
1963年12月中，印尼方面决定在沙巴首府斗湖及卡拉巴干发动一次大规模袭击。此前，沃克少将就判断对手很有可能从海岸附近穿越沙巴边界，因此命令皇家海军陆战队特别舟艇部队(sBS)的第2、第6小队以及部分加强人员，在东部海岸色鲁东河和色巴提克岛附近区域巡逻。这支巡逻队随后被编为在水上活动的斗湖突击群，并在色鲁东河河口建立基地。他们的水面运载工具则包括民用货船、渔船、内河大艇和SBS自己的折叠式小艇。
印尼投入此次行动的共有128名武装人员，绝大部分都是志愿人员，另有35名印尼海军突击队员和军士。这些人被分为四个分队。N1分队由海军突击队军士本尼指挥，下辖8名突击队员和28名游击队员；N2分队有15名突击队员和21名游击队员；w1分队归拉萨尼军士指挥，有34人，布隆托军士指挥的W2分队则有22人。12月21日，这些人穿越边界，并于一个星期后达到卡拉巴干附近。N1分队攻击了一个皇家陆战队后备队哨所。该哨所的防御工事尚未修筑完毕，武装分子得以逼近到手榴弹投掷范围内，打死了包括连队指挥官在内的8名后备队官兵，打伤19人。而在另一处对警察哨所的攻击则没有造成伤亡。但N1和N2分队在攻击后没有立即撤退，而是滞留在这一地区。后来的情况表明这是一个致命的错误。
袭击发生后，伯内特中校迅速率领第1／10廓尔喀营B连和e连前往事发地区，而卡拉巴干地区也立刻开始修建简易工事，布设电网，疏散小型居民区的平民，同时集中民用交通工具，以避免为印尼人所用。到1964年1月5日，英军已在敌方可能的后撤通路上设伏完毕。此后，从7-17日，廓尔喀部队打死了N1和N2分队的12名成员，同时俘获6人。到2月份，W1分队残存的12人被迫分为两组躲入丛林。W2分队在试图从红树林和沼泽地带突围时撞上了斗湖突击群，而后者还得到了皇家空军和海军的支援。到2月底，128名印尼武装人员中，有96人被打死或俘虏。20人幸运返回印尼，而剩下的12人则下落不明。此战结束后，英国政府决定向该地区增派部队。
整个1964年夏季，类似的战斗在边界地区发生了不下34次。北婆罗洲地区的一系列交火使印尼和马来西亚的关系空前紧张，也引起了国际社会的关注。在联合国要求下，印度尼西亚和马来西亚从1964年1月25日到3月6日实行停火，并在泰国曼谷举行会谈。印尼外长苏班德瑞在会谈中坚持认为，越界袭击行动是当地志愿者的行为，并不受雅加达控制。马来西亚代表吞拉扎克则要求必须首先撤走所有渗透者，才能继续会谈。会谈进行得十分艰难。而到3月的第一周，就已有三股人数在30-50人的武装分子越界进入北婆罗洲。其中1月底一股武装分子进入伦乐的第一师地区；2月21日第二股入侵石隆门；3月6日又有一股进入拉索。这些武装分子都和英军交火并被击退。这种情况下，会谈自然不会取得任何成果。
曼谷会谈破裂后，印尼方面随即开始实施占领沙捞越境内山岭制高点的计划，试图以此来改变边界线。印尼总统苏加诺在1964年5月20日宣称，“当1965年1月1日太阳升起时，马来西亚将被粉碎。”英军获得的情报显示，在加里曼丹地区的印尼海军突击队和空降部队的数量正持续增长，同样的情况也出现在苏门答腊海岸，以及新加坡以南的廖内岛。而英军也获得了增援：第51旅及下辖的一个廓尔喀营和两个英国营调归沃克将军指挥。根据当前情况，沃克将第99廓尔喀旅作为西部旅，统辖5个营，防守古晋以及沙捞越西部三个师地区；51旅作为中央旅，率领2个营防守沙捞越其余地区及文莱；马来西亚第5旅作为东部旅，旅部坐镇斗湖，以3个营的兵力防守沙巴地区。
