金线莲(Anoectochilus roxburghii(Wall.)Lindl)是中国传统中药,具有重要的药用价值,现代医学用来治疗糖尿病和癌症。金线莲作为兰科植物,与内生菌在长期的生长过程中建立起和谐的共生关系,内生菌产生多种次生代谢产物,帮助宿主植物抗菌防虫。现有实验条件下,环境中绝大多数的微生物不能培养,而宏基因组学是认识环境中不可培养微生物的重要手段。本研究对福建金线莲根部内生菌富集进行探索,提取混合内生菌样品宏基因组DNA,并对宏基因组DNA纯化,PCR扩增微生物16S r DNA片段,克隆至大肠杆菌(Escherichia coli)并测序。根据16S r DNA信息初步对富集的内生菌群落分析,内生菌主要是不可培养细菌(uncultured bacterium)、不可培养堆肥细菌(uncultured compost bacterium)、肠杆菌科(enterobacteriaceae)、类芽胞杆菌属(Paenibacillus sp.)、芽胞杆菌属(Bacillus sp.)和短芽胞杆菌属(Brevibacillus sp.)的微生物。本研究为挖掘金线莲内生菌资源提供基础资料。