【摘 要】
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14-3-3蛋白(GRF)基因家族通过与靶蛋白相互作用,广泛参与植物激素信号转导和生理代谢过程,在植株生长发育和逆境响应中发挥重要作用.本研究以辣椒(Capsicum annuum)为材料,利用生物信息学研究方法,鉴定得到15个辣椒14-3-3基因家族成员,命名为CaGRF1～CaGRF15.系统分析了 CaGRF基因家族成员的结构、进化关系、启动子顺式作用元件、组织及冷胁迫表达,并对CaGRF蛋白互作网络进行预测.结果表明,根据进化关系CaGRF家族成员被分为ε类和非ε类,ε类CaGRF含有更多外显子和
【机 构】
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宁夏农林科学院种质资源研究所,银川,750002
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14-3-3蛋白(GRF)基因家族通过与靶蛋白相互作用,广泛参与植物激素信号转导和生理代谢过程,在植株生长发育和逆境响应中发挥重要作用.本研究以辣椒(Capsicum annuum)为材料,利用生物信息学研究方法,鉴定得到15个辣椒14-3-3基因家族成员,命名为CaGRF1～CaGRF15.系统分析了 CaGRF基因家族成员的结构、进化关系、启动子顺式作用元件、组织及冷胁迫表达,并对CaGRF蛋白互作网络进行预测.结果表明,根据进化关系CaGRF家族成员被分为ε类和非ε类,ε类CaGRF含有更多外显子和内含子;启动子序列分析发现CaGRF启动子中有多个响应激素、胁迫、光的顺式作用元件;表达分析表明CaGRF各成员在辣椒各组织和冷胁迫响应中特异性表达;蛋白互作网络预测发现CaGRF可能与氮代谢、质子转运、转录调控相关蛋白互作.本研究为深入研究辣椒14-3-3家族成员功能及调控途径提供了参考.
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本研究为揭示软枣猕猴桃中无色花色素双加氧酶(leucoanthocyanidin dioxygenase,LDOX)基因结构及其功能.运用生物信息学方法对软枣猕猴桃LDOX核苷酸及氨基酸序列进行深入分析,构建LDOX基因的蛋白互作网络,并进行GO及KEGG功能注释分析.结果显示:软枣猕猴桃与野茶树、以南高丛蓝莓、蓝莓、金银花及胡萝 卜亲缘关系较近,含有10个保守基序.顺式调控元件主要参与ABA信号途径、响应干旱应答,厌氧诱导、赤霉素、生长素响应因子、MeJA反应、低温响应、光刺激应答响应元件.LDOX理化
GRF (Growth-regulating factor)基因家族是一种广泛分布于种子植物的转录因子,在调节植物的生长、发育中发挥重要的作用.本研究从葡萄基因组鉴定出8个VvGRF基因,命名为VvGRF1～VvGRF8.采用生物信息学的方法,系统地对葡萄VvGRF家族的蛋白理化性质、进化关系、保守基序及在不同发育时期的差异性表达进行预测和分析.结果 表明,VvGRF基因内含子与外显子数量差异较小,在所有预测蛋白的N端含有两个典型的保守结构域QLQ与WRC;系统进化分析将GRF家族成员分为6组,其中葡萄与
温度是影响植物生长发育重要的环境因子之一,光敏色素互作因子PIF4是植物响应温和高温的核心基因,明确MdPIF4在苹果温度响应中的作用具有重要意义.本研究克隆了MdPIF4的编码区和启动子序列,分析了MdPIF4的表达情况,对MdPIF4转录激活活性进行了分析和互作蛋白筛选,并在野生型拟南芥中异源过表达了MdPIF4.结果 显示:MdPIF4基因编码区包含1656 bp的核苷酸,编码551个氨基酸,预测其蛋白质分子质量为60670.87 Da,等电点为6.63.MdPIF4在苹果叶片中的表达量最高,其次为
