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随着我国社会及经济的转型，尤其是农村经济体制的改革，农村卫生面临着许多新的问题，如财政投入不足导致农村卫生发展后劲乏力，相对落后的经济丈化水平导致的因贫返贫致贫、医疗市场的混乱对乡镇卫生院的冲击等。这些问题必须通过深化农村卫生体制改革，优化资源配置、加大人事和分配制度改革、实行科技兴医战略等，才能得到有效解决。