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“主体功能区规划即将向全社会公开。”4月6日，国家发改委相关负责人向《财经》记者表示。
从创意、研究到起草、讨论历时八年之后，国务院常务会议终于在2010年6月原则通过《全国主体功能区规划》，实现了中国国土空间规划“零的突破”。六个月后，修改完善后的规划由国务院办公厅发文下发。
至此，作为第一部全国性国土空间开发规划，这项旨在为科学发展观“保驾护航”的重要配套政策终于尘埃落定，被外界视为中国区域发展模式和调控方式的一个重大转变。
上述国家发改委相关负责人表示，主体功能区规划的实施，将极大消解GDP崇拜，在解除地方主政官员GDP绩效考核紧箍咒的同时，亦为“全面、协调、可持续的发展”留足空间。同时亦有权威人士认为，该规划实施前景并不乐观，仍有许多瓶颈待破解。
漫长的酝酿与设计
中国地域广阔，各区域的资源禀赋与发展路径差异巨大。因此，需要决策部门从全局高度统筹调查研究和政策设计，2002年由国家发改委提出的主体功能区规划构想，即属此类。
在全国主体功能区规划编制领导小组办公室主任、国家发改委秘书长杨伟民看来，规划全国的主体功能区，就是要“前瞻性地谋划好我国未来14.5亿人口、上百万亿元的GDP在960万平方公里的陆地国土空间的分布，并与2.8万亿立方米的水资源、18亿亩的耕地以及其他资源相协调，把该开发的区域高效集约地开发好，把该保护的区域切实有效地保护好”。
而在新世纪之初，中国面临新一轮加速工业化、城市化开发热潮，各地规划一改再改，工程摊子越来越大，且往往各自为政，重复浪费和规划冲突巨大。
据杨伟民介绍，时任国家发改委主任马凯提出，中国国土空间的特点是多样性、非均衡性、脆弱性。这就决定了：不是所有的国土空间都适宜大规模高强度的工业化城市化开发，必须遵循自然规律，保护自然，有序开发。同时由于人口众多，以及不适宜工业化城市化开发的面积很大，人均拥有的适宜开发国土空间并不大，必须集约开发。
不是所有国土空间都应承担同样的功能，都要集聚经济和人口，都要推进工业化城市化。因此必须因地制宜，区分功能，分类开发。在杨伟民看来，这是当时国家发改委比较一致的看法，主体功能区规划构想即脱胎于此。
基于2002年的初步构想，由国家发改委主持、国家开发银行提供资助、中国科学院地理科学与资源研究所等机构提供智力支持的主体功能区课题研究，先于2004年启动。
两年后，相关研究成果被写入“十一五”规划纲要：根据资源环境承载能力、现有开发密度和发展潜力，统筹考虑未来我国人口分布、经济布局、国土利用和城镇化格局，将国土空间划分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发四类主体功能区，按照主体功能定位调整完善区域政策和绩效评价，规范空间开发秩序，形成合理的空间开发结构。
其中，“限制”与“禁止”这两个词汇让地方政府，特别是中西部地区政府敏感异常。
由于主体功能区规划制定时间较长，决策层在原则通过主体功能区规划之后的“程序慎重”，以及“十二五”规划制定和全国“两会”召开的客观原因，主体功能区规划未能如期公布，这也引发了舆论的一些“反方向”猜测，有媒体称，主体功能区规划遭受冷遇。
实际上，“十一五”时期的五年间，“主体功能区”一词先后入围十七大政治报告和十七届五中全会文件，中组部和财政部亦根据主体功能区规划精神提前制定了配套文件，主体功能区规划未见后退。众所瞩目的“十二五”规划纲要中，实施主体功能区战略赫然在列。
同样在“十一五”时期的五年间，低碳经济、低碳生活概念渐次推开，地方政府对主体功能区中“限制”与“禁止”的内涵亦逐渐了解，误会逐步消除。主体功能区理念的提出者、国家发改委秘书长杨伟民一度慨叹：由于思维超前，没少挨批。
2011年3月2日至11日，全国“两会”召开之际，国务委员、国务院秘书长马凯亲自安排，主体功能区省部级领导干部学习班在国家行政学院举行，数十位书记、省长亲自聆听了项目组专家的讲解。
据《财经》记者了解，在国家主体功能区规划的基础上，各省规划部门正在加紧编制。重庆市发改委主任杨庆育告诉《财经》记者，重庆是根据国家下达的开发强度（即工业开发占国土面积比重）来制定重庆本地规划的，规划已经制定完毕，正在报国家发改委进行审批。
主体功能区规划的实施，能否如决策部门所期望的那样，极大消解地方政府的GDP崇拜？接受采访的相关人士出言谨慎。
他们认为目前关键的待解难题依然有两个：其一为如何加大对于限制和禁止开发地区的制度性转移支付力度，此外则是如何切实改变对于官员的考评机制。在这两个问题不能解决的前提之下，中央和地方是否能够就实施主体功能区规划形成实质性合力，并不乐观。