为探求两种不同花色类型的垂花百合花色变异机制,本研究以相同生境下不同花色的垂花百合(Lilium cernuum)花瓣为材料,利用高通量测序技术建立了花发育过程和两种花色类型的转录组数据库,并针对花色苷合成代谢途径的结构基因和转录因子进行差异筛选.结果 表明,测序共获得57521条Unigene,对比不同阶段花器官中花色苷合成的结构基因表达差异情况,筛选出DFR、CHS、ANR、ANS和FOMT共5条结构基因,以及MYB14、MYB98、MYBC1、PHL7、PHL8、细胞色素P45094A1、bHLH3
为了探究B型细胞分裂素响应因子RR在苹果腋芽萌发中的功能,以难分枝的一年生\'长富2号\'/T337/八棱海棠苹果苗为试验材料,从其腋芽中克隆得到细胞分裂素响应因子家族的1个关键基因MdRR1,其开放阅读框长度为2025bp,编码674个氨基酸.实时荧光定量PCR分析表明,MdRR1在根中表达量最高,而在腋芽等其他部位较少;6-BA和去顶处理后,MdRR1在腋芽中的表达量显著下调,去顶加Lovastatin(细胞分裂素合成抑制剂)处理与仅去顶处理相比,MdRR1的表达量在处理6h显著上调.亚细胞定
油棕(Elaeis guineensis Jacq.)是世界上最重要的油料作物之一,其中果皮含有的棕榈油极其丰富.MYB蛋白是一类广泛存在于真核生物中的转录因子,在植物的生长发育中发挥重要调控作用.本研究基于油棕中果皮转录组的测序结果为基础,利用生物信息学对油棕MYB基因家族进行全面鉴定,并对这些基因的结构、保守域和果实发育不同时期动态表达进行研究,解析油棕MYB转录因子在油棕发育过程中的生物学功能.结果 发现,本研究中的38个油棕MYB转录因子,包含26个R2R3-MYB型和8个MYB-related型
谷胱甘肽硫-转移酶(glutathione-S-transferase,GST)是一类重要的多功能蛋白酶(EC 2.5.1.18),可参与解毒作用、抵御生物与非生物胁迫以及次级代谢物质运输.本研究以石榴(Punica granatum)为材料,在其全基因组中共鉴定到44个PgGSTs基因家族成员.44个成员编码蛋白氨基酸长度为103～417 aa,分子量为11.87～47.42 kD,理论等电点在4.96～9.34,大部分成员定位于细胞质.进化分析显示,PgGSTs可以划分为8个亚家族,石榴U型和F型亚家
类黄酮-3\'-羟化酶(F3\'H)是黄酮化合物生物合成过程中的关键酶之一,本研究从大叶蛇葡萄转录组数据库中筛选出类黄酮-3\'-羟化酶基因(F3\'H),利用RT-PCR等技术克隆了其全长序列,并分析F3\'H基因编码蛋白的理化性质和结构特征.结果 表明,该序列全长为1718 bp,开放阅读框(ORF)长度为1530 bp,相对分子质量为55.89 kD,编码509个氨基酸,等电点为7.3,分子式为C2513H3974N696O705S21,不稳定指数为38.26,为稳定蛋白;脂肪族
NAC基因家族是植物特有的一类转录因子家族,在植物响应高温等非生物逆境胁迫中发挥重要作用.本研究通过对叶用莴苣基因组数据库进行查询鉴定,共有99个LsNAC基因,编码NAC蛋白161个.LsNAC基因在1号到9号染色体上均有分布,2个LsNAC基因未能定位在染色体上,其中6号染色体上编码的基因最多,8号染色体上编码的基因最少.叶用莴苣NAC蛋白有着相似的motif组成,分析表明,NAC总共有9个保守的motif,前8个motif分布在保守的N端,只有第9个motif位于序列不保守的C端,而且第9个moti
MADS是一类植物转录因子基因家族,主要调控开花植物花和果实的不同发育过程.为了研究映山红杜鹃MADS基因家族的特征,加快映山红基因工程育种进程,本研究基于已发表映山红染色体水平基因组数据库,对映山红MADS基因家族的所有基因进行生物信息学分析.结果 发现,映山红基因组中共有67个MADS家族基因,其理化性质差异较大,且在13条染色体上的分布不均匀;对映山红和模式植物拟南芥MADS蛋白的系统进化分析显示,映山红MADS基因家族中也包含Ⅰ型和MIKC型两大类型,其中MIKC型中包含有花发育相关的B类和E类基