【摘 要】
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为了评价两种不同DNA提取方法引起的鲤鱼肠道菌群结构分析偏差.本研究分别以氧化锆珠破壁法(ZBC)和使用QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit试剂盒法(QIA)3次重复提取鲤鱼肠道总D
【机 构】
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天津农学院水产学院,天津市水产生态及养殖重点实验室,天津,300384
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为了评价两种不同DNA提取方法引起的鲤鱼肠道菌群结构分析偏差.本研究分别以氧化锆珠破壁法(ZBC)和使用QIAamp Fast DNA Stool Mini Kit试剂盒法(QIA)3次重复提取鲤鱼肠道总DNA,检测DNA含量、纯度,进一步采用Illumina HiSeq测序平台,利用高通量测序技术处理,来比较分析QIA组和ZBC组的菌群种类和结构偏差.结果 表明,从QIA和ZBC样品分别获得(67 045±10 777.22)条和(79 041±.8 168.68)条有效序列,QIA组样品OTU (Operational taxonomic unit)数量和Shannon多样性指数均显著高于ZBC组,且QIA组样品间OTU重复性优于ZBC组样品间.鲤鱼肠道菌群在门水平上排名前十的有:变形菌门(Proteobacteria),梭杆菌门(Fusobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),厚壁菌门(Firmicutes),放线菌门(Actinobacteria),芽单胞菌门(Gemmatimonadetes),绿弯菌门(Chloroflexi),浮霉菌门(Planctomycetes),异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-thermus)和疣微菌门(Verrucomicrobia).分析得到ZBC法提取到的DNA浓度高,特有的OTU数目多;QIA法的测序结果稳定,菌群多样性和物种丰富度均较高.高通量测序结果表明两种方法提取鲤鱼肠道微生物DNA,其菌群多样性存在偏差,但两种方法均能有效提取到鲤鱼肠道DNA,可为鲤鱼肠道菌群的研究提供参考.
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