沃克的对手，是在美国接受过军事训练的马拉坦·潘加比将军和苏帕戈上校，其下属的印尼军队超过20000人。英军的压力并不轻，所幸的是，由于装备和地理条件的限制，印尼军队在通讯和供给保障方面存在很大困难。当战斗沿着漫长的边界线孤立而持续地发生时，印尼军队的上述缺陷让英军占了不少便宜。
战火烧至马来亚本土
1964年6月，印尼渗透人员在新加坡樟宜机场安放了炸弹，皇家空军第205中队的一架阿弗罗“沙克尔顿”巡逻机被炸伤。这一情况表明印尼方面已改变了战术。8月17日，针对马来亚半岛的一系列海上和空中袭击拉开了帷幕。
印尼组织的首次袭击由53名空军伞兵、21名海军人员、32名马来西亚人及2名印尼志愿者共同执行。该次行动计划将45人由海上送至双弄河以北文律附近登陆，33人在小苯珍登陆，另外30人在龟咯以南登陆。一旦登陆成功，他们将在内陆约19公里的埔来山地区设立基地，开展游击作战，并同稍后空降到柔佛北部拉美士附近的伞兵建立联系。新加坡在7月下旬出现了严重骚乱，并导致22人死亡，多人受伤。因此印尼方面预期行动将会得到当地人的支持，他们确信马来西亚人期盼着革命，会热烈欢迎这些解放者的到来。
然而實际情况却并不如意。在小苯珍登陆的人员刚大陆，就遭到了当地警察-哨所的火力拦阻。登陆者被迫分散并丢弃了很多装备。而整个马来亚西海岸就此进入警戒状态。此后的一个星期里，这支33人的队伍除4人外，其余都陆续被俘。在文律登陆的人员则与马来西亚军队遭遇。交火导致这支队伍中4人伤亡，其余人员不得不隐藏起来。但到10月份，马来西亚安全部队打死了该部指挥官，45人中大部分被歼，只有少数逃脱。在龟咯登陆的队伍上岸不到2天就被发现，在同安全部队的周旋中，最终只有4名海军人员在明中旬返回苏门答腊，其余均被消灭。
在派遣人员从海上登陆的同时，印尼方面也开始从空中入侵马来西亚。1964年9月1-2日夜间，印尼空军的4架C-130B“大力神”运输机搭载着192名武装人员飞往马来西亚，执行代号“德维克瓦”的空投行动。但由于恶劣天气和发动机故障，2架飞机被迫中途返航。剩下的2架飞机中，一架的搭乘人员于凌晨1时45分跳伞，但由于未能降落在预定区域，因此没能找到同时空投的武器，这些装备结果都被当地警察搜获。另一架飞机上的人员则正确降落在预定地点。然而由于地面上是高大茂密的丛林，因此跳伞 者好不容易从树冠中解脱出来后，就怎么也找不着装着武器的空投箱了。
在发现印尼运输机入侵后，驻马来亚的英国空军第60战斗机中队立即出动“标枪”双座全天候战斗机进行拦截。一架完成空投的c 130在返航途中与“标枪”遭遇。虽然英国战斗机没有开火，但C-130飞行员显然有些惊慌失措，在试图低飞躲避时因操作失误而触地坠毁，让英军获得了一个间接战果。
印尼空投武装人员后，马来亚立即于9月2日宣布进入紧急状态。部署在马来亚的防空力量，包括“猎犬”防空导弹，装备“标枪”战斗机的皇家空军第60、64中队，以及澳大利亚空军的“佩刀”战斗机中队等都进入了高度戒备状态。英国海军的“肯特”号驱逐舰被部署到马六甲海峡，以填补武吉戈姆巴克和北海之间的雷达盲区。印尼的C-130正是通过这里飞往马来亚的。
