【摘 要】
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目前,大量园艺植物基因组测序已经完成或接近尾声,它们的基因组序列和注释数据极大地促进了功能基因组学研究.为给科研人员提供批量下载特定的基因组区段序列和注释平台,笔者
【机 构】
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金陵科技学院园艺学院,南京,210038南京农业大学园艺学院,南京,210095;南京大学生物化学系,南京,210093;
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目前,大量园艺植物基因组测序已经完成或接近尾声,它们的基因组序列和注释数据极大地促进了功能基因组学研究.为给科研人员提供批量下载特定的基因组区段序列和注释平台,笔者开发了一个称为OBRRP的生物信息学工具.OBRRP具有提取葡萄(Vitis vinifera)、桃(Prunus persica)、草莓(Fragaria vesca)、黄瓜(Cucumis sativus)、西瓜(Citrullus lanatus)、番茄(Solanum lycopersicum)、甜橙Citrus sinensis)、苹果(Malus x domestica)、猕猴桃(Actinidia chinensis)、马铃薯(Solanumtuberosum)、香蕉(Musa acuminata)和拟南芥(Arabidopsis thaliana) 12种植物基因组序列及注释数据的功能;同时,也具有扩展到其它Gbrowser浏览器架构的数据库功能.测试结果表明,OBRRP是一个快捷简便的在线、批量和实时提取工具,其登录地址为http://bioinfo.jit.edu.cn/OBRRP/.
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