消化道共生菌：肠道的天然屏障
　　消化道是机体最大的共生菌聚居地。胃里环境偏酸，不适合大多数细菌生存，小肠里也由于有太多的消化酶而不适合细菌生长，所以细菌大多集中在大肠。大肠里细菌种类多达300多种，大便近1/3的干重是细菌。
　　肠道菌群并非是生来就有的，它们实际上是“外来户”。在母体子宫内，胎儿所处的是一个几乎无菌的环境，因此胎儿肠道内也是无菌的。在胎儿出生之后的几天内，细菌通过分娩时的阴道物质摄入、哺乳时的口腔摄入以及空气吸入等途径进入新生儿体内，并在肠道内定植，形成新生儿最初的肠道菌群。随着婴儿的成长，肠道菌群的种类结构逐渐趋于稳定，最终形成成熟的肠道菌群，悄无声息地与主人相随一生。部分共生细菌（包括双歧杆菌和乳酸杆菌）与肠道黏膜上皮细胞粘连，形成细菌生物膜，对维持肠道正常生理功能至关重要。这层细菌生物膜具有天然的屏障作用，能抵御外来致病菌对肠道细胞的侵袭。此外，双歧杆菌等细菌还能促进免疫细胞增殖，促进局部抗体分泌，从而提高肠道免疫力。
　　皮肤共生菌：抵御外来感染
　　在人体皮肤表面也存在大量的共生菌，皮肤共生菌分为常驻菌和暂驻菌，常驻菌可以在皮肤表面繁殖，例如葡萄球菌、棒状杆菌类；暂驻菌只能分离不能繁殖，如金黄色葡萄球菌、链球菌、奈瑟菌属。这些皮肤共生菌除了调控皮肤受损后的炎症反应，参加局部免疫防御以外，还能直接分泌或诱导机体自身生成抗菌肽，抑制其他病原微生物的繁殖。许多研究证实，银屑病、痤疮等多种皮炎的发病与皮肤菌群紊乱有关。有研究者将人体皮肤共生菌种植到无菌小鼠（小鼠的肠道或皮肤中不存在自然发生的微生物繁殖）身上，再用寄生虫去感染无菌小鼠， 结果发现未种植人体皮肤共生菌的无菌老鼠不能抵抗寄生虫的感染。