黄仁宇先生在《万历十五年》中写道：“当一个人口众多的国家，个人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制，而法律又缺乏创造性，则其社会发展的程度，必然受限制。即使是宗旨善良，也不能补助技术之不及。1587年，是万历十五年，岁次丁亥，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了他发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安眈乐，首辅的独裁或者调和，高级将军的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义的发展，有的身败，有的名裂，有的则身败而兼名裂。因此我们的故事只好在这里悲剧性地结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史上一部失败的总记录。”
　　李贽也曾说：“天道好还，文极必开动乱之机，由乱复归于治。”一语成谶，李贽提出这一理论时，努尔哈赤刚创立了八旗制度，继而开创了自己的文字。他和他的后代将征服一个庞大的帝国，这是落后对先进，野蛮对文明的征服。历史上的1644年，清军入关，迁都北京。
　　由此可见，盲目推崇已“变味”的儒学一定程度上加速了明亡。推究根源，明朝中后期，在众多封建卫道士的撺掇扭曲下，儒学走向了极端，沦落为王朝统治者稳固权位的锋刃，仁义礼智信畸形化，嬗变为皇权的利斧，残杀正义扼灭思想的獠牙。
　　伟大的思想往往诞生于矛盾，超前的哲人往往衍生于苦痛。愈是黑暗，愈会生出绝望的哭歌，历史的幔卷因而愈加生辉。面对扭曲化的儒学，李贽在理学占思想统治地位的时代，痛斥理学圣教不过“矮子观场，随人说妍，和声而已”，一针见血地指出当时的圣教仅剩空壳，而仁礼中庸之内核，谙熟之士寥寥。
　　由于生于福建泉州沿海之地贸易之都，思想较于北方禁锢稍松，而祖辈又大多为从商的伊斯兰教徒，因而李贽自幼受传统思想束缚较少，也为其思想带上了些许异端色彩。而因家道中落青年时期十余年奔走南北为谋营生，起落的人生经历也为其反对君主暴虐埋下了种子。于是李贽挥毫“穷莫穷于不闻道，乐莫乐于安汝止”，异端的种子生根发芽，其以蔑然之态，开始对社会系统，帝王佞臣，贪官污吏，朽恶礼教猛烈抨弹，势要同社会比个高低。
　　李贽在《焚书·答耿司寇》批判程朱理学：“阳为道学阴为富贵被服儒雅行若狗彘。”“读书而求高第，居官而求尊显。”“实多恶也，而专谈志仁无恶;实偏私所好也，而专谈泛爱博爱也;实执定己见也，而专谈不可自是。”“及乎开口讲学，便说尔为自己，我為他人;尔为自私，我欲利他。”受王阳明的学说影响，李贽坚信“知行合一”，提出“绝假纯真”的童心说，而程朱理学流传至明末清初，为统治者所用，风气所染，造就了一大批外中信仰内中枯竭的伪卫道者，无知无畏又愚昧透顶，自私而伪善，披着仁义礼智的外壳，行男盗女娼之举。悲哀的是，这些人头脑空空，不会自主思考，正中封建统治者的下怀，朝廷需要这些人重复经纶道德，以便更有效地假借孔儒之外衣安定万民平定四方。明清以来多陋儒，多腐儒，盖源于此。
　　孔夫子首创儒学，北宋五子生千四百年之后，“得不传之学于遗经，志将斯道觉斯民”，其“为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平”，既贯通宇宙自然，人生命运，又继承孔孟正宗，并治理国家。将儒家的忠孝节义提升到了“天理”的高度，形成了一整套囊括天人关系的严密思想体系，开创了理学，即新儒学。不得不说理学相当精妙地继承了孔儒，又有合理发展，将孔子思想核心的仁蕴藏在天理之中，南宋朱熹的仁德观更是强调“仁是人的爱心及一切道德价值的终极源泉，仁者必然无私无畏，大智大勇，襟怀磊落，仁民爱物”。而黄仁宇先生在《万历十五年》中析仁：“温和有礼，慷慨大方是初级阶段，在向更高阶段迈进的过程中，又必须把自己的思想和言行统统纳入它的规范之内，经过不断的积累以达到无私，最终达到无我。这样，仁，就是一种强迫性的力量，行为的最高准则，超越人世间的质量，也是生活的唯一意义之所在，简直和道家的‘道’殊途同归。”可见，最初的程朱理学中的仁与《万历十五年》中剖析的儒家的仁是不谋而合的，从中可见，李贽所抨击的理学是后期畸形化的理学，这一点从程朱等人的仁德观就可见一斑。
