受计划经济体制的影响，水利事业单位基础管理关系尚未理顺。水利的公益性使水利工程管理、服务收费、利润分配制度改革滞后，导致水行政、企业、事业单位的基础管理关系未明确，经济关系不清；事业单位机构庞大，冗员过多，大部分经费只限于人员开支，严重影响水利管理事业的健康发展。作为基层水利单位，更要严格制度管理，加强财务经管工作。水利财经工作要统筹兼顾，突出重点，着力做好以下工作：
　　一、加强制度规范
　　（一）切实加强水利专项转移支付资金的监管。基层水利部门要把涉及民生水利的财政专项资金的监督管理作为基建财务管理的重中之重，在预算安排、项目确定、落实配套、工程建设、管理运行等方面都需要明确责任，加强管理，科学安排，切实管好用好财政专项资金。
　　（二）规范财务票据。鉴于县财政收入主要来源靠税收收入的实际，为使税收收入按时足额缴入国库，同时为规范财务票据，在支付每笔工程款时，积极配合税务部门代扣代缴税款，由纳税人向当地的税务机关提出纳税申请，经税务机关核准后，按照工程款的实际发生额核定纳税税额，缴纳税款，开具专用发票。一是规范了财务票据，为财务检查、审计等提供了有效合法的原始凭证；二是杜绝了纳税人偷逃税款、弄虚作假的现象；三是实现了“以票控税”的目的，取得了有效征税的良好效果。
　　二、加强资产经营管理
　　（一）加强水利资产价值管理。基层水利单位要现实解困和长远发展的需要，必须着力抓好水利经营管理工作。以财政投入为保障，经营管理为补充，资产管理为基础，统筹推进基层水利单位改革和发展。大力开展水利多种经营，进一步强化资产管理。采取切实可行的措施，扩大理财范围。在全国3000多亿水利固定资产中，75%以上是为社会公益服务的，如堤防、闸坝、涵洞、水库、水土保持工程等，这些资产在基建竣工验收后，在水利事业单位的财务账目就不再作任何反映，其带来的效益及价值补偿，也得不到体现。必须加强这些资产的价值管理，在其寿命期内必须有账面价值，虽不提折旧，但在财务报告补充资料中应反映其磨损状况或反映其当期评估价值。
　　（二）加强水利无形资产管理。水利事业单位经过国家多年的投资建设和广大水利工作者的劳动，都拥有一定数量的宝贵资源和科研成果，如泥沙开采权、库区和河道两旁的土地使用权、堤坝的通行权、水面航行权、水面养殖权及流域水文地质资料、水利工程技术研究成果以及在水利工程建设领域具有的良好的声誉等。长期以来，因产权不清或观念落后，这些资源没有得到很好的管理和利用。通过明晰产权、统一制定产权经营管理办法、加强监督与考核等产权经营措施将这些资源利用起来，可部分解决水利事业单位资金短缺问题。
　　三、积极争取各级公共财政投入
　　基层水利财经部门要紧密围绕新时期水利中心工作，把积极争取各级公共财政投入作为水利财经工作的重点。加强与财政部门的沟通与协调，争取公共财政更多的投入，积极配合公共财政体制改革，不断完善预算管理机制，加强支出标准体系建设，逐步推行综合预算，整合性质用途相近、规模较小的专项资金，提高资金使用效率和效益。
　　四、积极推进农业水价综合改革
　　财务人员要充分認识做好重点工程财务管理工作的重要意义，进一步拓展财务管理的内容，创新财务管理的方法，把基建财务管理工作与财政体制改革结合起来，与工程造价管理结合起来，与项目审计稽查的要求结合起来，从提高自身素质入手，不断加强学习，努力提高业务水平，同时要结合工作岗位的实际和特点，学以致用，促进水利工程财务管理工作再上新台阶。
　　综上所述，水利事业单位的财务管理必须适应国家有关财经法规、制度的要求，不断与时俱进，正确处理改革与加强财务管理的关系，更好地为水利事业的发展服务。