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元基因组（亦称宏基因组，英文Metagenomics、Environmental Genornics、Metagenome、Ecogenomics、community genomics、megagenomics等）是传统微生物基因组学的一个分支，由Handelsman等于1998年提出。目前，人们对微生物的认识主要来源于能够进行培养的种类（不到自然界中微生物的1％），还有大量未培养微生物不能被人们所认识和利用。元基因组则避开了测序前需要培养的问题，开启了研究未培养微生物的大门。