在马来亚，第1／10廓尔喀营和第1皇家新西兰团奉命搜捕印尼空降人员。到9月23日，随着空降指挥官哈德奥少校在遭遇战中被击毙，印尼空降人员基本被歼灭。而从审讯中英军得知，颇具领导能力的印尼空降部队军士沃吉曼依然在丛林中活动。但直到10月份廓尔喀部队退出搜捕活动时仍没能抓获沃吉曼。用他们自己的话来说就是：“沃吉曼依旧在丛林深处某个地方悠闲地在树枝间荡来荡去。”
印尼的入侵活动并未因损失惨重而收手。从1964年11月7日到1965年3月25日，印尼方面进行了5次较大规模的登陆行动。都很快被挫败。
普拉曼马普“绞肉机”
1964年6月，印尼武装人员开始转变战术，对英军巡逻基地实施攻击。次年4月27日，在沙捞越第1师区域内的普拉曼马普的一个堡垒遭到了印尼的大规模进攻。该堡垒距边界只有约900米，当时由英军空降团第2营B连连部和一个刚从新兵训练营出来的排驻守，而连主力则正在外出巡逻。堡垒的全部兵力，包括炮兵前进观察官韦伯上尉，连队厨师，迫击炮手，以及无线电操作员在内，总共只有34人，由约翰·弗莱明上尉指挥。当日凌晨4时45分，堡垒开始遭到迫击炮和火箭弹攻击。攻击者来自印尼正规部队中以坚韧著称的爪哇人部队——印尼空降突击团第3营，由维达波沃中校指挥。这支部队曾屡建战功，而且装备精良，拥有来自西方和苏联的多种先进武器。
印尼人首先向堡垒区的三个机枪地堡和两个迫击炮阵地进行炮击，同时用爆破筒摧毁了堡垒周围的铁丝网，随后迅速发起攻击，并很快占领了一个81毫米迫击炮阵地。当时负责指挥作战排的是值班的汤普森上尉，但上尉很快被迫击炮火击伤。几个地堡内的人员接连出现伤亡，形势不断恶化。不当班的排军士长威廉姆斯在睡梦中被炮声惊醒后，迅速向指挥部冲去。途中他遇到一个满脸是血、跑出地堡的士兵。这个惊吓过度的士兵已辨不清方向，甚至将威廉姆斯当成了敌人而用枪指着他。威廉姆斯不得不下了这个士兵的枪，并命令其他人将其送往救护站。
在指挥部，弗莱明上尉同威廉姆斯简短地商讨了情况后，命令后者率领汤普森上尉的部队进行反击。当威廉姆斯带着士兵冲过一片开阔地时，一发迫击炮弹在近处爆炸。威廉姆斯和多名士兵受伤，但他依旧带着剩下的5人冲过了开阔地，并立即对30名正试图从堡垒区一侧突入的印尼士兵进行阻击。威廉姆斯一面对着他的手下大叫：“我们面前的都是敌人!”一面丢掉自己的步枪，抓起一挺通用机枪和两条弹带，向当面的印尼士兵拼命扫射。当后续增援的伞兵冲上来时，被打死的印尼士兵离威廉姆斯只有不到2米。
印尼人并没有就此认输，他们很快就在火力支援下组织起第二次进攻。威廉姆斯的机枪已经打坏，他迅速冲进一个已被放弃的地堡，找到了一挺机枪和几条弹带，随即从地堡向进攻的印尼士兵猛烈开火。受到打击后，30多名印尼士兵向威廉姆斯的地堡猛攻，他们用机枪射击，并不断投掷手榴弹。威廉姆斯的机枪被击中了数次，他本人的头部也负了伤。幸运的是，此时英军开始用105毫米榴弹炮向敌人的进攻轴线轰击。而麦克唐纳德军士则用仅存的一门81毫米迫击炮，炮口垂直向上用最小号装药射击，炮弹落点就在27米之外。就这样，印尼的第二次进攻最终被瓦解。
