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采用免培养的rpoB和16SrDNA基因的变性梯度凝胶电泳技术（DGGE）对3种山羊（波尔山羊，内蒙古绒山羊，四川南江黄羊）瘤胃细菌优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示rpoBDGGE图谱中条带数目少于16SrDNA图谱，并且条带分离效果明显，更有利于分析瘤胃细菌群落组成。从两种DGGE图谱中均可以发现3种山羊瘤胃细菌具有一定的相似性，种内个体间相似性明显高于种间相似性，这说明寄主品种是影响瘤胃细菌种群构成的一个重要因素。同时进行了部分优势细菌16SrDNA基因v6-v8区序列的系统发育分析。基因序列