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从制造业结构相似系数、制造业成本费用率和工业增加值角度衡量，长江三角洲地区存在着产业同构问题，大部分制造业行业成本费用率低于全国平均水平。产业同构问题妨碍地区产业结构高度化与合理化。然而，如果对区域与产业层次进行细分，长江三角洲的制造业结构相似系数会相应降低。上海、浙江与江苏制造业行业的区位商相差甚大。它说明，长江三角洲的产业同构问题正在走向区域间的生产劳动分工，正在走向产业集聚与协作。长江三角洲城市的产业同构问题与其城市的空间临近性与经济发展阶段高度相关，也是其走向产业集聚与专业化分工的必然阶段。