印尼人在日出前的5时45分发动了第三次进攻，但由于在集结时就遭到了英军迫击炮的轰击，因此已是强弩之末，没能给英军造成多大压力。天亮后，威廉姆斯召集了一些志愿者对堡垒区周围进行了一次巡逻。他们只发现了一具印尼士兵尸体，没有其他敌人的踪迹。在前往边界的方向，有大量被遗弃的武器装备。这次战斗中，B连总共有2人阵亡，7人受伤。在缴获的武器中，既有装M203型40毫米榴弹发射器的美制AR-15自动步枪，也有苏制AK-47突击步枪和RPD轻机枪。事后的情报分析显示，进攻的敌军装备有18具南斯拉夫生产的M57型火箭发射器(其中一具被缴获)、8门50毫米追击炮和10挺机枪。印尼方面约有30h伤亡。多年后，两名前伞兵部队情报军官在英国遇到了一名印尼军官。当问及那些失踪的印尼士兵尸体时，后者告诉他们，那些尸体，可能也包括一些看上去已死的重伤者，都被扔进了靠近印尼边界的一条河流中。
威廉姆斯军士长头部一侧在战斗中被弹片击伤，他因此丧失了听力和左眼。而他的无畏表现则为他赢得了忠勇勋章——仅次于维多利亚十字勋章的奖赏。
英军反攻印尼境内
1964年10月，哈罗德·威尔逊赢得议会选举，组建了工党政府。新政府决心采取有力措施，支持作为英联邦新成员的马来西亚。国防大臣希利和首相威尔逊很快批准了沃克呈报的一项秘密越境行动计划。
这项计划的代号为“深紫”，其目的旨在預先消除任何可能的袭击。为此英军将越境实施巡逻和伏击等行动，迫使印尼人转移营地，远离边界。由于印尼与马来西亚和英国并未正式进入战争状态，因此这项行动有着相当的政治风险。在对媒体发布的消息中，“深紫”被描述为“在边界地区”实施的行动。而执行者本身也冒着极大的风险。一旦越过边界进入印尼境内，士兵们所能依靠的就只有自己了。不过英国人也有一个极有利的条件，他们已经破译了印尼军方和外交部的电讯密码，设立在新加坡的监听站能够为“深紫”行动的开展提供有效的情报支援。
在危险的越界行动中，精锐的SAS部队也不免要付出代价。1964年3月，里察松军士指挥的巡逻队受命从巴克拉南出发，沿北部边界线行进，在一个称为龙巴西突出部的地方与第二支巡逻队会合。当时印尼人在这一地带不断强行突破边界。3月14日夜，巡逻队与十余名印尼士兵猝然遭遇。短暂的交火中，无线电操作员杰姆士-康多腿部受伤，被印尼人俘虏。在经过简单的审讯后，他被枪杀。
而根据“深紫”计划，实施攻击的主要是英国常规步兵，他们以排或连的规模行动，由SAS负责情报支持。为此英军专门设立了特别作战室来指挥这一秘密行动。整个计划强调必须使用小规 模部队，因为任何大规模攻击都可能刺激对方报复，导致局面失控，使边界冲突升级为战争。
“深紫”的第一个目标是驻扎在冰湘岸以南那塔科的印尼守备部队。该部队的驻地距边界有3000米。这个距离正好在行动的限制范围内，而且SAS和边界侦察队已经对其防御态势进行过详细研究，标定了雷区和火力点。执行这次任务的是第1／2廓尔喀营A连，由威尔劳比少校指挥。“深紫”的初次行动很成功，印尼部队的指挥官和5名士兵被打死，其营地被摧毁，而英军方面有4名廓尔喀士兵受伤。
1965年11月30日，在代号“詹姆士·邦”的行动中，第2／2廓尔喀步枪营的130名士兵在印尼境内击退了敌人的四次连级规模进攻。这场丛林恶战是在极近距离内展开的，双方士兵的距离有时只有不到5米，许多人事后能很清晰地描述对方的细节。印尼士兵都戴着丛林帽，袖子上有暗绿色的发光标志。由于识别无误，英军指挥官图洛奇上尉确信他的手下打死了24名敌军，并打伤10人。
