澎湖天后宫位是全台湾历史最悠久的妈祖庙。相传公元1280年元世祖派兵征伐日本，遭遇台风，官兵漂散，而梦见妈祖救众，登陆平湖屿（即澎湖屿）。惊涛余生，是妈祖的神佑，所以公元1281年，世祖封妈祖为“天妃”，立天妃宫，设澎湖寨巡检司。
　　澎湖马公镇上的天后宫，可说是全台湾最古老的妈祖庙，也是历史最悠久的古迹。据考，该庙建于明万历20年（公元1592年）。
　　明万历31年（公元1603年），荷兰海军将领韦麻郎率舰侵入澎湖，在马公岛登陆，占领妈祖宫。
　　当时福建金门守将沈有容率所部赶来，谕荷人退出。这是中国政府第一次在国际上表明澎湖（和台湾）是中国神圣领土，不容侵犯。后来郑成功东征逐荷、施琅收复台湾，都曾在妈祖宫及其附近驻军。清廷统一台湾后，赠赐“神昭海表”匾一方，并遣礼部郎中雅虎前来此宫致祭，重修庙宇。此后，中法战争、甲午海战以及第二次世界大战时发生于台湾海峡的若干战役，都与这座庙宇或多或少有点关系。因此，这座天后宫可说是全台湾最著名的古庙之一。
　　400多年来，澎湖天后宫历经修整，仍基本上保持旧时庙貌。这是一座四进古庙，如同闽南传统的古庙一样，坐北朝南，正门三开间，门前有大石埕。正面望去，庙貌庄严古朴，好像闽南常见的“古厝”。门前一对大柱高擎，屋脊二重，中脊两端高翘若燕尾。两侧护龙（厢房）的马背（墙上歇山）和正门多重檐式屋顶配搭得十分协调。入门有石铺天井（中庭）。正殿重檐燕尾脊，凌空欲飞，线条流畅，檐下梁柱雕刻，柱础石鼓雕刻、窗棂石雕、墙上装饰石雕以及殿内各处的装饰石雕等等，无不精细而古朴。尤其是殿梁及壁间装饰石雕，以高浮雕技法雕出戏文人物、宫阙楼台、花草树木等等，无不栩栩如生，十分精细，是400年前闽南石雕师傅的杰作。
　　天后宫后进名叫“清风阁”，右壁嵌入一方石碑，俗名“沈有容谕退红毛碑”。碑高198厘米，宽28.7厘米。正面刻“沈有容谕退红毛香韦麻郎”11字，字体苍劲有力。这碑是为纪念沈有容驱逐入侵澎湖的荷兰海军这一重大事件而立，估计立于万历32年（公元1604年）或翌年，已有近400年历史，是全台湾现存最古的石碑。据传该碑本立于大山屿，荷兰人于天启2年（公元1622年）再次侵入澎湖时，居民恐碑受损，乃将其埋于地下。1919年重修妈祖宫时无意中发掘出来，乃嵌于后殿右壁。荷兰人再次入侵时，曾建城堡，至今巨石残础犹存，位于今马公镇东北约3公里处的朝阳里，名“红木埕”。其实是这座城堡的民间称呼“红毛城”的谐音。这是帝国主义侵略我国神圣领土的历史见证。