【摘 要】
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目的 通过癌症基因谱(TCGA)数据库肾透明细胞癌(ccRCC)数据挖掘构建内源竞争RNA(ceRNA)网络,并探讨ceRNA网络在ccRCC中的作用机制.方法 首先在TCGA数据库中下载ccRCC 611例RNA-Seq测序数据和616例miRNA-Seq测序数据,筛选出肿瘤组织和正常肾组织差异表达lncRNA、miRNA和mRNA,利用差异表达RNA构建ccRCC lncRNA-miR-NA-mRNA的ceRNA网络,并对网络中的差异表达RNA进行生存分析.结果 在差异表达ccRCC RNA中发现83
【机 构】
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阜阳市人民医院泌尿外科 236000
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目的 通过癌症基因谱(TCGA)数据库肾透明细胞癌(ccRCC)数据挖掘构建内源竞争RNA(ceRNA)网络,并探讨ceRNA网络在ccRCC中的作用机制.方法 首先在TCGA数据库中下载ccRCC 611例RNA-Seq测序数据和616例miRNA-Seq测序数据,筛选出肿瘤组织和正常肾组织差异表达lncRNA、miRNA和mRNA,利用差异表达RNA构建ccRCC lncRNA-miR-NA-mRNA的ceRNA网络,并对网络中的差异表达RNA进行生存分析.结果 在差异表达ccRCC RNA中发现83种lncRNA与miRNA相关,其中34种与ccRCC的生存期相关;调控网络中miRNA 9种,其中2种miRNA与ccRCC生存期相关;调控网络中靶基因mRNA 17种,其中6种与ccRCC生存期相关.通过构建ceRNA调控网络和2种与ccRCC的生存期相关的miRNA为关键结点的子网络,将子网络中所有RNA进行生存分析发现38种RNA中有22种RNA(57.9％)与ccRCC的生存相关.子网络中hsa-mir-21和hsa-mir-155在肿瘤组织中均为高表达,且生存分析表明其在肿瘤组织中表达越高预后越差.结论 通过对TCGA数据库中ccRCC RNA-Seq和miRNA-Seq测序数据分析,筛选出34种lncRNA、6种mRNA以及2种miRNA与CCRCC的生存期相关,其可作为ccRCC的新候选预后因子.
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