马来亚没有成为越南
1965年，雅加达发出了一些模糊的政治信号，不过可以让人感觉到希望缓解边界地区紧张局势的政治意愿。国内经济情况不佳的英国方面对此做出了积极回应。在北婆罗洲地区，英军对印尼军队的一些调动也不再进行袭扰。
到1965年下半年，印尼武装部队意识到他们在这场丛林秘密战争中已处于下风。不利的战况以及战争给经济带来的沉重负担在印尼国内引发了政治纷争。1965年9月30日，印度尼西亚发生未遂军事政变，以苏哈托为首的陆军领导人随后逐步掌握了国家政权。1966年3月11日，3名将领来到苏加诺的茂物行宫，迫使苏加诺签署“三一一命令”，把行政权力移交给了苏哈托。
随着印尼国内局势的剧变，印尼与英国的秘密丛林战争也很快走到了尽头。1965年底，驻婆罗洲的英军人数已从高峰时的17000人下降到14000人。1966年3月13日，英军第42陆战队“哥曼德”大队L连和M连约200人在沙捞越第一师区域内比亚越以南穿越边界，对加里曼丹西部塞德杰干的一处印尼军队营地进行了袭击。这是英军进行的最后一次“深紫”行动，也是出动兵力规模较大的一次。
6月1日，马来西亚和印度尼西亚在曼谷签署了临时协议。雅加达于8月11日批准了该协议。随后，印尼向吉隆坡派出了一个军事使团。在这场丛林秘密战争中，英国和英联邦成员国参战的部队以及为其提供支援的平民中，共有150人被打死，234人受伤，4人被俘。其中英国陆军阵亡16人，伤51人；陆战队阵亡16人，伤20人；廓尔喀士兵有43人阵亡，87人受伤。印尼方面则有590人被打死，222人受伤，771人被俘。
对英国来说，印尼一马来亚战争只能算作是一次大规模(上万英正规军投入)、低烈度行动。没有常规部队间的大规模交战，更没有公开宣战，有的只是丛林深处的小规模交火，甚至是无声的搏斗。但对那些身处其间的士兵来说，他们同样得承受不期而至的死亡恐惧，以及身边战友猝然倒下带来的痛苦。不过，和相距不远身处越南丛林的美国大兵相比，他们仍是幸运的。美军在越南人口稠密的地区滥用自身的优势火力，造成大量平民伤亡，也给自己带来了可怕的后果。
相形之下，马来亚和北婆罗洲丛林里的较量基本上是士兵之间的事。英军和当地平民的关系还是比较平和的。这在很大程度上要归功于英国人在当地长时间殖民统治积累下的丰富经验，以及所采取的“亲民”举动。在实施“深紫”行动时，英军严格控制作战规模和越境深度，没有让战争升级，从而避免了陷入大规模交战的泥潭。因此对不少英国士兵来说，在这场丛林战争中也有不少愉快的回忆，诸如清爽的“虎”牌啤酒，漂亮的当地女孩，以及那些节奏短促的土著民歌。而他们在哼唱这些歌曲时，心情和经历过越战的美国大兵相比，也肯定大不相同……
丛林战中的空中力量
印尼空军在1961年就接收了米格-21战斗机，此外还拥有包括米格-19，米格－17在内的一批苏制战斗机，是东南亚首屈一指的空中力量。不过在同马来西亚的冲突中，印尼空军的苏制战斗机并未与英国战斗机发生正面交锋，其主要运用的还是一些老旧的美制作战飞机。1963年9月，印尼空军的B-25轰炸机在P－51战斗机掩护下，从加里曼丹的普提亚克起飞，9次入侵沙捞越上空。此后的一年里，印尼的B-25和B-26轰炸机采取“一击即走”的战术，多次对一些孤立的村寨进行了攻击。皇家空军第60和第64中队的“标枪”战斗机对入侵的印尼飞机进行了拦截。但喷气式的“标枪”在对付这些低速的螺旋桨飞机时一直没能取得什么战果。英国飞行员私下承认，像P-51这样的飞机，在低空低速条件下是个很难对付的家伙。
