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目的
确定内蒙古鼠疫自然疫源地8种啮齿类动物细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因扩增的最佳引物。
方法在内蒙古锡林郭勒盟和乌兰察布市,采集8个鼠种的动物,提取基因组DNA,选择6对已报道的扩增鼠COⅠ基因的引物(F1/R1、F2/R2、F3/R3、F4/R4、VF/VR、F6/R6),PCR扩增8个鼠种的COⅠ基因,对扩增的产物进行测序,并对测序结果进行生物信息学分析和比较。
结果达乌尔黄鼠扩增COⅠ基因的最佳引物为F3/R3,达乌尔鼠兔和蒙古兔尾鼠均为鸡尾酒引物VF/VR,大沙鼠、蒙古毛足鼠和布氏田鼠均为F6/R6,五趾跳鼠为F2/R2,子午沙鼠为F1/R1。8种啮齿动物的COⅠ序列进行比对后,发现所有DNA条码都是物种所独有,每个物种都有各自的鉴别位点。
结论不同鼠种在扩增COⅠ基因时需要相应种属特异性引物;扩增多种鼠种时,优先选择F6/R6引物或鸡尾酒引物,针对特殊鼠种可选择该鼠种特异引物进行扩增。