杜氏/贝氏肌营养不良症433个家系的基因突变分析

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目的

对无亲缘关系的杜氏/贝氏肌营养不良症(DMD/BMD)家系进行DMD基因突变分析,探讨DMD基因突变特点,并主要阐明DMD基因点突变在中国汉族人群中的分布模式。

方法

在2010年3月至2014年12月郑州大学第一附属医院收集的433个无亲缘关系的中国汉族DMD/BMD家系中,首先应用多重连接依赖性探针扩增(MLPA)技术对DMD/BMD家系进行DMD基因79个外显子进行缺失或重复的分析;应用PCR扩增技术针对MLPA单个外显子缺失的样本排除MLPA假阳性;对应用MLPA技术已排除DMD基因大片段缺失和重复的117个家系中的先证者,应用二代测序(NGS)技术对DMD基因79个外显子进行点突变分析,应用Sanger测序对点突变进一步验证。

结果

在433个无亲缘关系的中国汉族DMD/BMD家系中,应用MLPA技术在316个家系中检测到DMD基因存在外显子大片段缺失和重复突变;其中MLPA检测的57单个外显子缺失样本,应用PCR扩增技术和Sanger测序发现3个新的点突变包括:2个无义突变c.1729G>T[p.Glu577X]、c.3346A>T[p.Lys1116X]和1个移码突变c.8605_8606delGT[p.Val2869ThrfsX25]。应用NGS(Ion PGM高通量平台)和Sanger测序在117个MLPA阴性结果家系对DMD基因进行直接测序,在96个家系中检测到DMD基因92个不同点突变,包括46个新突变、42个已知致病突变和4个可疑多态位点(rs189143447、rs202008454、rs200213555、rs187617705)。46个新突变包括16个无义突变(c.100A>T [p.Lys34X]、c.1201C>T [p.Gln401X]、c.1707C>A [p.Cys569X]、c.1831G>T [p.Glu611X]、c.1912C>T [p.Gln638X]、c.2213C>G [p.Ser738X]、c.3673_3673delA [p.Ile1225X]、c.3774C>A [p.Cys1258X]、c.4858G>T [p.Glu1620X]、c.5764A>T [p.Lys1922X]、c.6035T>G [p.Leu2012X]、c.6408G>A [p.Trp2136X]、c.7717C>T [p.Gln2573X]、c.7864G>T [p.Glu2622X]、c.8184_8185insT [p.Lys2729X]、c.8215C>T [p.Gln2739X]),5个错义突变(c.139G>A [p.Gly47Arg]、c.238G>C [p.Ala80Pro]、c.335G>T [p.Trp112Leu]、c.804A>C [p.Leu268Phe]、c.1149G>T [p.Glu383Asp]),6个剪切位点突变(c.2293-3C>A、c.2380+1G>T、c.3277-1G>C、c.4519-7A>G、c.5740-15G>T、c.7661-1G>C ),16个缺失突变(c.688_688delA [p.Met230CysfsX14]、c.1760_1791del32 [p.Thr587IlefsX37]、c.2271_2271delA [p.Asp774ThrfsX22]、c.2281_2285delGAAAA [p.Glu761SerfsX10]、c.2527_2527delG [p.Glu843SerfsX3]、c.3405_3405delC [p.Asn1135LysfsX18]、c.4450_4450delC [p.His1484ThrfsX14]、c.4770_4770delA [p.Thr1590ThrfsX5]、c.4937_4937delA [p.Glu1646GlyfsX11]、c.5253_5256delATTA [p.Lys1751LysfsX2]、c.5654_5654delA [p.Gln1885ArgfsX6]、c.7441_7441delG [p.Glu2481AsnfsX13]、c.7860_7860delC [p.Ile2620IlefsX18]、c.8668-8668delG /c.8668+1-8668+1delG、c.9009_9009delC [p.Thr3003ThrfsX18]、c.9021_9021delT [p.Ile3007IlefsX14])和3个插入突变(c.305_306insG [p.Gly102GlyfsX4]、c.3116_3117insA [p.His1039GlufsX11]、c.9197_9198insATCTC [p.Ser3066SerfsX25])。87.4%(83/95)点突变破坏了阅读框(46个无义突变、24个移码突变、13个剪切突变)。

结论

结合应用MLPA技术、NGS技术、Sanger测序可为患者提供经济高效的基因诊断服务。研究发现的点突变多数是可预测的提前终止密码子或导致剪接缺陷,导致肌营养不良蛋白功能缺陷。

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