钱邦芑在崇祯时考取秀才。明绍宗隆武元年（即清顺治二年、1645年）入选贡生。中书、上书召对，因上书隆武帝，弹劾陈谦，受到隆武帝赏识而授监察御史。
　　南明永历元年（1647年），钱邦芑到广东去见永历帝朱由榔，仍用为监察御史，巡按四川。钱邦芑上任后，联络川中明将，共同抗敌，在他指挥下，平定全川，因此晋升为右签都御史。他上疏力助湖广巡抚堵胤锡招安了李自成部下李锦、高一功三十万人的兵力。
　　李、高二人的下属楚宗人、朱容藩得授总督川东兵马，由楚进入四川。不久，钱邦芑发现朱容藩私赃狼籍，不守臣节，伪造印信，图谋不轨。立即两度上书弹劾，并发表檄文，号召各路总督兵马共诛叛逆。朱容藩兵败身亡。朝廷命令钱邦芑兼任巡黔总兵，招安孙可望。钱邦芑联合川南总督杨乔等人多方周旋调解，使云贵川大部分地区归属南明政权并趋于稳定。
　　永历七年（1653年），南明贵州军政被孙可望吞并把持。钱邦芑对孙可望心生厌恶，毅然辞去官职回江苏老家。路过余庆松烟镇蒲村时，去拜见同朝好友郑逢元，在郑逢元的极力劝说和挽留下隐居蒲村，以图日后择机东山再起。
　　此时，孙可望野心膨胀，想要称王建政，欲招慕南明重臣为其谋策，知钱邦芑的才能和影响，连续13次派出使者邀请钱邦芑去做官，都被他打发走了。孙可望怒不可遏，封刀交付使者说：“钱邦芑若是听命来归，自有好官好爵对待，如其依然顽固抗命，即用这把刀把他的头割下带来见我！”可是钱邦芑巍然自如，不为所动。
　　钱邦芑为避免孙可望无尽的纠缠而离开蒲村，到崇祯年间的贵州总兵王国祯在修文县所建的潮水寺削发为僧。出家后取法名大错，字他山，改居宅为“大错庵”，从此隐居僻处，纵情山水之间，潜心以诗文自娱。
　　不久后，钱邦芑又回到湄潭县西来奄，隐居僻处。孙可望得知此消息后，急令人送信力劝。钱邦芑回诗答道：“破衲蒲团伴此生，相逢谁不讯孤臣？也知官爵多荣显，至恐田横笑杀人。”孙可望见诗后勃然大怒，立即派人前往捉拿钱邦芑，将他囚禁于贵阳大兴寺中。
　　永历十一年（即清顺治十四年、1657年），永历帝迁往云南昆明。钱邦芑仍被关押在贵阳大兴寺中，恰好因为这次囚禁，使钱邦芑得到了安排剿灭孙可望大计的机会。
　　一天，被挟制到孙可望处的南明兵部尚书程源、都察院郑逢元来看望钱邦芑。他知道二人都是忠于南明的，便向他们陈述了剿灭孙可望的方略：“今马宝、马进忠、马维兴三人虽隶可望麾下，然皆朝廷旧勋臣，受国恩颇重；彼曾与我言及此事，彼自愤恨，欲图报朝廷而无路也。至于可望标下，惟白文选有心朝廷；我曾与之私誓，决不相负。可望率兵入滇，必用此数人为将，倘得从中用计，图可望如反掌耳。今被幽禁在此，烦二公可为致意之！”于是，程源便与白文选密商。白文选说：“我矢心不负朝廷，只恐力难济事”程源、郑逢元即私见马宝，定下行事方案。
　　八月，孙可望果然兴兵十四万入滇。九月，与李定国激战于交水，马宝、马进忠、马维兴、白文选等阵前反戈，孙可望猝不及防，大败。仅剩五十骑逃回贵阳，气急败坏之下，逃亡湖南长沙，投奔了清政府。十一月，永历帝召程源、郑逢元、万年策、刘泌、钱邦芑等入朝，授钱邦芑左都御史兼掌巡抚云南，郑逢元调任吏部尚书。
　　永历十三年（1659年），吴三桂率清兵大举进攻贵州、云南。三月，抵云南姚安。经过孙可望与李定国的内部混战，永历朝臣已再无斗志，军队更加溃不成军，见到清军即投降弃兵。清军一路顺畅，直逼昆明。
　　顺治十六年（1659年），清兵占据昆明全境，南明朝廷已无退路，被迫出国境向缅甸逃窜，永历小朝廷终告失敗。在奔缅甸途中，君臣相失，钱邦芑迷路进至腾越，又遇清兵四处搜捕。他失望之余只得隐入云南鸡足山继续为僧。清康熙元年（1662年）四月，吴三桂将被缅甸政府出卖归国的永历帝绞杀于昆明，明朝全亡。钱邦芑得知消息，痛哭三天，离开鸡足山，告别永历帝的亡灵，出滇回黔。钱邦芑回到余庆后与侄儿钱点又隐居他山。不久，移居瓮安草塘后岩观。
　　康熙三年（1664年），钱邦芑离开余庆前往武昌。不久又由武昌转至湘潭，于南岳衡山修行。康熙九年（1670年），永州太守刘道慕其名，专程邀请编修郡志。宝庆（今邵阳）太守李益阳也聘请钱邦芑续修郡志。十二年（1673年），钱邦芑与侄子钱点相会，聚二月，病殁于湖南宝庆，终年74岁。钱点遵守遗命，用明朝的幅巾方袍裹尸入土，将其柩葬于南岳山下集贤书院后。