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在化解克莱门茨和格里森关于植被群落机体论和个体论之争中,坦斯利正式提出"生态系统(ecosystem)"概念,由于其自身的软弱性而遗留下生态学历史性难题.尽管奥德姆兄弟基于物质和能量循环对生态系统重新进行界定,这一生态系统观念的变革由于本体论的整体论和方法论的还原论而备受责难,生态系统乃至整个学科本身都陷入"同一性危机".通过诊断,他们背后都潜藏着机械论世界观,纠缠着"机器隐喻"情结,误把生态系统当作单子式的、空间边界明晰的实体单元,由于其边界不清而导致所谓的"同一性"困境.以帕滕为首的新兴系统生态学基于网络结构,构建不同于生态系统的"生态-系统(eco-system)"概念,把环境重新纳入"生态-系统"内部,指出它是不同于实体的功能性关系实在.