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淀粉质体含有丰富的DNA，平均每个淀粉质体含有数百个基因组拷贝。其分布特点因物种而异，大都集中于拟核区，有的分散于质体内。在淀粉质体发育过程中，DNA含量不断增加，成熟期达到顶峰，以贮藏形态存在，为种子的萌发和幼苗的形态建成提供核苷酸等原料。淀粉质体DNA具有与叶绿体DNA同源的序列，存在一些表达基因，如：16SrRNA、psbA。但在抑制区域富甲基化，尤其是5-甲基胞嘧啶，碱基的甲基化在aDNA基因的表达调控中起重要作用。