在金溥聰積極奔走、黃敏惠兩度婉拒下，馬英九最終選擇與吳敦義搭檔，代表國民黨征戰2012年大選。對吳敦義的出線，政壇人士雖不意外，但成局過程卻暗潮洶湧，表明國民黨內部整合出現難以彌縫的問題。
　　據國民黨高層人士指出，馬英九決定副手人選的過程，全然是黑箱作業，聽憑金溥聰居中穿梭，沒有徵詢部分大老意見。上從連戰、蕭萬長、王金平、宋楚瑜，下至副主席江丙坤、蔣孝嚴、台北市長郝龍斌、新北市長朱立倫、台中市長胡志強等人，於馬吳配成局前均未與聞決策，待定案時連戰等人才間接得知吳敦義將「帶職參選」，令藍營大老對馬英九決策風格頗不諒解。
　　其次是，馬英九在選副手過程，竟然不與蕭萬長磋商。趁蕭擔任特使出訪巴拉圭過境紐約時，於台北大搞「馬吳配」成局消息，使遠在海外的蕭萬長被問及此事時，處境相當尷尬。此舉看在大老眼裏，無不對馬態度保留。再者，當馬吳配傳言甚囂塵上時，馬曾二度徵詢嘉義市長黃敏惠意願，詎料經黃氏家族開會討論後，認為黃資歷尚淺，若直接躍至馬的副手，易成黨內箭靶，對黃的仕途未必有利，黃因而婉拒馬的好意。消息傳出，曾令吳敦義驚出一身冷汗，表明馬瞻前顧後的選戰佈局，均是少數決策，從未顧及大老們的存在。從蕭的反彈、黃的婉拒、大老的不滿到地方派系的觀望，使馬吳深感選戰氛圍詭譎多變，為確切掌握地方派系票源，完成從上到下的一條鞭選戰指揮體系，經金溥聰運作，一定要吳敦義帶職參選，意圖運用執政優勢，以收買派系為馬英九所用。其具體做法是，為順利收編派系，吳挾龐大行政資源，誘勸中南部地方實力派領袖出馬為國民黨而戰，尤其在中南部15個艱困選區，若派系領袖主動請纓，勝則當選，敗則入閣，以此優渥條件，勸誘派系為馬吳抬轎，企圖將國民黨執政與派系利益綁在一起。然而，這套如意算盤，派系領袖似乎不領情，反而是坐山觀虎鬥，目的是等馬吳徵召，唯有採取徵召，馬政權才會撥選戰專款供派系運用。確切地說，馬吳要票、派系要錢，類似這種合作模式，對政治一向缺乏安全感的馬吳而言，則是另類挑戰。因為馬吳深知，能說動這些地方派系人物的不是金溥聰、吳敦義，而是連戰、王金平等人，由於連王等人是馬金吳選戰體制外的邊緣人，要連、王等人出面，必然會切割鐵三角的權力，除非馬金吳讓步，請連、王等人參與決策，否則問題難解。面對即將到來的選戰壓力，地方派系實力人物如許舒博、翁重鈞、王昱婷、高思博等人已表達罷戰立場，而三大諸侯郝龍斌、朱立倫、胡志強又未必認同馬金吳體制，使馬金吳選戰在內有大老不滿，外有派系抵制情勢下，能否贏得勝選令藍營頗為憂慮。相對於馬金吳的困境，民進黨蔡英文也不遑多讓。由於民進黨中央選戰指揮權已落入扁、謝、新三大派系之手，故而，蔡英文選任副手，須視派系妥協而定。受制於派系，蔡第一道難題，就是副手人選無法向外徵召，必須從黨內選拔，令蔡頗為無奈。至於民意代表提名部分，由謝長廷擔任提名小組召集人，遲遲喬不攏規劃人選，逼令蘇貞昌完全放空，欲擠進核心卻不可得。在此情勢牽引下，民進黨內已傳出「清黨」之聲，這對蔡選戰佈局顯然有不利影響。於此暗示蔡既不能當家作主，民進黨選戰主軸自然會向立委選戰傾斜，到時扁謝新派系三足鼎立，蔡頓時成為選戰玩偶，反而便宜馬吳二人。為扭轉不利形勢，蔡很想出其不意地在副手人選上作文章，先求統合派系，再循序平衡派系，以此與馬吳一決雌雄。然而，蔡的期盼能否實現？須視蘇謝對決結果而定，其中變化值得外界的觀察。