洪涝灾害,给一些病原微生物带来了良好的滋生、繁殖条件,特别是洪水的冲刷和淹没,使森林、土壤中的细菌、病毒、寄生虫卵、幼虫等各种传染性病原菌被冲洗出来,阴沟满溢、污水流淌,灾区环境及水源严重污染,促进病原菌的扩散和传播,使灾后很容易发生和流行多种畜禽疫病。
　　洪涝灾害容易引发的畜禽疫病有炭疽病、口蹄疫病、钩端螺旋体病、猪瘟、猪丹毒、巴氏杆菌病、仔猪付伤寒、鸡新城疫、鸡白痢、球虫病、牛羊肝片吸虫病、牛羊消化道线虫病、弓形体病、疥癣病、霉菌中毒等疾病。
　　洪涝災害后预防畜禽疫病应注意抓好以下几点:
　　1. 加强饲养管理,增强机体抗病能力
　　 针对疫病流行情况,饲料中定期掺拌抗生素药物,进行预防性投药。
　　2. 抓好畜禽免疫工作
　　 对常见病及一些正常年份不会发生的疫病加强防疫,如炭疽病,家畜血吸虫病等。
　　3. 对病死、溺死畜禽进行无害化处理
　　 简易有效的处理方法是将尸体深埋2m以下或是焚烧。
　　4. 搞好畜禽圈舍以及饮水的卫生与消毒
　　 饲养场和畜禽圈舍要彻底清扫、冲洗,焚烧污物,粪便堆积发酵处理,同时,对圈舍环境、饲养用具等定期进行严格消毒。常用的消毒药品:10%～20%石灰水溶液、20%～30%草木灰水溶液、2%～5%过氧乙酸溶液、2%～3%烧碱溶液、1%菌毒敌溶液、0.1%的百毒杀溶液、10%～20%漂白粉溶液、2%～4%福尔马林溶液等,使用烧碱溶液消毒时,因其对金属器具有腐蚀性,故不宜用于金属制品消毒。要重视畜禽饮用水的消毒,畜禽饮水通常采用漂白粉、优氯净进行消毒。市售漂白粉一般含有效氯25%～35%,饮水消毒投加6～10mg/L,市售优氯净一般含有效氯55%～60%,消毒饮用水投加量为8～12mg/L。投放漂白粉、优氯净消毒,需搅匀后放置30分钟才可饮用。
　　5. 防止草、料霉变
　　 连绵阴雨潮湿,霉菌繁殖迅速,极易引起饲草、饲料发霉变质,造成家畜食后中毒,要注意草、料保管与储存,防止雨淋,搞好料库通风及草料的晾晒工作,严禁饲喂霉败草料。
　　6 .做好疫情监测
　　 灾后疫病流行增加,动物疫病防控部门要做好疫情监测工作,广大养殖户要增强疫病防范意识,注意观察畜群有无不良反应个体,一经发现,立即向当地动物防疫部门报告,以便及时采取防范措施。
　　7. 加大养殖技术指导服务与动物监督执法力度
　　 畜牧部门组织科技人员深入洪水流经地区,做好畜禽饲养场所的消毒灭源工作,指导养殖户对圈舍的防护维修,新建畜舍设计、疫苗免疫、畜舍消毒、死亡畜禽的无害化处理,草料收贮、加工、调制,畜禽科学养殖等技术服务,及时诊治动物疾病,加大畜禽出栏量,淘汰老、弱畜禽,提高养畜科技含量,动物防疫监督部门加大对定点屠宰场所的动物卫生监管力度,严防死亡畜禽流入市场,保证肉食品安全。