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针对防空作战中目标分配的实时性、动态性、高效性以及作战决策的稳定性需求，基于种群协同进化思想提出一种免疫一布谷鸟算法。通过建立种群协同进化机制，利用两个种群进行不同方向的搜索并实时进行信息交互，加快算法收敛速度；利用布谷鸟算法参数少、易实现及较好的全局搜索能力，以及基于免疫机制的高斯变异算子较强的局部搜索能力，实现了求解速度和解的精度的平衡问题，提高算法的进化活力和求解效率。仿真实验表明，改进的布谷鸟算法与传统的目标分配算法相比，求解效率和性能上有明显提高，新算法求解目标分配问题是有效可行的。