国家发改委地区经济司司长范恒山此前曾指出，要在出台全国主体功能区规划的基础上，制定完善财政、投资、产业、土地、人口管理等方面的配套政策，进一步规范空间开发秩序，建立健全规划实施的组织体系和保障机制，推进主体功能区规划顺利实施。
缘起粗放城镇化
主体功能区动议的提出，与工业化城镇化背景密切相关。
据中央农村工作领导小组办公室主任陈锡文回忆，在沿海工业已成规模之后，城镇化进入决策层的视野。彼时，是2000年，陈锡文参与起草的中共中央十五届五中全会决议中，首次出现了“城镇化”一词。
国家发改委发展规划司对这一命题做了初步研究。时任发展规划司司长杨伟民认为，中国大陆当前的工业化与城镇化模式有很大的弊端，其中之一是土地浪费严重，工业园区也罢，农村居民点也罢，莫不如此。
发展规划司于2004年启动的研究证明了上述观点的正确性。课题组曾远赴德国，对这一国土空间开发规划最严谨的国家调研，发现斯图加特市官员对己身有着“过度开发”的判断。彼时，该市开发强度刚刚迈过两位数门槛；反观中国大陆，“很多城市的开发强度都达到了20％－30％”。
课题组同时发现，鲁尔工业区中的企业，在国土开发空间上普遍本着“集约用地”的原则，“企业紧密且有四五层楼高”；而中国大陆的开发区遍地开花，几乎普及到每个县，“企业楼群低矮而空疏”，更有“多处荒芜”。后者对人多地少的中国而言，绝非上策。
另一个让课题组感到棘手的则是资源环境的承载力。调研过程中，三江源、大小兴安岭、滇池、太湖等区域的治理被反复提及。一次在江苏省召开的会议上，时任江苏省委书记李源潮问及杨伟民有关太湖区域治理方略，杨伟民回答：优化开发，产业升级，因为太湖的承载力已到极限。李源潮当场回应：整个江苏都应该优化开发。
一个思路渐渐形成：以环渤海三角地区、长三角、珠三角为代表的特大城市群区域属于优化开发地区，冀中南、太原城市群、呼包鄂榆地区、哈长地区、东陇海地区、江淮地区、海峡西岸经济区、中原经济区、长江中游地区、北部湾地区、成渝地区、黔中地区、滇中地区、藏中南地区、关中—天水地区、兰州—西宁地区、宁夏沿黄经济区、天山北坡地区这18个区域城市群构成重点开发地区。
同时，还将构建“两横三纵”为主体的城市化战略格局，两条横轴为陆桥通道、沿长江通道，三条纵轴为沿海、京哈京广、包昆通道，形成以国家优化开发和重点开发的城市化地区为主要支撑，以轴线上其他城市化地区为重要组成部分的城市化战略格局。
《全国主体功能区规划》分别对优化开发地区和重点开发地区做了功能定位。
前者为：综合实力较强，能体现国家竞争力；经济规模较大，能支撑并带动全国经济发展；城镇体系比较健全，有条件形成具有全球影响力的特大城市群；内在经济联系紧密，区域一体化基础较好；科学技术创新实力较强，能引领并带动全国自主创新和结构升级。
后者为：支撑全国经济增长的重要增长极，落实区域发展总体战略、促进区域协调发展的重要支撑点，全国重要的人口和经济密集区。
“两者均需吸纳人口、就业、落户、社保，尤其是后者，是转移农业人口的主力。”国家发改委相关负责人说，“农业生产的发展，生态区的保护，都离不开人口的转移、减少。”
起初，黔中等地区并未入围重点开发区域名单，在跨行政区域规划的背景下，“喀斯特地貌难有太大发展。”上述负责人称。但是，考虑到每个地区客观上均存在一个政治经济文化中心，黔中等地区遂在地方政府的争取下入围。彼时，一些落后地区省份的目标是：全省至少有一块区域入围重点开发区域。
《全国主体功能区规划》中相关差别化政策为地方政府的这一举动作了注解。例如，在土地政策中，规划这样写道：严格控制优化开发区域建设用地增量，相对适当扩大重点开发区域建设用地规模。
差别化政策的存在，使地方政府在重点开发区域上的认可度极高。但是，国家发改委官员表示，这一政策亦有天花板，规划中规定：未来，全国陆地国土空间的开发强度控制在3.91％（即37.5万平方公里，算法为960万平方公里乘以3.91％），其中城市空间控制在10.65万平方公里以内。
一项配套措施则是：国家级、省级经济技术开发区要率先提高空间利用效率，各类开发区在空间未得到充分利用之前，不得扩大面积。
阻力与博弈
按照课题组的预想，主体功能区的划分目的，在于可持续发展。
在这一理念下，禁止开发区域和限制开发区域的重要性凸显。“毕竟，三江源、大小兴安岭等地区系子孙万代之基，东北平原、黄淮海平原、长江流域等是粮食安全的保证。”国家发改委相关负责人说。
《全国主体功能区规划》对“两屏三带”生态安全战略格局、“七区二十三带”农业战略格局做了具体划分。