在印尼对马来半岛进行空投渗透活动后，英国空军开始在马来西亚西部设立防空识别区，对所有进入这一区域的不明身份飞机进行拦截。同时，皇家空军还出动“猎人”和“标枪”战斗机沿边界低空巡逻。这些举措有效地抑制了对手的空中渗透。此外在新加坡上空，“标枪”还成功地拦截了印尼的图－16轰炸机，并监视其离开该地区。
印尼方面为对付英军的飞机和直升机，在边界线上和新加坡以南的廖内岛上部署了防空炮兵。1963年12月28日，英军陆军航空队的一架“奥斯特”AO P.9型观测机在伦乐上空被印尼高炮击落。这是印尼防空火力击落的第一架英国飞机，飞行员萨克雷军士则被直升机救走。
最早进驻婆罗洲的英国直升机部队是皇家空军第66中队，该中队装备的是布里斯托尔“望景楼”纵列双旋翼直升机。与他们差不多同期到达的还有一批“旋风”直升机。英国海军航空兵则出动了4个中队的“威塞克斯”和“旋风”。此外陆军航空队也派出了5个“侦察兵”直升机中队和5个贝尔47型“苏族”直升机中队。虽然部队总数不少，不过同一时期英军可用的直升机最多不超过70架。英国人后来认为，如果当地作战部队平均每个营有6架直升机可用，那么北婆罗洲的冲突可能会早一年结束。
在马来亚和北婆罗洲这样的热带丛林地区，直升机在为地面部队提供给养和运载部队实施机动方面，起着无可替代的重要作用。以英国海军第845直升机中队为例，这支部队于1962年12月被部署到东南亚，到1965年初，该中队已累计飞行一万小时，运载了5000人次的部队和2721吨物资，此外还在作战中抢运了500名伤员，其中有40人是在下着暴雨的夜间被抢运的。直升机部队的巨大作用，由此可见一斑。而中队本身也损失了5架直升机。有3名飞行员，2名空勤人员和11名士兵丧生。
唯一的维多利亚十字勋章
1965年11月21日，在沙撈越第一师地区西端的保乌以西边界线印尼一侧，第2／10廓尔喀步枪营上等兵拉姆巴哈杜尔·利姆布正在 参加一次“深紫”行动。这次行动的具体代号是“守时者”，由蒙塞尔上尉指挥2／10营C连及加强的连侦察排和突击排共同实施。
英军的行动目标是印尼军队的一个驻地。这个驻地距边界约有4.8公里。位于由三道陡峭的山脊交汇形成的特婆伊山的最高点，营地挖有防护壕。东面的两道山脊和山谷都有茂密的灌木丛。11月20日晨，英军接近目标，并开始详细观察。这个营地尚未构筑完毕，离它约450米的地方有一片低洼的开垦过的农田，上面搭建有巴板式的小木屋，驻有印尼的一支连级部队，并配有迫击炮。对英军来说，那些灌木丛是个很大的障碍，比铁丝网还要麻烦。
