【摘 要】
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在转录组基础上批量开发地黄特异EST-SSR标记序列,同时通过优化DNA模板浓度、引物浓度、dNTP浓度、Taq酶浓度,结合正交优化试验建立地黄EST-SSR的PCR最佳扩增体系,为进一步鉴
【机 构】
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福建农林大学中药材GAP研究所,河南工业大学中药材研究所,河南农业大学生命科学学院
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在转录组基础上批量开发地黄特异EST-SSR标记序列,同时通过优化DNA模板浓度、引物浓度、dNTP浓度、Taq酶浓度,结合正交优化试验建立地黄EST-SSR的PCR最佳扩增体系,为进一步鉴定和开发地黄多态性SSR提供重要的基础资料。结果表明:在地黄87665条转录本序列中,共筛选了1812条不小于18bp的SSR序列,其中二核苷酸数量最多,共有721个(70.8%),其次为三核苷酸和六核苷酸,分别有486、578个。而在所有SSR类型中AG/CT(457个)为最多的重复类型,其次为AC/GT(256个)。EST-SSR体系优化结果表明:最佳反应体系为15μL体系中含80ng模板DNA、0.1μmol/L引物、150μmol/Ld NTPs和1.5U TaqDNA聚合酶,在退火温度55℃进行30个循环。
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