前者系以青藏高原生态屏障、黄土高原—川滇生态屏障，东北森林带、北方防沙带和南方丘陵山地带以及大江大河重要水系为骨架，以其他国家重点生态功能区为重要支撑，以点状分布的国家级禁止开发区域为重要组成的生态安全战略格局。
后者系东北平原、黄淮海平原、长江流域、汾渭平原、河套灌区、华南和甘肃新疆等农产品主产区，包括东北平原的优质水稻、专用玉米、大豆和畜产品产业带；黄淮海平原的优质专用小麦、优质棉花、专用玉米、大豆和畜产品产业带等23带。后者和生态保护区一起，构成限制开发区域。
在限制开发区之外，则是生态保护更为彻底的禁止开发区域，其标志性政策之一即是“污染零排放”。按照规划中的定义，禁止开发区是指有代表性的自然生态系统、珍稀濒危野生动物植物物种的天然集中分布地、有特殊价值的自然遗迹所在地和文化遗址等，需要在国土空间开发中禁止进行工业化城镇化开发的重点生态功能区。
规划中称，国家禁止开发区域共1443处，总面积约120万平方公里，占全国陆地国土面积的12.5％。今后新设立的国家级自然保护区、世界文化遗产、国家级风景名胜区、国家森林公园、国家地质公园，自动进入国家禁止开发区域目录。
规划制定过程中，禁止开发区域和限制开发区域，特别是后者所引起的阻力、争议以及博弈，却令主体功能区规划出台延迟日久。
最初，课题组在一些省份调研时，地方主官即明确表达了一定的担忧。例如在贵州省调研期间，无论是贵阳市、安顺市、黔南布依族苗族自治州、都匀市领导，均担心一旦划入限制开发区或禁止开发区，对招商引资会带来极大的负面影响。
彼时的解释和今日的规划，均已清晰地回答了这一疑问。例如，限制开发区域有着如下的注解：限制开发区域包括农产品主产区和生态保护区。
其中，前者以提供农产品为主体功能，以提供生态产品、服务产品和工业品为其他功能，需要在国土空间开发中限制进行大规模高强度工业化城镇化开发，以保持并提高农产品生产能力，从确保国家粮食安全和食物安全的大局出发，重点建设“七区二十三带”为主体的农产品主产区。
“主体功能区绝非只有一项功能。”国家发改委官员称。
国家发改委国土开发与地区经济研究所研究员高国力则指出，限制开发不是限制发展，而恰恰是限制某些应该限制的，才能够让各地的优势产业得到更快发展。“让更多的资源和资金转向优势产业，这个理念是对的。”高国力对《财经》记者说。
规划制定期间，有中央领导提出，能源和矿产规划理应入围。在《全国主体功能区规划》中，这一项被单列一章，而即使是禁止开发区域内，亦可一定的限制条件对能源和矿产资源进行开发，例如执行“零排放”的标准。
座谈中，课题组成员曾多次问及中西部不同地区的官员，以当地之自然条件、生产要素，强行发展工业，是否可以赶得上长三角与珠三角，答复均是不能。课题组成员因此反问，那又何必一定要GDP挂帅？
中西部地方政府更大的疑虑则来自转移支付。他们的担心是，如果GDP卸下“帅印”，转移支付力度不足，则会雪上加霜。
云南省的部分县即选择了退出国家级限制开发区域，转投省级限制开发区域。“但是，更多转变了观念、提高了认识的生态保护地区（限制开发地区）选择了入围国家级规划。”国家发改委相关负责人说。
金融危机之后的第一个财政年度，长白山区的两个生态保护县分别得到了生态保护专项转移支付4800万元和3800万元，约占其本级财政收入的14％和11％，两个县的主官一度“笑得合不拢嘴”。
而湖北神农架地区某县的县委书记和县长进京公出之时，更对国家发改委官员表示，如今财政转移支付的力度，抵得上当地十数年的招商引资力度。
其中的一年，全县招商引资仅有一个项目获得落实，且为本地人返乡投资，财税收入与财政转移支付力度相比，几乎可以忽略不计。当地两位主官称，如今肩上已无发展经济的压力，“只要搞好生态保护和公共服务就行了”。
而在去年下半年曾申请退出全国主体功能区限制开发区域的西南某县，如今已“萌生悔意”。2011年初，该县两位主官进京，探寻“归队”的可能性。
2004年主体功能区规划研究之初，国家发改委发展规划司按照从紧的原则，规划了对限制开发区域和禁止开发区域财政转移支付的人口规模。彼时，这部分人口约为8000万。
“哪曾想后来财政收入增速飞快，2010年突破了8万亿元，地方上申请的积极性大为增强。”发展规划司官员称。按照地方报上来的数据匡算，这部分人口达到了1.2亿。中央部委与地方政府几经磋商，写进规划的数字变成了1.1亿。
机制之变与瓶颈之困
前述国家发改委相关负责人透露，早在金融危机爆发之前，财政部业已根据主体功能区理念，修订了财政转移支付规则，生态保护区转移支付力度骤然加大，生态补偿机制转移支付亦位列其中。
