确立多种补偿方式。生态保护是一种具有正外部性的社会经济活动。根据“谁受益谁补偿”的原则，森林生态补偿的主体是受益的部门或群体，包括政府、企业、自然人及其他组织。如果单纯把政府当作生态补偿的主体，其他受益者以及污染制造者没有承担相应的责任，就不利于生态补偿的可持续发展，也不利于提高相关人群乃至整个社会对森林资源和生态环境保护的重视。在实践中应努力实现补偿方式多元化，将政府补偿、市场补偿、社会补偿等有机结合起来，调动全社会参与生态建设的积极性，构建开放的森林生态补偿体系。
　　科学制定补偿标准。我国地域广阔，森林类型、地域因素、造林方式多样，呈现地区不平衡的特点。此外，不同树种、不同林区的抚育成本不同，不同地区群众的发展机会和其他损失也不同。如果采用同一补偿标准，不考虑不同地域的实际情况，将会在一定程度上削弱森林保护者的积极性，导致森林资源得不到及时有效的管理和保护。在补偿标准制定上不能“一刀切”，应考虑不同地域的特殊性，建立多层次补偿机制，科学制定补偿标准，根据不同条件和情况公平合理地分配资金，激发人民群众保护森林资源的积极性。
　　把森林生态补偿与其他补偿结合起来。森林生态补偿不是简单的付费、森林的停伐，而是为提供生态屏障的欠发达地区构筑一个发展平台，促进生态保护与区域经济发展相结合，实现经济发展和生态保护“双赢”。目前，森林生态受偿区一般为贫困地区，这些地区可以通过获得的资金推进生态扶贫。但森林生态补偿不是扶贫的唯一方式，不能单纯依靠生态补偿推进生态扶贫。应创新理念和思路，把森林生态补偿与其他补偿结合起来，采取多种方式方法，建立“造血型”补偿机制，既注重外力帮扶，又注重激发贫困地区内生动力。