基于地理学的区域关联与尺度转换视角,阐述了省域生态补偿及其差异分析的理论框架,及省域生态补偿差异测度的方法。在对省域生态补偿空间差异进行分析的基础上,运用变异指数法、艾肯森指数法和基尼系数法,探讨了2004-2011年中国省域生态补偿时间序列的总体差异、细部差异以及差异形成的驱动机制等问题。结果表明:1从地域空间上看,以"胡焕庸线"为界,该线所穿过的省域及其西北部诸省,大多为生态补偿大省。2虽然中国省域生态补偿差异总体呈扩大趋势,但在个别年份也存在缩小的情况,变异指数、基尼系数、艾肯森指数等的测算结果均符合该情况。3在整个时间序列变化曲线中,短期的分析结果表明各指数的差异程度存在不一致;但从长期变化趋势看,三个指数反映的情况基本接近;在探究省域生态补偿差异时,应以长期的变化趋势作为分析的基础。4通过虚拟基尼系数的计算发现,生态资源的经济价值在中国省域生态补偿差异中起决定性作用,其对省域生态补偿差异的贡献在73%以上;其次是环境污染物治理成本,其贡献率也达到了19%以上;环境污染治理投入对省域生态补偿差异的影响非常小,不足8%。