这源于主体功能区中对“限制开发区域”和“禁止开发区域”的差别化财政政策规划：中央财政在均衡性转移支付标准财政支出测算中，将考虑属于地方支出责任范围的生态保护支出项目和自然保护区支出项目，并通过明显提高转移支付系数等方式，加大对重点生态功能区特别是中西部重点生态功能区的均衡性转移支付力度。
鼓励探索建立地区间横向援助机制，生态环境受益地区应采取资金补助、定向援助、对口支援等多种形式，对重点生态功能区因加强生态环境保护造成的利益损失进行补偿。
国家发改委有关人员称，当前，落实较为扎实的差别化政策是财政转移支付，而差别化的投资、产业、土地、农业、人口、民族、环境、应对气候变化政策亦在逐步推进，以求与主体功能区中限制开发区域与禁止开发区域相对应。
在“十二五”规划纲要提出“推进基本公共服务均等化”的基础上，主体功能区规划提出“扣除成本因素后的人均财政支出大体相当，基本公共服务均等化取得重大进展”的目标，较“十二五”规划更进一步。
与上述政策相比，《全国主体功能区规划》第十二章——绩效考核评价的修订，则属于天翻地覆之变（见表）。
2007年十七大之后，因太湖治理会议而深谙主体功能区精髓的时任江苏省委书记李源潮升任中共中央政治局委员、中组部部长。
未几，国家发改委发展规划司即接到来自中组部的电话，要求提供按照主体功能区考核地方官员的细化标准。“后来中组部还专门发了文件，早已部分实行了现在规划中提出的考核评价内容。”国家发改委相关负责人说。
《全国主体功能区规划》第十一章第八节环境政策中这样写道：要按照国际先进水平，实行更加严格的产业准入环境标准。研究开征适用于各类主体功能区的环境税，积极推行绿色信贷、绿色保险、绿色证券等。在应对气候变化政策上，城市化地区要积极发展循环经济，加大能源资源节约和高效利用技术开发和应用力度，建设低碳城市。
“这是一个渐进的过程，落实主体功能区规划的相关政策难以一蹴而就。”国家发改委相关负责人称。
这位长期从事主体功能区规划制定的官员表示，财税体制改革是主体功能区规划能否成功的基础性因素，“这些年大家谈得多了，中央事权少而财权多，地方事权多而财权少；转移支付难以解决全部问题，让地方政府事权与财权更加匹配显然是改革方向。”
而这并非《全国主体功能区规划》之内容。考虑到地方财力不足，在与国土资源部部门会商、与地方政府座谈之后，规划提及土地“三挂钩”政策：探索实行城乡之间用地增减挂钩政策，城镇建设用地的增加规模要与本地区农村建设用地的减少规模挂钩；探索实行城乡之间人地挂钩政策，城镇建设用地的增加规模要与吸纳农村人口进入城市定居的规模挂钩；探索实行地区间人地挂钩的政策，城市化地区建设用地的增加规模要与吸纳外来人口定居的规模挂钩。
此前，成都市统筹委、国土局官员在接受《财经》记者采访时曾算过一笔账：农民获得城镇住房和社保，需要政府为每个农民相应投入10万－15万元。按照理想模式，如将成都600万农民转移出来三分之二，政府得拿出4000亿元－6000亿元，这超出了成都过去10年财政收入总和，显然难以承受。
中国农业科学院国际合作局局长，目前挂职安徽滁州市委常委、副市长的张陆彪对《财经》记者表示：“我总的感觉部门之间不沟通或者不很好沟通，或者中央层面政策规划之间不衔接起来， 到基层执行层面的最终结果很可能成为项目体量、部门强弱与政治把握之间的一种博弈。”
“扩内需，农业人口需要进城落户，以求消费能力激增三倍；生态保护、农业出效益要减人，这都需要财力作为支撑。”国家发改委相关负责人称，“在存量不足的情况下，寻求改革增量的想法自然应运而生。”
规划调研过程中，重庆、成都、嘉兴的“挂钩”政策均受到中央部委嘉许。但是，相关配套保护措施的完善、不同意见的争论，令部分“挂钩”政策暂时被叫停。
“这是一个两难的问题，一方是农民利益被部分侵占；一方是扩内需需要落户、保生态需要减人。翘翘板如何踩下，以及踩下来的时机，都将影响主体功能区的实施力度。”国家发改委官员称。
在这项极大程度上颠覆以往发展思维的规划问题上，决策层采取了非常慎重的态度。2010年6月12日国务院常务会议原则通过《全国主体功能区规划》之后，国务院总理温家宝特别要求，将规划草案再次发给各位省长书记，再征求一轮意见。
在那一轮意见征求过程中，部分身处不同功能区模糊地带的县退出了国家级限制开发区域。温家宝更在办公会上表示，《全国主体功能区规划》要管更长的时间，建议去除“2008－2020”字样。
2010年10月，主题为“十二五”规划建议的十七届五中全会召开，“实施主体功能区战略”被写入决议。“相对于规划，战略的时间维度更长。”高国力表示。
