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据中国中医研究院出版的《中国疫病史鉴》不完全统计，从西汉到清末，中国至少发生过321次大型瘟疫。每次疫情，都让当时的社会为之颤栗。不过，炎黄子孙也在千年的对抗史中，摸索出了一条战“疫”之路。
中医理论催生
中国有关瘟疫的最早记载，大约可以追溯到商代甲骨文时期。
《小屯殷虚文字乙编》中记载了这样一则故事：与天地沟通的巫师正在占卜，他所问有两件事，其一是这个瘟疫是否会蔓延开去？其二是商王是否感染瘟疫？可以想见当时的王城里应该发生了大规模的人群感染事件，以至于商王都有了被感染的风险。
此时，人们面对凶猛的疫情，只能归结于上天的惩罚，巫术与神鬼之说是从天子到民间都认可的解释。不过随着时代的发展，以及与瘟疫的不断对抗，医学逐渐压倒巫术，占据了主导地位。
公元154年前后，蛰伏的瘟疫蓄势待发，河南南阳的张家诞下一名男童，取名仲景。父亲张宗汉在朝为官，他本希望儿子与自己一样成为朝廷官员，却没想到他对医学情有独钟。10岁时，张仲景开始跟随同郡医生张伯祖学医。数十年后，张仲景医学大成，写成《伤寒杂病论》一书，其中总结的辩证论治原则，确立了中国中医诊治的灵魂。
“伤寒”一词，与我们现在说的伤寒略有不同，其主要症状为发热，并且具有强烈的传染性，实则是指当时一种被称作“伤寒病”的瘟疫。据张仲景在《伤寒杂病论》中记载，仅仅10年时间，张氏家族就只剩下三分之一的人口，其中七成都是患上了这种瘟疫。
后来，《伤寒杂病论》著成，记载了医治伤寒的119条药方，使伤寒病不再是致死的疾病。其中如葛根黄连汤、小柴胡汤等至今仍用于治疗风寒感冒。
而后中医传承愈广，东晋医学家葛洪在《肘后备急方》中，对天花、虏黄病（即黄疸）、沙虱病（恙虫病）等传染病的治疗做出了贡献。
唐代名医孙思邈在《千金要方》中，不仅总结了许多治疗传染病的方剂，还提出用熏药法进行空气消毒、向井中投药进行水消毒等消毒法。
国家力量介入
睡虎地出土秦墓竹简中记录了这样一段秦代传染病的“隔离”制度：一名正在接受筑城刑罚的犯人服刑还没有结束，就被发现得了麻风病，当地官员迅速将他转移到了一个叫“疠所”的地方隔离。这或许是出土文献中能见到的较早关于官方治理疫情的记载。
而正史中有关政府官方干预疫情的记录，则始于西汉。元始二年，京畿一带发生了严重的旱灾和蝗灾，疫病随之而来。汉平帝下诏：“民疾疫者，空舍邸第，为置医药。”由政府安排专门的房子负责医治疫病患者，这是中国历史上较早出现的关于公立临时疫病隔离医院的记载。
至南朝时期，有“六疾观”“别坊”等隔离机构。唐朝设有“病坊”，宋代设“安乐坊”，通常由中央政府视疫情分拨经费，由地方政府采购药物，招募僧人照料病患。
除了有效隔离外，自唐朝以来，由政府组织医疗力量救治，都是战胜瘟疫的根本保障。正统十四年（1449年），淮扬发生瘟疫，明英宗派了40多个太医奔赴疫区，救治百姓。而根据历史记载，官方对于疫情时期的“颁方”“赐药”都是免费的。
及至明清时期，科学战“疫”有了划时代的突破。人痘接种法的普及，是人类战胜传染病“天花”的经典案例。它用天花病人身上的痘疮结痂磨成粉末后吹入健康人的鼻孔中，使其感染，进而获得天花的免疫力。史料显示，自明代开始，科学的种痘方法已经开始在民间使用。
公共卫生制度起步
在防疫工作中，古代政府对城市公共卫生管理和设施建设也很重视。在河北易县出土的战国时代燕下都陶质阴沟管道，即为中国早期的地下排水设备。在宋代温革著的《琐碎录》中提出：“沟渠通屋宇洁净无秽气，不生瘟疫病。”
不过，“公共卫生”的概念被广泛推广还是在晚清时期。
鸦片战争之后，西方医学开始大规模传入中国。此后在洋务运动中，特别是在北洋海军的建设中，西医学堂成为配套设施，这成为中国自主创办西医医院的肇始。
光绪三十一年（1905年），首个中央卫生行政机构——卫生科（司）设立，主管考核医学堂的设置、医生的考核，以及检疫计划、审定卫生保健章程等。1906年，卫生科升级为卫生司，隶属民政部，掌核办理防疫卫生、检查医药、设置病院等事宜。
卫生科（司）的设立，标志着全国范围内制度性卫生行政的起步，卫生行政上升为国家制度。
在国家卫生行政机构设立不久，1910年末东北暴发鼠疫传染病。华人医生伍连德第一次在中国全面应用现代公共卫生的理论和方法扑灭了这场大瘟疫。事后，清政府组织第一次真正意义上的国际会议——奉天万国鼠疫研究会，共有来自12个国家的34位代表参加，确定了许多国际通行的防疫准则，为此后的国际防疫合作奠定了基础。另外，清政府颁行中国第一部全国性卫生防疫法规——《民政部拟定防疫章程》，要求各省“嗣后遇有防疫事件，即行一体遵照”。至此，国家层面的公共卫生体系初具雏形。
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