伴随着知识经济的快速发展，创业孵化器逐步发生进化与演变，其商业价值创造机理也已经不同于以往。揭示创业孵化器商业模式的本质特征以及探索其随着时间推移发生演变的规律具有一定理论意义。首先采用扎根理论研究方法，利用NVivo11等软件对数据进行编码以及理论饱和度检验，得到其商业模式基本框架，包含价值主张、价值生产、价值获取三个维度。在此基础上，进一步运用多案例对比研究方法，探索创业孵化器的价值创造规律，并揭示创业孵化器商业模式的进化与演变方向，最终构建了一个多层级理论框架。研究发现：第一，创业孵化器不仅是初创企业的一种有形安排，更是将“知识的服务纳入其价值主张”的有效组织；第二，创业孵化器主要通过有形、无形和网络服务产生价值，这一过程以追求学习效应和合法性为主要目的；第三，创业孵化器最终需要通过佣金、支持服务收费和企业附加值的获取来保证利益，但持久的收益依赖更低的成本结构；第四，创业孵化器商业模式会存在一个内在的反馈与进化过程，并最终体现在价值主张的明确化上。对于加强创业孵化器理论体系建设，以及明确创业孵化器商业模式定位、演变方向和衍生逻辑提供了理论与实践启示。