在更长的时间维度下，规划的最后强调要“建立主体功能区规划评估与动态修订机制”。
从创意、研究到起草、讨论历时八年之后，国务院常务会议终于在2010年6月原则通过《全国主体功能区规划》，实现了中国国土空间规划“零的突破”。六个月后，修改完善后的规划由国务院办公厅发文下发。
至此，作为第一部全国性国土空间开发规划，这项旨在为科学发展观“保驾护航”的重要配套政策终于尘埃落定，被外界视为中国区域发展模式和调控方式的一个重大转变。
上述国家发改委相关负责人表示，主体功能区规划的实施，将极大消解GDP崇拜，在解除地方主政官员GDP绩效考核紧箍咒的同时，亦为“全面、协调、可持续的发展”留足空间。同时亦有权威人士认为，该规划实施前景并不乐观，仍有许多瓶颈待破解。
漫长的酝酿与设计
中国地域广阔，各区域的资源禀赋与发展路径差异巨大。因此，需要决策部门从全局高度统筹调查研究和政策设计，2002年由国家发改委提出的主体功能区规划构想，即属此类。
在全国主体功能区规划编制领导小组办公室主任、国家发改委秘书长杨伟民看来，规划全国的主体功能区，就是要“前瞻性地谋划好我国未来14.5亿人口、上百万亿元的GDP在960万平方公里的陆地国土空间的分布，并与2.8万亿立方米的水资源、18亿亩的耕地以及其他资源相协调，把该开发的区域高效集约地开发好，把该保护的区域切实有效地保护好”。
而在新世纪之初，中国面临新一轮加速工业化、城市化开发热潮，各地规划一改再改，工程摊子越来越大，且往往各自为政，重复浪费和规划冲突巨大。
据杨伟民介绍，时任国家发改委主任马凯提出，中国国土空间的特点是多样性、非均衡性、脆弱性。这就决定了：不是所有的国土空间都适宜大规模高强度的工业化城市化开发，必须遵循自然规律，保护自然，有序开发。同时由于人口众多，以及不适宜工业化城市化开发的面积很大，人均拥有的适宜开发国土空间并不大，必须集约开发。
不是所有国土空间都应承担同样的功能，都要集聚经济和人口，都要推进工业化城市化。因此必须因地制宜，区分功能，分类开发。在杨伟民看来，这是当时国家发改委比较一致的看法，主体功能区规划构想即脱胎于此。
基于2002年的初步构想，由国家发改委主持、国家开发银行提供资助、中国科学院地理科学与资源研究所等机构提供智力支持的主体功能区课题研究，先于2004年启动。
两年后，相关研究成果被写入“十一五”规划纲要：根据资源环境承载能力、现有开发密度和发展潜力，统筹考虑未来我国人口分布、经济布局、国土利用和城镇化格局，将国土空间划分为优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发四类主体功能区，按照主体功能定位调整完善区域政策和绩效评价，规范空间开发秩序，形成合理的空间开发结构。
其中，“限制”与“禁止”这两个词汇让地方政府，特别是中西部地区政府敏感异常。
由于主体功能区规划制定时间较长，决策层在原则通过主体功能区规划之后的“程序慎重”，以及“十二五”规划制定和全国“两会”召开的客观原因，主体功能区规划未能如期公布，这也引发了舆论的一些“反方向”猜测，有媒体称，主体功能区规划遭受冷遇。
实际上，“十一五”时期的五年间，“主体功能区”一词先后入围十七大政治报告和十七届五中全会文件，中组部和财政部亦根据主体功能区规划精神提前制定了配套文件，主体功能区规划未见后退。众所瞩目的“十二五”规划纲要中，实施主体功能区战略赫然在列。
同样在“十一五”时期的五年间，低碳经济、低碳生活概念渐次推开，地方政府对主体功能区中“限制”与“禁止”的内涵亦逐渐了解，误会逐步消除。主体功能区理念的提出者、国家发改委秘书长杨伟民一度慨叹：由于思维超前，没少挨批。
2011年3月2日至11日，全国“两会”召开之际，国务委员、国务院秘书长马凯亲自安排，主体功能区省部级领导干部学习班在国家行政学院举行，数十位书记、省长亲自聆听了项目组专家的讲解。
据《财经》记者了解，在国家主体功能区规划的基础上，各省规划部门正在加紧编制。重庆市发改委主任杨庆育告诉《财经》记者，重庆是根据国家下达的开发强度（即工业开发占国土面积比重）来制定重庆本地规划的，规划已经制定完毕，正在报国家发改委进行审批。
主体功能区规划的实施，能否如决策部门所期望的那样，极大消解地方政府的GDP崇拜？接受采访的相关人士出言谨慎。
他们认为目前关键的待解难题依然有两个：其一为如何加大对于限制和禁止开发地区的制度性转移支付力度，此外则是如何切实改变对于官员的考评机制。在这两个问题不能解决的前提之下，中央和地方是否能够就实施主体功能区规划形成实质性合力，并不乐观。
