甘蔗是广西重要的糖料作物，本研究通过建立克隆文库、土壤养分分析和根样染色等方法测定了33个采样点3种土壤类型（赤红壤、红壤、砖红壤）下甘蔗根系AM真菌多样性及其与土壤因子的关系。结果表明, 3种土壤类型的甘蔗根系共鉴定出6科6属11种AM真菌，AM真菌各属频度存在明显差异，其中球囊霉属的频度值最高，在33个根系样品中有32个存在该属，为广西甘蔗根系AM真菌的优势属，而类球囊霉属、无梗囊霉属、近明球囊霉属、多样孢囊霉属和盾巨孢囊霉属5个属为稀有属。3种土壤类型的甘蔗根系均发现有球囊霉属和盾巨孢囊霉属；近明球囊霉属、无梗囊霉属和类球囊霉属仅在赤红壤的甘蔗根系中出现；而多样孢囊霉属仅在在赤红壤和砖红壤的甘蔗根系中出现。土壤的pH与AM菌根侵染率呈显著正相关，而有机质、总N、有效P、交换性Mg²⁺与AM菌根侵染率均呈负相关。本研究表明，自然条件下甘蔗根系具有相对丰富的AM真菌类群，这些AM真菌可能在甘蔗生长过程中发挥着重要的生态功能。