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分子谱系地理学在药用植物遗传多样性、中药道地性形成机制以及中药核心种质构建中的应用研究是目前我国中药研究的热点。近年来,我国学者在中药资源领域深入到与DNA差异相关联的功能基因筛选和基因组学,已对甘草、青蒿、丹参等多种药用植物功能基因开展了深入研究。基于分子谱系地理学的药用植物功能基因筛选及中药材基因组学研究将会是今后研究应用的主流。对近年来分子谱系地理学在中药分子鉴定和中药道地性形成机制,特别是药用植物功能基因筛选及基于此的基因组学方面研究进展进行综述。