国家发改委地区经济司司长范恒山此前曾指出，要在出台全国主体功能区规划的基础上，制定完善财政、投资、产业、土地、人口管理等方面的配套政策，进一步规范空间开发秩序，建立健全规划实施的组织体系和保障机制，推进主体功能区规划顺利实施。
缘起粗放城镇化
主体功能区动议的提出，与工业化城镇化背景密切相关。
据中央农村工作领导小组办公室主任陈锡文回忆，在沿海工业已成规模之后，城镇化进入决策层的视野。彼时，是2000年，陈锡文参与起草的中共中央十五届五中全会决议中，首次出现了“城镇化”一词。
国家发改委发展规划司对这一命题做了初步研究。时任发展规划司司长杨伟民认为，中国大陆当前的工业化与城镇化模式有很大的弊端，其中之一是土地浪费严重，工业园区也罢，农村居民点也罢，莫不如此。
发展规划司于2004年启动的研究证明了上述观点的正确性。课题组曾远赴德国，对这一国土空间开发规划最严谨的国家调研，发现斯图加特市官员对己身有着“过度开发”的判断。彼时，该市开发强度刚刚迈过两位数门槛；反观中国大陆，“很多城市的开发强度都达到了20％－30％”。
课题组同时发现，鲁尔工业区中的企业，在国土开发空间上普遍本着“集约用地”的原则，“企业紧密且有四五层楼高”；而中国大陆的开发区遍地开花，几乎普及到每个县，“企业楼群低矮而空疏”，更有“多处荒芜”。后者对人多地少的中国而言，绝非上策。
另一个让课题组感到棘手的则是资源环境的承载力。调研过程中，三江源、大小兴安岭、滇池、太湖等区域的治理被反复提及。一次在江苏省召开的会议上，时任江苏省委书记李源潮问及杨伟民有关太湖区域治理方略，杨伟民回答：优化开发，产业升级，因为太湖的承载力已到极限。李源潮当场回应：整个江苏都应该优化开发。
一个思路渐渐形成：以环渤海三角地区、长三角、珠三角为代表的特大城市群区域属于优化开发地区，冀中南、太原城市群、呼包鄂榆地区、哈长地区、东陇海地区、江淮地区、海峡西岸经济区、中原经济区、长江中游地区、北部湾地区、成渝地区、黔中地区、滇中地区、藏中南地区、关中—天水地区、兰州—西宁地区、宁夏沿黄经济区、天山北坡地区这18个区域城市群构成重点开发地区。
同时，还将构建“两横三纵”为主体的城市化战略格局，两条横轴为陆桥通道、沿长江通道，三条纵轴为沿海、京哈京广、包昆通道，形成以国家优化开发和重点开发的城市化地区为主要支撑，以轴线上其他城市化地区为重要组成部分的城市化战略格局。
《全国主体功能区规划》分别对优化开发地区和重点开发地区做了功能定位。
前者为：综合实力较强，能体现国家竞争力；经济规模较大，能支撑并带动全国经济发展；城镇体系比较健全，有条件形成具有全球影响力的特大城市群；内在经济联系紧密，区域一体化基础较好；科学技术创新实力较强，能引领并带动全国自主创新和结构升级。
后者为：支撑全国经济增长的重要增长极，落实区域发展总体战略、促进区域协调发展的重要支撑点，全国重要的人口和经济密集区。
“两者均需吸纳人口、就业、落户、社保，尤其是后者，是转移农业人口的主力。”国家发改委相关负责人说，“农业生产的发展，生态区的保护，都离不开人口的转移、减少。”
起初，黔中等地区并未入围重点开发区域名单，在跨行政区域规划的背景下，“喀斯特地貌难有太大发展。”上述负责人称。但是，考虑到每个地区客观上均存在一个政治经济文化中心，黔中等地区遂在地方政府的争取下入围。彼时，一些落后地区省份的目标是：全省至少有一块区域入围重点开发区域。
《全国主体功能区规划》中相关差别化政策为地方政府的这一举动作了注解。例如，在土地政策中，规划这样写道：严格控制优化开发区域建设用地增量，相对适当扩大重点开发区域建设用地规模。
差别化政策的存在，使地方政府在重点开发区域上的认可度极高。但是，国家发改委官员表示，这一政策亦有天花板，规划中规定：未来，全国陆地国土空间的开发强度控制在3.91％（即37.5万平方公里，算法为960万平方公里乘以3.91％），其中城市空间控制在10.65万平方公里以内。
一项配套措施则是：国家级、省级经济技术开发区要率先提高空间利用效率，各类开发区在空间未得到充分利用之前，不得扩大面积。
阻力与博弈
按照课题组的预想，主体功能区的划分目的，在于可持续发展。
在这一理念下，禁止开发区域和限制开发区域的重要性凸显。“毕竟，三江源、大小兴安岭等地区系子孙万代之基，东北平原、黄淮海平原、长江流域等是粮食安全的保证。”国家发改委相关负责人说。
《全国主体功能区规划》对“两屏三带”生态安全战略格局、“七区二十三带”农业战略格局做了具体划分。