21日凌晨，英军开始向印尼军队驻地运动。在距目标约720米处他们做了短暂停顿，士兵们无声地吃完了早餐。然后突击排被留下来担任警戒，c连以7排8排连侦察派、9排的行军序列继续向西前进。蒙塞尔和三名廓尔喀士兵用园丁的大剪刀在灌木丛中悄无声怠地开辟出一条360米长的通道。到下午13时30分，英军向北匍匐爬上了南侧的山脊，距离印尼人只有约18米。在英军面前是最后的障碍：两排被伐倒的树木。当他们正在穿越第二排树木时，一个印尼士兵出现了。发现突然冒出来的英国人后他急忙去摘挂在肩上的枪，但随即被打倒。廓尔喀士兵立刻沿着山脊向前猛冲，对印尼人发起了攻击。7排在左侧，很快用手榴弹解决了一个机枪火力点。8排从右侧包抄，但不久就为敌人的重火力所阻。蒙塞尔上尉匍匐向前，救回了一个受伤的廓尔喀士兵。巴盖特中尉组织8排再次冲击，最终成功突入到对方的堑壕内。
在左翼攻击的7排上等兵利姆布带着一个“布伦”机枪组先是干掉了敌人的一挺机枪，接着他又猛冲过一片开阔地，用手榴弹摧毁了印尼人的一个据点。但此时他的两名同伴都被对方的轻武器火力打伤，无法行动，只能在周围树木中竭力寻求掩护。由于无法向排指挥官兰吉特中尉报告这里的情况，利姆布决定先把两名同伴带到较安全的地方。在接下来的20分钟里，利姆布不断躲闪着敌人的火力，在一段约64米的距离内，往返4次将两名同伴逐一送到安全地点。不过很可惜，这两名士兵最终都因伤重而不治。在救了他的同伴后，利姆布意识到他的机枪还在印尼人的堑壕里。他再次冒着敌人的火力冲了回去，并找到了他的机枪。此后他接连消灭了两个印尼机枪点，又在白刃格斗中杀死了至少4名印尼士兵。
在实施右翼进攻的8排消灭了当面之敌后，蒙塞尔上尉下令转入防御，准备迎击敌军的反扑。不久，在9排方向上首先传来枪声。虽然还看不见印尼人，但武器射击后冒出的烟雾已显示出他们的位置。下士克里什那巴哈杜尔·莱用通用机枪向那个位置一气射出了150发子弹，敌军就此哑火。英军随即将侦察排调到9排右侧。不久2名印尼士兵出现了，后面还跟着3A。这些人很快都被英军的侧射火力打倒。印尼人开始用轻型迫击炮向英军轰击，而廓尔喀士兵则用火箭筒还击。一番对射后英军的火箭似乎命中了目标，印尼的迫击炮停止了射击。此后又有6名印尼士兵试图反击，但很快就被廓尔喀士兵暴风骤雨般的火力打了回去。
屡遭挫败的印尼人似乎终有所悟，投入了70余人再次反击。蒙塞尔则呼唤炮兵火力支援。首轮射击炮弹几乎落在廓尔喀士兵头上，一些弹片就打在离蒙塞尔只有几英尺的树干上。好在英军炮兵马上进行了修正，第二轮炮弹准确地落在印尼士兵中。至此印尼人的反击被瓦解，而蒙塞尔已完成了摧毁目标营地的任务。并且打死了至少24名敌军士兵。他们开始带着三名阵亡士兵的尸体向出发阵地撤退，队伍中有轻伤和重伤各—人。在部队完全撤出印尼营地后，蒙塞尔再次呼叫炮兵火力，用140毫米和105毫米炮弹让这个营地彻底消失了。这次袭击一共持续了90分钟。
蒙塞尔上尉和7排指挥官兰吉特中尉因这次成功的越境袭击而被授予军事十字勋章。上等兵拉姆巴哈杜尔·利姆布则因为在战斗中表现出的“英勇、自我牺牲和忠于职守”，被授予了维多利亚十字勋章。这是英国在这场丛林战争中授出的唯一一枚维多利亚十字勋章。不过由于“深紫”行动属于绝密，因此在颁发勋章时，作战地点特婆伊山被隐去，而是笼统地称为“沙捞越石隆门地区”。对不知情的公众来说，这似乎意味着印尼人变得更加咄咄逼人，已经能够强行突破边界并建立基地。但实际上，在英国人实施了一系列“深紫”行动后，印尼此时已完全处于防御地位。驻守在边界地区的印尼军队不得不时刻处于高度戒备状态。对他们而言，如今身处本国也不再是安全的了。正是這种折磨人的紧张状态从根本上动摇了他们的战斗意志。