为构建高密度苦瓜SSR分子标记遗传图谱,利用正交设计L16(45)对苦瓜SSR-PCR体系进行优化.采用该体系和本实验室开发的300对SSR引物对4种表型差异较大的苦瓜材料基因组DNA进行了多态性引物筛选,并用筛选出来的多态性引物对黄瓜、甜瓜、西瓜、丝瓜、冬瓜、南瓜进行了PCR扩增,研究了苦瓜SSR引物对6种瓜类作物扩增的通用性及多态性.优化后的SSR反应体系为:dNTPs (2.5 mmol/L) 0.5 μL、TaqDNA聚合酶(5 U/μL) 0.1 μL、10×PCR-Buffer l.5 μL、SSR引物(10 μmol/L) 0.6 μL、模板DNA (100 ng/μLL)70 ng,总反应体系为10 μL.在苦瓜300对SSR引物中,筛选出49对条带清晰的多态性引物,多态性比率为16.3％.其中苦瓜SSR引物对黄瓜、甜瓜、西瓜、丝瓜、冬瓜、南瓜扩增的通用性分别为61.2％、51.0％、59.2％、57.1％、49.0％、59.2％;每个物种不同类型间的多态性比率排序为丝瓜(22.4％)＞西瓜(16.3％)＞甜瓜(14.3％)、冬瓜(14.3％)＞黄瓜(8.2％)＞南瓜(2.0％).即有棱丝瓜和无棱丝瓜之间、圆形西瓜和椭圆形西瓜之间多态性较高,瓜用南瓜和叶用南瓜之间多态性比率最低.说明部分苦瓜的SSR标记在其他葫芦科作物中具有通用性,并且在不同物种间扩增多态性存在明显差异,本研究将为葫芦科其他作物分子标记研究及后续苦瓜分子标记辅助育种和比较基因组等方面的研究和应用提供依据.