前者系以青藏高原生态屏障、黄土高原—川滇生态屏障，东北森林带、北方防沙带和南方丘陵山地带以及大江大河重要水系为骨架，以其他国家重点生态功能区为重要支撑，以点状分布的国家级禁止开发区域为重要组成的生态安全战略格局。
后者系东北平原、黄淮海平原、长江流域、汾渭平原、河套灌区、华南和甘肃新疆等农产品主产区，包括东北平原的优质水稻、专用玉米、大豆和畜产品产业带；黄淮海平原的优质专用小麦、优质棉花、专用玉米、大豆和畜产品产业带等23带。后者和生态保护区一起，构成限制开发区域。
在限制开发区之外，则是生态保护更为彻底的禁止开发区域，其标志性政策之一即是“污染零排放”。按照规划中的定义，禁止开发区是指有代表性的自然生态系统、珍稀濒危野生动物植物物种的天然集中分布地、有特殊价值的自然遗迹所在地和文化遗址等，需要在国土空间开发中禁止进行工业化城镇化开发的重点生态功能区。
规划中称，国家禁止开发区域共1443处，总面积约120万平方公里，占全国陆地国土面积的12.5％。今后新设立的国家级自然保护区、世界文化遗产、国家级风景名胜区、国家森林公园、国家地质公园，自动进入国家禁止开发区域目录。
规划制定过程中，禁止开发区域和限制开发区域，特别是后者所引起的阻力、争议以及博弈，却令主体功能区规划出台延迟日久。
最初，课题组在一些省份调研时，地方主官即明确表达了一定的担忧。例如在贵州省调研期间，无论是贵阳市、安顺市、黔南布依族苗族自治州、都匀市领导，均担心一旦划入限制开发区或禁止开发区，对招商引资会带来极大的负面影响。
彼时的解释和今日的规划，均已清晰地回答了这一疑问。例如，限制开发区域有着如下的注解：限制开发区域包括农产品主产区和生态保护区。
其中，前者以提供农产品为主体功能，以提供生态产品、服务产品和工业品为其他功能，需要在国土空间开发中限制进行大规模高强度工业化城镇化开发，以保持并提高农产品生产能力，从确保国家粮食安全和食物安全的大局出发，重点建设“七区二十三带”为主体的农产品主产区。
“主体功能区绝非只有一项功能。”国家发改委官员称。
国家发改委国土开发与地区经济研究所研究员高国力则指出，限制开发不是限制发展，而恰恰是限制某些应该限制的，才能够让各地的优势产业得到更快发展。“让更多的资源和资金转向优势产业，这个理念是对的。”高国力对《财经》记者说。
规划制定期间，有中央领导提出，能源和矿产规划理应入围。在《全国主体功能区规划》中，这一项被单列一章，而即使是禁止开发区域内，亦可一定的限制条件对能源和矿产资源进行开发，例如执行“零排放”的标准。
座谈中，课题组成员曾多次问及中西部不同地区的官员，以当地之自然条件、生产要素，强行发展工业，是否可以赶得上长三角与珠三角，答复均是不能。课题组成员因此反问，那又何必一定要GDP挂帅？
中西部地方政府更大的疑虑则来自转移支付。他们的担心是，如果GDP卸下“帅印”，转移支付力度不足，则会雪上加霜。
云南省的部分县即选择了退出国家级限制开发区域，转投省级限制开发区域。“但是，更多转变了观念、提高了认识的生态保护地区（限制开发地区）选择了入围国家级规划。”国家发改委相关负责人说。
金融危机之后的第一个财政年度，长白山区的两个生态保护县分别得到了生态保护专项转移支付4800万元和3800万元，约占其本级财政收入的14％和11％，两个县的主官一度“笑得合不拢嘴”。
而湖北神农架地区某县的县委书记和县长进京公出之时，更对国家发改委官员表示，如今财政转移支付的力度，抵得上当地十数年的招商引资力度。
其中的一年，全县招商引资仅有一个项目获得落实，且为本地人返乡投资，财税收入与财政转移支付力度相比，几乎可以忽略不计。当地两位主官称，如今肩上已无发展经济的压力，“只要搞好生态保护和公共服务就行了”。
而在去年下半年曾申请退出全国主体功能区限制开发区域的西南某县，如今已“萌生悔意”。2011年初，该县两位主官进京，探寻“归队”的可能性。
2004年主体功能区规划研究之初，国家发改委发展规划司按照从紧的原则，规划了对限制开发区域和禁止开发区域财政转移支付的人口规模。彼时，这部分人口约为8000万。
“哪曾想后来财政收入增速飞快，2010年突破了8万亿元，地方上申请的积极性大为增强。”发展规划司官员称。按照地方报上来的数据匡算，这部分人口达到了1.2亿。中央部委与地方政府几经磋商，写进规划的数字变成了1.1亿。
机制之变与瓶颈之困
前述国家发改委相关负责人透露，早在金融危机爆发之前，财政部业已根据主体功能区理念，修订了财政转移支付规则，生态保护区转移支付力度骤然加大，生态补偿机制转移支付亦位列其中。
