“十三五”期间，继续发展沼气是顺应我国现代化农业发展的趋势，也是能源战略的需求和建设生态文明的保障。通过大力发展沼气，在补充城乡能源短缺的同时，还能够有效降低二氧化碳排放量。
　　“十三五”期间我国现代农业将加速发展，对农村沼气产业及科技的发展提出了新的要求，迫切需要依靠科技实现创新，将能源与环境两大领域存在的科技问题集中研究。
　　政策领域研究应系统化。 “十三五”期间，我国应形成自己专业的沼气产业政策研究团队，在吸收国外先进政策经验的同时，制定出一套科学系统的政策建议，为立法和管理部门做决策提供可靠依据。
　　沼气技术集约化。沼气技术势必向提高单位原料产气率，降低沼气生产成本，生产控制自动化智能化等方向发展。随着发酵原料的多样化和新工艺的出现，标准化、商业化运营沼气工程的增加，沼气技术越来越需要综合多学科知识，更多地依赖生物、工程、材料以及控制等学科的发展，借鉴机械、化工和建筑工程经验，向着工业化、集约化方向发展。克服目前沼气工程设备完整性、配套性差，施工建造质量低劣等问题。
　　沼气工程原料多样化。沼气发酵原料是限制中国沼气工程大规模发展的重要原因。沼气发酵原料应该因地制宜，充分利用畜禽养殖废弃物、种植业废弃物、农产品加工剩余物以及农村生活垃圾等。
　　“三沼”产品利用高值化。“三沼”产品是指沼气、沼液、沼渣，目前沼气主要作为生活燃料使用，而沼渣沼液利用方式粗放，沼气工程经济效益不明显，导致建成的工程不能长期稳定运行。这就要求“十三五”期间研发出能更高效利用“三沼”产品的新技术和新工艺，提升产品附加值和经济收益。比如，沼气通过提纯后制取生物天然气，可以进入工业领域，沼渣沼液经过配方后生产优质有机肥。预测“十三五”期间各种沼气工程所生产的电力，可以通过基于局部配电网的新能源微电网进行输送，与各类分布式能源多能互补。