目前保障性住房建设存在的主要问题是：
　　一、住房保障尚未立法，执行中缺乏约束力、强制力
　　按照《国务院关于解决城市低收入家庭住房困难的若干意见》及住建部等部门的有关政策及规章，各地应根据本地区实际情况，制定保障性住房政策。但经调查，全国大部分地区所出台的住房保障政策是以行政管理部门规章形式出台，而不是以政府文件或地方性法规形式出台，而且国家也尚未出台住房保障法，导致对社会及政府相关部门缺乏约束力、强制力和执行力，对解决中低收入家庭住房困难问题缺乏有效的法律支撑点。各地保障性住房体系在工作机制、工作体制运转模式上良莠不齐。
　　二、住房保障资金得不到有效保障
　　按照《国务院关于解决城市低收入家庭住房困难的若干意见》的要求，各地最少应按上年土地出让金净收益的10%，以及公积金增值收益（扣除贷款风险准备金及管理费）计提住房保障资金，并进行专户管理。但从全国各地审计情况来看，个别城市因地方财政资金困难等原因没有按规定足额提取，致使住房保障资金得不到有效保障。
　　三、保障性住房选址困难
　　多份文件均对优先供应保障性住房建设用地有明确的规定，但在实际实施过程中，个别地方政府在保障性住房建设用地供应上执行政策的偏差很大，用于商业开发的建设用地地段、市政及生活服务设施均有较大的竞争优势，而用于保障性住房的建设用地鉴于价格问题，选址大多偏僻，交通、学校、医疗等市政、生活服务设施不齐全，导致一部分低收入居民好地段的房子买不起，偏僻的保障性住房不敢买的窘境。
　　四、退出机制缺乏法律方面的支持
　　对享受保障性住房的家庭，在日后不具备享受保障性住房条件时如何退出保障性住房，缺乏法律方面具体规定，导致全国普遍存在退出难的问题。
　　建立健全住房保障体系，加快保障性住房建设，切实解决中低收入家庭住房困难问题，实现“住有所居”的目标，仅依靠政府的行政能力和行政手段是远远不够的，加快《住房保障法》的立法进程，完善立法程序的及时性、有效性和可操作性极其重要。建议如下：
　　（一）要尽快立法明确相关部门职责。住房保障体系的建立是一个系统工程，涉及到土地、规划、财政、民政、房产等一系列政府职能部门，建议应尽快立法明确相关职能部门在住房保障方面的工作职责，进一步强化执行力度和监督力度。
　　（二）要保证保障性住房建设用地的供应。政府在保障性住房建设用地的供应上要真正体现“惠及民生、让利民生、保障民生”的理念，要认真研究，精心组织，确保予以优先供应；保障性住房用地选址要充分考虑地段、市政配套设施及生活服务设施完善、齐全。
　　（三）要立法确保住房保障资金的筹集和落实。立法明确各地最少应按上年土地出让金净收益的10%足额提取住房保障资金，利用公积金增值收益（扣除贷款风险准备金及管理费）计提住房保障资金，并进行专户管理，实行专款专用；对未依法落实保障资金的地方政府及挪用、占用保障资金的相关部门，要明确责任追究办法和监管措施。
　　（四）要立法明确住房保障退出政策。完善各类保障性住房申请、审核、公示、复核、退出等制度；对符合保障性住房条件的人员，在日后复核不具备条件时，应立法明确退出办法及对拒不退出人员的处罚办法，并明确处罚执行部门，在法律层面上提供具体操作规则和有效支持依据。
　　（五）要建立健全住房保障監管机制。建立多渠道的住房保障监管机制。建立责任制，采取年初签订目标责任状，年底绩效考评的办法检查住房保障任务落实情况；人大、政协对住房保障过程予以全程监督，并聘请社会各界监督员、中低收入家庭人员参与日常考核；利用媒体及网络载体公示各地方政府住房保障任务执行情况、住房保障项目选址及建设情况、住房保障家庭申请审核情况、住房保障资金落实及使用情况等信息，保证住房保障政策公开、公平、公正性；明确处罚手段、操作细则及执行处罚的部门。