这源于主体功能区中对“限制开发区域”和“禁止开发区域”的差别化财政政策规划：中央财政在均衡性转移支付标准财政支出测算中，将考虑属于地方支出责任范围的生态保护支出项目和自然保护区支出项目，并通过明显提高转移支付系数等方式，加大对重点生态功能区特别是中西部重点生态功能区的均衡性转移支付力度。
鼓励探索建立地区间横向援助机制，生态环境受益地区应采取资金补助、定向援助、对口支援等多种形式，对重点生态功能区因加强生态环境保护造成的利益损失进行补偿。
国家发改委有关人员称，当前，落实较为扎实的差别化政策是财政转移支付，而差别化的投资、产业、土地、农业、人口、民族、环境、应对气候变化政策亦在逐步推进，以求与主体功能区中限制开发区域与禁止开发区域相对应。
在“十二五”规划纲要提出“推进基本公共服务均等化”的基础上，主体功能区规划提出“扣除成本因素后的人均财政支出大体相当，基本公共服务均等化取得重大进展”的目标，较“十二五”规划更进一步。
与上述政策相比，《全国主体功能区规划》第十二章——绩效考核评价的修订，则属于天翻地覆之变（见表）。
2007年十七大之后，因太湖治理会议而深谙主体功能区精髓的时任江苏省委书记李源潮升任中共中央政治局委员、中组部部长。
未几，国家发改委发展规划司即接到来自中组部的电话，要求提供按照主体功能区考核地方官员的细化标准。“后来中组部还专门发了文件，早已部分实行了现在规划中提出的考核评价内容。”国家发改委相关负责人说。
《全国主体功能区规划》第十一章第八节环境政策中这样写道：要按照国际先进水平，实行更加严格的产业准入环境标准。研究开征适用于各类主体功能区的环境税，积极推行绿色信贷、绿色保险、绿色证券等。在应对气候变化政策上，城市化地区要积极发展循环经济，加大能源资源节约和高效利用技术开发和应用力度，建设低碳城市。
“这是一个渐进的过程，落实主体功能区规划的相关政策难以一蹴而就。”国家发改委相关负责人称。
这位长期从事主体功能区规划制定的官员表示，财税体制改革是主体功能区规划能否成功的基础性因素，“这些年大家谈得多了，中央事权少而财权多，地方事权多而财权少；转移支付难以解决全部问题，让地方政府事权与财权更加匹配显然是改革方向。”
而这并非《全国主体功能区规划》之内容。考虑到地方财力不足，在与国土资源部部门会商、与地方政府座谈之后，规划提及土地“三挂钩”政策：探索实行城乡之间用地增减挂钩政策，城镇建设用地的增加规模要与本地区农村建设用地的减少规模挂钩；探索实行城乡之间人地挂钩政策，城镇建设用地的增加规模要与吸纳农村人口进入城市定居的规模挂钩；探索实行地区间人地挂钩的政策，城市化地区建设用地的增加规模要与吸纳外来人口定居的规模挂钩。
此前，成都市统筹委、国土局官员在接受《财经》记者采访时曾算过一笔账：农民获得城镇住房和社保，需要政府为每个农民相应投入10万－15万元。按照理想模式，如将成都600万农民转移出来三分之二，政府得拿出4000亿元－6000亿元，这超出了成都过去10年财政收入总和，显然难以承受。
中国农业科学院国际合作局局长，目前挂职安徽滁州市委常委、副市长的张陆彪对《财经》记者表示：“我总的感觉部门之间不沟通或者不很好沟通，或者中央层面政策规划之间不衔接起来， 到基层执行层面的最终结果很可能成为项目体量、部门强弱与政治把握之间的一种博弈。”
“扩内需，农业人口需要进城落户，以求消费能力激增三倍；生态保护、农业出效益要减人，这都需要财力作为支撑。”国家发改委相关负责人称，“在存量不足的情况下，寻求改革增量的想法自然应运而生。”
规划调研过程中，重庆、成都、嘉兴的“挂钩”政策均受到中央部委嘉许。但是，相关配套保护措施的完善、不同意见的争论，令部分“挂钩”政策暂时被叫停。
“这是一个两难的问题，一方是农民利益被部分侵占；一方是扩内需需要落户、保生态需要减人。翘翘板如何踩下，以及踩下来的时机，都将影响主体功能区的实施力度。”国家发改委官员称。
在这项极大程度上颠覆以往发展思维的规划问题上，决策层采取了非常慎重的态度。2010年6月12日国务院常务会议原则通过《全国主体功能区规划》之后，国务院总理温家宝特别要求，将规划草案再次发给各位省长书记，再征求一轮意见。
在那一轮意见征求过程中，部分身处不同功能区模糊地带的县退出了国家级限制开发区域。温家宝更在办公会上表示，《全国主体功能区规划》要管更长的时间，建议去除“2008－2020”字样。
2010年10月，主题为“十二五”规划建议的十七届五中全会召开，“实施主体功能区战略”被写入决议。“相对于规划，战略的时间维度更长。”高国力表示。
在更长的时间维度下，规划的最后强调要“建立主体功能区规划评估与动态修订机制”。