【摘 要】
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目的:采用生物信息学方法探究环状RNA (circRNA)在急性髓细胞白血病(AML)中的差异表达.方法:从美国国家生物信息中心(NCBI)的基因表达综合库(GEO)下载AML的基因芯片数据,利用R语言软件对正常对照及AML样本进行差异分析,然后利用miranda软件和miRTarBase软件对差异表达circRNA、miRNA和mRNA之间的相互作用进行预测.通过Cytoscape插件构建circRNA-miRNA-mRNA关系对相关的ceRNA网络.结果:通过差异分析,最终获得了203个差异表达cir
【机 构】
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南京医科大学附属常州第二人民医院血液科,江苏常州213000;江苏省人民医院(南京医科大学第一附属医院)血液科,江苏南京210029
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目的:采用生物信息学方法探究环状RNA (circRNA)在急性髓细胞白血病(AML)中的差异表达.方法:从美国国家生物信息中心(NCBI)的基因表达综合库(GEO)下载AML的基因芯片数据,利用R语言软件对正常对照及AML样本进行差异分析,然后利用miranda软件和miRTarBase软件对差异表达circRNA、miRNA和mRNA之间的相互作用进行预测.通过Cytoscape插件构建circRNA-miRNA-mRNA关系对相关的ceRNA网络.结果:通过差异分析,最终获得了203个差异表达circRNA,包括161个circRNA下调,42个circRNA上调;通过软件预测构建了circRNA/miRNA/mRNA互相作用网络;通过基因异常表达分析发现,hsa_circ_0001080、hsa_ circ_ 0004511、hsa_circ_0054211、hsa_circ_0001944可能正向调控AML的基因表达.结论:在AML中异常表达circRNA可能成为AML治疗的新靶点.
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