　　对于孔子，李贽虽说：“虽孔夫子亦庸众人类也。”但也提出：“夫私者，人之心也。人必有私，而后其心乃见;若无私，则无心矣。”认为自私是人的天性，在这一点上，他宽恕了孔子：“耕稼陶渔之人即无不可取，则千圣万贤之善，独不可取乎？又何必专门学孔子而后为正脉也。”“咸以孔子之是非为是非，故未尝有是非耳。”李卓吾的辩证的怀疑观，意不在全盘否定孔子，其意在乎肯定独立思考的意识而已。
　　林语堂曾说：“中国两千余年的封建社会和后来被统治者利用的程朱理学，把传统文化都弄拧了劲儿，好像一提传统文化，就要和封建流毒划等号，其实真正的传统文化是广博精深，互包互容的。”李贽先生对儒学的态度也是富有一定包容性的。当然，少数过激的、不合理的程朱思想，例如“存天理，灭人欲”的伦理观，或者朱熹首倡的“三纲五常”的等级秩序和奴隶道德，或是在哲学本源方面，李贽是与其有所偏差，有所抛弃的，但李贽之于儒学，必然是继承者，而非胡乱否认。
　　由是观之，李贽的悲剧来自于其自身。他毕生没有叛离他所皈依的儒家宗旨，不过更追求个性解放和精神自由，相较于圣者，似乎更“人化”一些，因此表现出的言行不一就授人以柄。其思想的非主流化一定程度冲击了儒学正统，锋芒毕露，也因此招致了祸根。
　　袁中道《李温陵传》述：“体素癯，澹于声色，又癖洁，恶近妇人。故虽无子，不置妾婢，既无家累又断俗缘。而奏章胡乱指责称：肆行不检，与无良辈游于庵，挟妓女，白昼同浴，勾引士人妻入庵讲法，明劫人财，强搂人妇，同于禽兽而不知恤。完全是欲加之罪。”
　　《观音问》一书，记录李贽讲学时与梅澹然等女弟子讨论佛学的言论，众人骇之，竟成罪状。李贽不仅不避，反而书佯狂乖张诗《题绣佛精舍》，以驳世人“妇女见短，不堪学道”之谬论，冒天下之大不韪，为妇女学道、男女同等讲话。“故谓人有男女则可，谓见有男女岂可乎？谓见有长短则可，谓男子之见尽长，女子之见尽短，又岂可乎！”
　　人有男女之别，但求学问道，人人平等。如今看来，再寻常不过的道理，但在极蔑视女性的封建王朝，石破天惊，黑暗之时，必有一人，如仗剑而豪气万丈，山鸣虎啸，訇訇然而有声，令人长号不自禁，有热泪盈眶。
　　明朝末年，封建王朝已经出现了衰败的苗头，统治者于是愈发警惕，八股大行其道，文字狱荒谬透顶，这样的时代，反而成为中国历史上继春秋战国、魏晋南北朝后思想界又一活跃时期，不可谓不是封建王权加强重压钳制之下思想斗争的果子，是相当矛盾的产物，因此比其他时期思想的碰撞更为激烈，更具有承上启下的历史功绩。
　　细究当时背景，社会的资本主义萌芽促使李贽的思想带有民主启蒙的色彩，促使他追求自由与解放，渴望突破礼教束缚，渴望人生，但其所处的社会性质又注定了他不能根本背叛他的时代，他难以挣脱封建社会的网罗，无法同孔教桎梏彻底决裂，他批判儒家，被戴上“敢娼乱道，惑世诬民”的罪名，可他又确确实实是儒学的捍卫者，他不过土生土长的封建思想家，血脉中承着孔夫子的行为准则，而当时的理学偏离真儒，于是斥之非之，当时的君主昏庸滥刑，于是骂之责之，反杂儒而崇真儒，抑君主而扬封建，其思想的历史的局限性，现实和理想的差距，造成了他的悲剧。
　　自然，后人不能过于苛责，毕竟难以超越时空条件之限，作为封建社会中成长出来的思想家，李贽足够大胆，足够超逸。历史给予他莫大的赞誉。
　　1602年，李贽于狱中自刎，死前与侍者对话。
　　侍者：“和尚痛否？”
　　曰：“不痛。”
　　侍者：“和尚何自割？”
　　曰：“七十老翁何所求！”
　　豁然一句何所求，先生仙去矣！